El rey no deja de ostigar a Tomás BECKET. Como crece la tensión y el acuerdo parece imposible, ENRIQUE II decide procesar al arzobispo, acusándole de traidor y perjuro e incluso autor de faltas graves cometidas cuando ocupaba el puesto de canciller. BECKET, que se siente amenazado, no sólo en su buen nombre sino incluso en su vida, piensa que lo mejor será poner tierra y agua de por medio y escapar al continente. Lo hace de incógnito, en un modesto buque pesquero que cruza el canal de la Mancha en una noche oscura de noviembre de aquel mismo año. Estará primero en Sens, donde piede entrevistarse con su amigo y protector, el papa Alejandro III, que entonces se halla también en Francia. Luego se refugia en la abadía cisterciense de Pontigny, donde vive como otro monje cualquiera durante cinco años.

En su enfrentamiento con ENRIQUE II, el Papa ALEJANDRO III, lejos de aceptar la dimisión que le ha ofrecido Thomas BECKET, le nombra, en la fecha, legado pontificio de toda Inglaterra, exceptuada la diócesis de York.

El rey inglés, amenazado de excomunión por el Papa ALEJANDRO III -castigo terrible para los soberanos de aquel tiempo, que en ese caso se hallan privados de la confianza, el respeto y la fidelidad de sus súbditos católicos-, acaba permitiendo la vuelta de BECKET a su sede de Canterbury.

Desterrado Tomás BECKET, su asesinato en 1170 le granjea las simpatías del pueblo inglés y provoca su canonización y la excomunión del rey inglés, sólo levantada tras la promesa de éste de respeto al papel de la Iglesia en Inglaterra y la peregrinación a la tumba de Becket.

BECKET regresa a Inglaterra, pero, una vez allí, quiere imponer su autoridad sobre el episcopado y sobre el clero en general, fueran sus miembros amigos o enemigos del Rey, y llega a lanzar anatemas contra varios de sus adversarios personales o políticos. Las circunstancias son peligrosas en estos años de cisma, porque ENRIQUE II anda en tratos de amistad con Federico BARBARROJA, a quien llega a prometer que reconocerá al antipapa PASCUAL III. La paz, sin embargo, no es perfecta, pues si el primado cantuariense ha prometido dar el debido honor al rey, no ha dicho nada en pro de las “antiguas costumbres”, compiladas en los estatutos de Clarendon. Más aún desde la nave que lo lleva fulmina el anatema contra los obispos (Rogelio de York, asistido de los de Londres, Salisbury y Rochester) amigos de ENRIQUE II, que han coronado al príncipe heredero violando los derechos de la sede cantuariense.

“No habrá paz en Inglaterra mientras Thomas esté con vida”, exclama el obispo de York en presencia del monarca, y éste, en un arrebato de cólera, dice: “Sostengo y favorezco en mi reino a hombres tan cobardes y miserables que toleran vergonzosamente las ofensas que hace a su señor un clérigo plebeyo”. Sobre las cinco de la tarde del día de la fecha, cuatro barones de la corte que toman por órdenes las palabras de impaciencia pronunciadas por el rey, asesinan brutalmente al arzobispo Thomas BECKET, canciller  del rey Enrique II de Inglaterra, en el interior de la catedral de Canterbury donde el arzobispo recitaba con los canónigos el oficio divino. Parece ser que el prelado no quiso defenderse ni pedir ayuda: “La Iglesia no ha de ser defendida como una fortaleza”, comentarán que dijo. Las armas de los cuatro sicarios caen sobre él, manchando con su sangre los ornamentos del altar mayor. Inmediatamente comienza el pueblo a dar culto al mártir. (Este fue el “asesinato de la catedral” que prestará argumento al famoso drama moderno de T.S.Eliot.).  BECKET, apoyado por el propio Enrique II, era arzobispo de Canterbury desde 1161 y el rey confiaba en manejarlo como una marioneta. Pero el arzobispo se había convertido en un fuerte opositor al rey, y algunos caballeros adictos a éste cruzaron el canal de la Mancha y llevaron a cabo el crimen. Enrique deberá retractarse públicamente.

Tras el asesinato de Tomás BECKET, éste es canonizado rápidamente, en la fecha, por ALEJANDRO III y sus reliquias se convierten en objeto de peregrinación. Su culto se extenderá rápidamente por otras naciones, de suerte que antes de fin de siglo se le erigirá un templo románico en la lejana Salamanca y en la catedral de Barcelona se le erigirá un altar en 1196 así como en la Iglesia de Sta María de Terrassa se pintará al fresco su asesinato hacia 1200.

Más de trescientos años después de la muerte de Tomás BECKET, arzobispo de Canterbury, su fama es aún tan grande en Inglaterra que el rey ENRIQUE VIII, harto de su leyenda, manda exhumar su cadáver y juzgarlo por usurpación de la autoridad papal. La tumba de Santo Thomas BECKET es destruida y los huesos del difunto, encontrado culpable, son quemados públicamente en la hoguera.