Es nombrado Virrey, García Gil Manrique, Obispo de Barcelona. La Generalitat está en una delicada posición; si bien desea el restablecimiento del orden público y la pacificación del país, ante el temor de ser tildada de traidora por el populacho no se entrega a una colaboración con el Virrey.

PAU CLARIS no quiere que le pillen desprevenido, pues, habiendo muerto el virrey, podía esperarse cualquier cosa. Catalunya está a?si indefensa, sin un ejército regular ni armas y con unas
zonas, como Rosas, Tortosa y Perpinyà, en poder de las tropas ?reales. Prácticamente les tienen sitiados. Su único propósito es ?que Francia les preste seis mil hombres durante tres meses y que ?
le vendan armas suficientes para equipar las milicias locales. No? falta quien, como el diputado militar Francesc de Tamarit, no se? fia de esta nueva política de alianzas, ya que desde el siglo ?XIII Francia había ocupado o hecho incursiones sobre los condados? catalanes más de veinte veces. Y existe el precedente de Luis ?XI, que a mediados del siglo XV ofreció colaboración a los ?catalanes en la guerra contra el rey Juan II y ante las suspicais? de éstos se alió con el monarca y ocupó el Rosellón y la ?Cerdanya hasta 1493.

Esta es la ocasión que Olivares está esperando desde hace lustros para conquistar Catalunya e imponerle las leyes de Castilla. PAU CLARIS, presidente de la Generalitat, se entera de que en el Bajo Aragón FELIPE IV prepara un gran ejército contra Catalunya. Convoca una Junta General de Braços que queda abierta el 10 de setiembre de 1640. Asiste un gran número de pueblos que no tienen derecho de presencia en las Cortes. Se estructura en una sola asamblea, con voto individual y una clara mayoría del brazo popular. Esta asamblea, legitima y organiza el rompimiento con FELIPE IV y aprueba los pactos con Francia. Hay que tener en cuenta que la Corona de Aragón es una unión entre rivales recelosos, cada uno con su Parlamento, sus leyes y su idioma y con un sentimiento de solidaridad muy limitado, hasta el punto de que en las cortes valencianas y aragonesas se votan donativos para ayudar a FELIPE IV a sofocar la revuelta de Catalunya

En la fecha, se firma el acuerdo de Ceret, entre Catalunya y Francia, donde la Generalitat se compromete a pagar un ejército auxiliar francés de 6.000 soldados de infantería y 1.200 de caballería. En realidad, los franceses escatiman constantemente su ayuda, esperando que las sucesivas victorias hispánicas (Tortosa, Coll de Balaguer, Tarragona, Vilafranca del Penedès, Martorell….) obliguen a los catalanes a aceptar la anexión de Catalunya a Francia.

Como Barcelona está virtualmente perdida para la causa real su puesto es ocupado por Tortosa. Pero también Tortosa se rebela contra los funcionarios virreinales. Se intentan arreglos pacíficos, pero ninguno es aceptado. Finalmente, en la fecha, entra por el sur de Catalunya el ejército real dirigido por el marqués de los Vélez y desde Tortosa inicia el avance hacia el interior. Las tropas reales apenas encuentran resistencia en la parte Sur del territorio, donde los alojamientos son pacíficos. Las poblaciones se entregan, recibiéndoles como liberadores. Se produce la retirada del ejército francés a excepción de Cambrils en donde tiene lugar una auténtica masacre con varios cientos de muertos.

El conde-duque de OLIVARES comprende que la política de blandura que hasta entonces ha empleado no da los resultados deseados por lo que propone unas medidas correctivas que son unánimemente aprobadas por el Consejo de Aragón y el Consejo de Estado. Aparte de la actuación política el plan comporta la preparación de un ejército de unos 35.000 hombres para la ocupación de Catalunya, si es necesario. (En realidad nada mes posible reclutar unos 20.000 hombres de ellos 6.000 portugueses, destinados a Italia en principio, y cuyo destino se modifica).

Es nombrado nuevo Virrey de Catalunya el marqués de los Vèlez.

La abadía de Montserrat se pone del lado de la Diputació durante la Guerra dels Segadors

Durante la Guerra de los Segadores, las tierras del condado de Prades daban soporte y cobijo a las tropas franco-catalanas. El 1641, el gobernador de Tarragona (empujado por el abad de Poblet y los alcaldes de los pueblos contrarios al rey Felipe IV) envía una expedición contra la villa fortificada de Prades que, al cabo de nueve días de acoso, se rinde. Las murallas sufren graves desperfectos.

A la rendición de Cambrils siguen la de otros pueblos y ciudades. Van cayendo Tarragona, Vilafranca, Sant Sadurní de Noia y Martorell. El cardenal RICHELIEU aconseja a PAU CLARIS, Presidente de la Diputació de Catalunya, la proclamación de una República separada de España y bajo la protección de Francia. PAU CLARIS no ve viable la constitución de una República pero cuando las tropas hispánicas llegan a los pies de las murallas de Barcelona, no queda otra solución que reconocer a LUIS XIII de Francia, como conde de Barcelona “com en temps de Carlemany”. Esta proclamación comporta el mantenimiento de las constituciones de Catalunya. Desde 1641 a 1643 parte de la nobleza catalana, al ver el autoritarismo de los lugartenientes franceses y los excesos de las tropas, tomarán partido por FELIPE IV