La Capitanía General de Guatemala es la segunda en importancia del Virreinato de Nueva España, como capital del Reino de Guatemala, y es fundada por orden de Carlos I en 1536.

La explotación de los indios por parte de los colonos españoles de México, convertido en el virreinato de Nueva España (1535/1823), es tal que, por la bula “Sublimis Deus”, de este año, el papa PABLO III defiende la racionalidad de los indígenas, en cuanto que los indios son hombres, declara que tienen derecho a su libertad, a disponer de sus posesiones y a la vez tienen el derecho a abrazar la fe, que debe serles predicada con métodos pacíficos, evitando todo tipo de crueldad. Por ello, condena la esclavitud. (Su población, evaluada en 11 millones en el momento de la conquista, no pasará de 1.500.000 en 1650).

Fundación de la ciudad de Valladolid en la Nueva España (actual ciudad de Morelia, México) por el virrey Antonio de Mendoza.

Cuarto asentamiento (y fundación definitiva) en la Nueva España de la Nueva Galicia por Nuño de Guzmán, hoy conocida como Guadalajara Jalisco, en el valle de Atemajac.

En el siglo XVI los españoles terminan con el señorío zapoteca.

Aunque se sabe que hubo actividad inquisitorial en México casi desde la llegada de los conquistadores, no es sino hasta 1571 cuando se establece el Tribunal del Santo Oficio de manera formal. El obispo, fray Juan de Zumárraga es considerado el primer inquisidor de la Nueva España, pues obtuvo ese nombramiento en 1535, mas como no existía propiamente el Tribunal, su cargo fue sólo nominal. Hacia 1540 ejercería el poder inquisitorial contra un indio al que condenó a la hoguera. Su severidad le acarreó al obispo una severa reprimenda y a los indígenas los exoneró de ser juzgados por la inquisición ya que se les considero nuevos en el cristianismo. Sin embargo, entre el resto de la población novohispana, hubo muchos casos de persecución.

La Corona sujetó de manera estricta a la Iglesia, quizá más que cualquier otra monarquía europea, ya que bajo el Patronato Real la hizo otra rama del gobierno, otro medio eficiente de control político sobre los gobernados. En el contexto de la época, la Iglesia iberoamericana quedó ligada a Roma a través de tenues lazos, dentro de la órbita del Consejo de Indias y no del papado romano. Sin embargo, fue una institución poderosa en la Nueva España. Gozó de fuero especial y conformaría uno de los sectores conservadores de México. Su fuerza fue evidente en lo espiritual pero también en lo material; su poder se extiende en asuntos de justicia y gobierno, y domina los ámbitos ideológico, político, económico y social de la época; en sus manos quedan la mayor parte de la educación e importantes ramos de la economía. Por acuerdo real, la Iglesia recibe gran parte del diezmo.

Hay que destacar que, tras el brusco descenso demográfico de los indígenas y el beneficio legal que éstos obtienen de la Corona, se requiere mayor mano de obra; así se introduce a los negros a la Nueva España en mayor cantidad y éstos son traídos como esclavos para sustituir el trabajo forzoso de los indígenas. Por ende, su llegada a América se significa como una constante entre los siglos XVI y XVII. La política esclavista de la Corona garantiza la tenencia y explotación de negros en beneficio de sus amos; en la concepción social de la época poseerlos es un sinónimo de prestigio.

Hacia 1609, la Real Audiencia dictamina que el virrey de Nueva España no debe ser, en ningún caso, el gobernador de Guatemala. Esto supone un gran avance en la autonomía de la región.

La Compañía de Jesús sustituyó paulatinamente la labor de los franciscanos en Nueva España, pero la amplió en el aspecto cultural y educativo. Eusebio Francisco Kino fue un misionero nacido en Trento, Italia llegado a la Nueva España alrededor de 1680. Sus misiones se difundieron por Sonora y Arizona, pero su mayor obra fue haber fundado Magdalena de Kino, en el norte del territorio sonorense. Su trabajo de fundación y conocimiento geográfico quedó resumido en la obra del también jesuita Francisco JAVIER Alegre, “Los apostólicos afanes”, dedicada al Papa Benedicto XIV, y que fue publicada en Roma en 1749. La labor de Kino inspiró a otros jesuitas para continuar la obra de fundación, ya entrado el siglo XVIII, con la fundación de San Antonio de Béjar y la bahía del Espíritu Santo, ambas en Texas.