Pero en lo que realmente se ocupa SEBASTIÁN I es en organizar una armada que ha de participar al lado de la Liga en la guerra contra los turcos. En agosto de 1572 la armada estaba lista para hacerse a la mar. Para conseguirla, el rey había vendido las rentas de la Corona, se había apoderado del dinero que poseía la Congregación lisboeta de los Huérfanos de S.Eloy, había pedido dinero prestado a los obispos, cabildos, hidalgos y mercaderes ricos. Había pregonado el perdón de todos los delincuentes que se enrolasen en la armada, etc. La armada en vez de reunirse con los barcos de la escuadra de la Liga, es destruida por una furiosa tempestad que azota Lisboa y los puertos del sur el 13 y 14 de setiembre de 1572.

Durante el reinado de WANLI, emperador de los MING, llegan los portugueses a China que establecen su base en Macao. Al compás llegan los jesuitas, cuya influencia se verá en los años venideros en todos los campos, de la cultura a la economía.

En 1574, SEBASTIÁN I logra reunir otra escuadra y hace una incursión en Marruecos que apenas tiene trascendencia no pasando de ser, en realidad, una expedición de reconocimiento.

Fallece en la ciudad de Lisboa a los 71 años de edad, CATALINA de Portugal. Siete meses más tarde, el 4 de agosto, morirá en la batalla de Alcazarquivir, su nieto el rey Sebastián.

Está históricamente probado que los restos de SEBASTIÁN I fueron rescatados y llevados a Ceuta. Posteriormente fueron inhumados en los Jerónimos de Lisboa. Pero, a pesar de estos datos históricos, suficientemente comprobados, el pueblo portugués se negó a admitir la muerte del joven monarca y mantuvo la esperanza de que SEBASTIÁN regresaría algún día a su reino. Fue así como nació el «sebastianismo». Por otra parte, esta batalla es explicada de la siguiente manera: Abd al-Malik, destrona a su sobrino Muhammad al-Mutawakkil, Sultán de Marruecos, quien se refugia en Portugal y logra el apoyo del rey SEBASTIÁN I. La expedición organizada por éste para reponerlo en el trono se salda con el desastre de Alcazarquivir, en el cual murieron los tres soberanos. Por esta razón a la batalla librada en Alcazarquivir se le denomina «Batalla de los Tres Reyes».

Sancho de Ávila militar español que estuvo a las órdenes del duque de Alba durante la revuelta de los Países Bajos (1579) se encuentra ahora en Portugal en la ocupación de Oporto.

Sebastián de Portugal era hijo de Juana de Austria (hija de Carlos I de España) y nieto de Juan III y de Catalina de Austria, hermana del citado emperador. Desaparecido Sebastián en su campaña africana, le sucede su tío abuelo el anciano Cardenal Enrique, que sólo le sobrevive dos años. Como éste era hijo de Manuel I el Afortunado, al morir sin sucesión, Felipe II reivindicará sus derechos al trono.

En enero de 1580 muere ENRIQUE I, sucesor del rey portugués don Sebastián, que ha dejado un consejo de regentes para gobernar el país hasta que se escoja a su sucesor. Siete son los candidatos. El monarca español FELIPE II, legítimo aspirante ya que su esposa era tía de Sebastián I y que cuenta con el apoyo de algunos consejeros, cree que sus derechos son imprescriptibles y comienza a actuar con maniobras diplomáticas y militares. Hacia mediados de junio de 1580 el ejército español, al mando del duque de ALBA, cruza la frontera con Portugal cerca de Badajoz y avanza rápidamente hacia Lisboa. Por su parte, la flota, bajo la dirección del marqués de Santa Cruz, queda dispuesta frente a la desembocadura del Tajo.

GREGORIO XIII trata desde Roma de frenar la invasión de Portugal por las tropas españolas y envía a toda prisa a sus delegados ante FELIPE II. Pero los delegados pontificios son, ya desde Zaragoza, obstaculizados en su misión por orden expresa del rey. Se les recibe en cada ciudad, en cada pueblo, en cada burgo, en cada aldea, con tanto fervor y cortesía que su marcha se retarda hasta el infinito. Cuando FELIPE II escuche las solicitudes papales, la conquista de Portugal será un hecho consumado. FELIPE II que ha impuesto con la fuerza de las armas sus pretensiones de sucesión al trono de Portugal, lo incorpora a España proclamándose rey. Todas las posesiones lusas quedan sujetas al monarca español. Por vez primera desde los visigodos, la Península Ibérica constituye una única unidad política.

Se enfrentan los dos candidatos al trono portugués, el rey español Felipe II y Antonio, prior de Crato. En la batalla de Alcántara, el  ejército español vence, y Felipe II es nombrado rey de Portugal.