El campo de acción de la Inquisición moderna, es la defensa de la fe católica, la caza de los herejes, la extirpación del error (la herética pravedad); le echan la culpa primero a los judaizantes; después, en el siglo XVI, se apuntará a las sectas seudo-místicas (aÍumbrados), a los protestantes, y de nuevo, para siempre, a los judaizantes. De forma accesoria, la Inquisición reprimirá también la homosexualidad (el vicio que no tiene nombre: el pecado nefando), la bigamia, los excesos de los sacerdotes, la brujería… pero, esencialmente seguirá siendo fiel a su vocación primera: lo que le interesa, es lo que creen las gentes, no lo que hacen; la fe, no los hábitos.

En 1501, la sedición de los moros se ha extendido por las sierras de Filabres, Bermeja y Ronda

La Universidad de Alcalá de Henares es fundada en el año 1499 a partir del antiguo Studium General de Alcalá de Henares, del que Cisneros fue alumno. Esta será la primera universidad renancentista, moderada, humanista y universal. Cisneros fue consciente de la transcendencia de su fundación y no regateó en esfuerzos para dotar a su Colegio-Universidad del marco urbanístico adecuado, de una financiación generosa y de los mejores maestros de la época, por lo que la villa de Alcalá de Henares se ve inmensamente beneficiada por este cardenal. La primera piedra del edificio que lo albergará la pone CISNEROS el 14 de marzo de 1501, en 26 de junio de 1508 el Cardal CISNEROS inuagurará la Universidad y en 1510 dotará a su fundación de unas Constituciones.

La situación de JUANA preocupa a sus padres, los Reyes Católicos, cuidadosamente informados por sus embajadores de lo que pasa en la corte de FELIPE el Hermoso y es que JUANA aparte de preocuparles como hija, juega un papel político importante. En efecto, muertos sus hermanos JUAN (1497) e ISABEL (1498), así como el hijo de ésta, MIGUEL (1500), la infanta JUANA se ha convertido en heredera de los tronos de Castilla y Aragón. Así, pues, JUANA ha de regresar a España para ser reconocida oficialmente como futura reina. En la fecha, JUANA emprende el viaje con su marido en 1502.

Los REYES CATÓLICOS toman para los mudéjares del resto de la corona de Castilla una medida similar a la tomada dos años antes para los mudéjares de Granada.

La plaza de Gibraltar habiendo sido repoblada y organizada su administración por los Medinasidonia desde su conquista a los reyes de Granada, es incorporada en 1502, por decreto de los Reyes Católicos, a la Corona de Castilla con el título de noble villa y \»llave de España\», por su emplazamiento estratégico.

JUANA no sólo es una mujer inteligente, además de hermosa, sino que está también dotada de una carácter resuelto. Así será famosa la anécdota del castillo de Blois cuando -de regreso a España con su marido FELIPE- se niega a echar en la ofrenda la moneda de oro que le ha proporcionado la reina francesa Ana de Bretaña, esposa de LUIS XII. FELIPE ya lo ha hecho consintiendo así en mostrar su vasallaje como archiduque de Borgoña al rey francés LUIS XII, pero la entonces heredera del trono hispánico, consciente de su dignidad, se desprende de uno de sus valiosos zarcillos antes que mostrar sumisión. El gesto de independencia, evidentemente, no gusta en la corte gala y el viaje ha de reanudarse a la primera oportunidad.

Tras haber sido sofocado el levantamiento mudéjar en Andalucía, los REYES CATÓLICOS toman contra los mudéjares las mismas medidas que en 1492 decretaron contra los judíos: una orden real datada el 12 de febrero de 1502, recoge dos alternativas: Los mudéjares de Castilla pueden optar entre la conversión o el exilio. De hecho, la posibilidad de elección no existe ya que las condiciones de emigración son difíciles. Entre otros impedimentos, los niños menores de 15 años y las niñas menores de 13 deben quedarse en la Península. En consecuencia los bautismos son masivos, y los recién convertidos serán conocidos desde entonces como moriscos. Más de 300.000 moros granadinos abandonan la Península. La mayoría opta por la conversión, pasando a ser de esa manera el primer núcleo morisco de España.

Bajo el sistema de encomienda, todas las tierras pasan, en teoría, a ser propiedad de la corona, y así los indios son considerados como inquilinos en tierras reales. El derecho de la corona a servirse de los inquilinos puede transferirse en fideicomiso a colonos españoles (los encomenderos) por una concesión formal y el pago regular de tributo. Los encomenderos están autorizados a ciertos días de trabajo por los indios, convirtiéndose en sus custodios. Así los encomenderos asumen la responsabilidad de cuidar por el bienestar físico de los indios y de instruirlos en el Cristianismo. Una encomienda, teóricamente, no involucra tenencia de la tierra; en la práctica, sin embargo, la posesión se gana por otros medios. El duro trabajo que se le demanda a los indios y las privaciones que sufren demuestran la naturaleza artificial del sistema de encomienda, que efectivamente opera bajo un sistema de honor debido a la ausencia de esfuerzos por parte de las autoridades españolas.

No obstante, como Castilla carece de infraestructura necesaria para administrar la compleja empresa americana, el gran negocio lo harán los banqueros genoveses y alemanes y los fabricantes italianos y flamencos. También habrá mucho negocio para los contrabandistas que llevarán y traerán productos sin pasar por Sevilla. La Casa de Contratación será desplazada a Cádiz en 1717 y abolida en 1790, doce años después de la autorización a otros puertos hispánicos para comerciar con América (1778).