De regreso a Alemania, ENRIQUE IV se encuentra con la oposición de los príncipes, que han visto
con malos ojos su humillación. Éstos, reunidos en Forschheim, eligen rey de Alemania a RODOLFO, duque de Suabia, quien inmediatamente promete al papa plena sumisión en lo referente a la cuestión de las investiduras. Esta elección provoca la guerra civil, que hace sentir sus efectos en toda Alemania, principalmente en Suabia.

GREGORIO VII excomulga a ENRIQUE IV, lo declara destituido de autoridad y reconoce a RODOLFO de Suabia.

El papa GREGORIO VII quiere poner paz, pero ENRIQUE IV pretende que el Papa excomulgue a su rival RODOLFO amenazándole si no lo hace en nombrar un antipapa. GREGORIO VII, ante la amenaza, vuelve a excomulgar a ENRIQUE IV declarándolo destituido de toda autoridad y reconoce, contra los intereses de ENRIQUE IV, a RODOLFO de Suabia.

Ante la excomunión recibida del papa GREGORIO VII, ENRIQUE IV reacciona violentamente y en junio del mismo año, en Brixen hace nombrar por sus obispos antipapa a GUIBERTO, obispo de Rávena que toma el nombre de CLEMENTE III (25.6.1080-8.9.1110).

En la furiosa batalla de Elster se enfrentan ENRIQUE IV y RODOLFO de Suabia, perdiendo éste la vida. ENRIQUE queda dueño único de Alemania.

En 1081, ENRIQUE IV baja a Italia con sus ejércitos y se dirige a Roma.

Mientras ENRIQUE IV está iniciando su asedio a Roma, HERMANN, hijo del conde Giselbert de Luxemburgo, es elegido por la nobleza de Sajonia y Suabia para oponerse al rey de Alemania ENRIQUE IV y ser emperador. Siguiendo este guión, HERMANN es coronado emperador en Goslar, el 26 de diciembre por el arzobispo de Mainz. El principal problema entre el Papa y ENRIQUE IV es el nombramiento de los obispos. El Papa se opone a que los obipos sean nombrados por el emperador y por ello se opone a que cualquier persona común -incluido el emperador- pueda nombrarlos. Esto, que se conoce como la querella de las investiduras, es el motivo por el que la Iglesia se ha separado de ENRIQUE IV y ha nombrado en su momento a Rodolfo de Suabia y ahora lo hace de HERMANN. Pero su poder de liderazgo es muy inferior al de ENRIQUE.

ENRIQUE IV en el verano de 1084, después de prolongado asedio, entra en Roma. El Papa GREGORIO VII se refugia en el castillo de Santángelo. El antipapa CLEMENTE III es puesto en la cátedra de San Pedro, y, naturalmente, se apresura a consagrar a ENRIQUE IV como emperador (1084-1106). La suerte de ENRIQUE parece ya fijada; pero ROBERTO Guiscardo, el Zorro, acude en ayuda del Papa.

Del castillo de Santángelo, los normandos, con ROBERTO Guiscardo, el Zorro, a su frente, liberan al papa GREGORIO VII, obligando a los alemanes a retirarse hacia el norte. Pero los normandos cometen tal cantidad de excesos en la ciudad que el pueblo romano, con evidente injusticia, reacciona contra GREGORIO VII, quien se ve obligado a retirarse con los normandos.

El papa GREGORIO VII que se ha retirado a Salerno, es fama que antes de morir -en la fecha- perdona a todos sus enemigos, excepto a ENRIQUE IV y al antipapa CLEMENTE III. Sus últimas palabras han sido una dolorosa adaptación del salmo 44. Dijo GREGORIO VII: “He amado la justicia y odiado la maldad, por eso muero en el destierro”. Años más tade será canonizado como el “más resuelto defensor de la libertad de la Iglesia” y el Cardenal Pedro Damián, también un santo, le llamará “santo satanás”, refiriéndose a su implacable energía. El conflicto de las investiduras entre el papa GREGORIO VII y el Emperador ENRIQUE IV ha impedido al papa poner en práctica su proyecto mas anhelado: reunir un gran ejército, ponerse él mismo al frente y dirigirse hacia Oriente para detener el avance de los sarracenos. No es ni un sueño ni una quimera. Es un grandioso plan estratégico. Si ese ejército es capaz de aliviar la presión del Islam sobre el Imperio de Bizancio, tal vez las Iglesias de Oriente y de Occidente se reconcilien. Y sobre todo: se ha de liberar Tierra Santa… “Prefiero recuperar los Santos Lugares -dijo- que gobernar el mundo entero”.