El gobierno imperial de Constantinopla se encarga de imponer en sus territorios la doctrina ortodoxa (la «doctrina recta») de Calcedonia. Muchas provincias o regiones la rechazan para manifestar su independencia cultural y religiosa frente al imperialismo griego de Constantinopla. En Egipto, por fidelidad a Dióscoro y a Cirilo, los cristianos eligen el monofisismo como religión nacional de una Iglesia de lengua copta, mientras que los pocos calcedonianos se reclutan entre las minorías helenizadas cercanas al poder. Lo mismo sucede en Siria, donde el monofisismo se convierte en la religión de los cristianos de lengua siríaca (Iglesia Ortodoxa Siria o Jacobita, por Jacobo Baradeo uno de sus primeros líderes) y los calcedonianos reciben el nombre de imperiales. Los monofisitas introducen en la liturgia el credo de Nicea-Constantinopla para mostrar que son fieles a una tradición más antigua que las innovaciones de Calcedonia. Además, los enviados armenios, tampoco aceptarán la condena surgiendo la Iglesia Apostólica Armenia. La Iglesia Ortodoxa Malankara, la Iglesia copta etíope y la Iglesia copta Eritrea también seguirán doctrinas monofisitas. Otras iglesias seguirán el nestorianismo.

El patriarca monofisita de Alejandría, TIMOTEO, se ve obligado a exiliarse.

Los persas conquistan Egipto.

El islam, instalado en Arabia y avanzando en Egipto, aísla Axum (Aksum) del resto del mundo cristiano.

Los árabes derrotan a los bizantinos en Heliópolis (Egipto).

A finales de 642, un general de OMAR, completa la conquista de Egipto. Su conquista se ha iniciado en 634. Se cuenta que Omar ordena la destrucción de la biblioteca de Alejandría, aduciendo que los libros que contiene son superfluos si están de acuerdo con el Corán (una colección de sentencias de Mahoma, libro sagrado de los musulmanes), y que si no están de acuerdo resultan perniciosos. En ambos casos, pues, deben ser destruidos. El episodio puede no ser cierto, pues no es probable que quede mucho de la biblioteca después de tres siglos de dominio del cristianismo, cuando tantos dirigentes de esta religión se muestran irreductiblemente hostiles al saber pagano.

Es asesinado OMAR ben al-Jatab. OMAR muere asesinado por un esclavo persa; pero antes ha nombrado un comité para que elija a su sucesor evitando confrontaciones civiles. OMAR, durante los diez años que ha ejercido el Califato (634-44), ha impulsado la expansión del Islam fuera de la península arábiga, mediante la «guerra santa»: ha arrebatado Siria, Palestina y Egipto al Imperio Bizantino (batalla de Yarmuk, 636), e impuso el dominio árabe sobre Irak (batalla de Qadisiyya, 637) y Persia (batalla de Nehavend, 642). Las rápidas conquistas militares de OMAR han transformado al Islam en un imperio teocrático que se ha extendido por todo Oriente Medio, al que el califa ha dotado de una nueva organización político-administrativa: los territorios conquistados serán gobernados por los jefes de los respectivos ejércitos de ocupación, considerados como delegados del califa para asuntos políticos, administrativos, jurídicos y religiosos; los árabes constituirán una casta dominante aislada de las poblaciones autóctonas, a las cuales no se intentará convertir al Islam; y estas poblaciones no islamizadas sostendrán el Califato con sus tributos.

Egipto rompe sus lazos con el califato abasí después del reinado de Mamun el Grande, y en 968 pasa al control de la dinastía fatimí. Los miembros de ésta son chiíes, que se proclaman descendientes de Alí, el cuarto califa, el cual ha casado con la hija de Mahoma, Fátima (y de ahí el nombre de la dinastía). Bajo los fatimíes, Egipto vivirá un período de poder por vez primera desde los primeros Tolomeos, doce siglos antes. Poco a poco irá ganando terreno en el norte de África, y arrebatará Sicilia a sus anteriores conquistadores musulmanes.

En 996, al-Hakim se convierte en el soberano fatimí de Egipto (996-1021). Sus pretensiones de ser un dios y su temperamento inestable le valen el sobrenombre de al-Hakim el Loco, aunque para algunos sectarios musulmanes será considerado divino. El Egipto fatimí alcanza su apogeo, pues domina el norte de África y Siria, además del propio Egipto.

Palestina es ocupada por los fatimíes de Egipto, que también se muestran tolerantes con la población, hasta el califato de al-Hakim (996-1021), quien inicia un endurecimiento político-religioso en perjuicio de la población no islámica de Palestina.