Tribunales de la Inquisición se crean también en los Países Bajos, sobre todo de 1522 en adelante. Estos tribunales dependen de Roma, aunque ejerza un estrecho control la autoridad laica. En efecto, uno de los problemas que tiene que afrontar CARLOS (V) en los Países Bajos, es la expansión de la Reforma del luteranismo y el nacimiento del calvinismo, así como los primeros levantamientos que sofoca con dureza. Una de las primeras víctimas es el sacerdote Jan Bakker, quemado en La Haya, acusado de herejía.

Por desgracia, las guerras en que CARLOS (V) se ve casi continuamente envuelto lo obligan a apartar su atención del luteranismo, que va avanzando rápidamente; y, lo que es peor, lo fuerzan a hacer frecuentes concesiones a los príncipes protestantes, con lo que la herejía va avanzando más y más.

Al ausentarse el emperador CARLOS I del ámbito germánico para volver a España en 1522, deja en manos de su hermano FERNANDO la dirección de los asuntos imperiales, y en especial las difíciles relaciones con los príncipes y las ciudades luteranas. FERNANDO se siente impotente. Los príncipes se sienten particularmente atraídos por las ventajas que LUTERO les brinda de apoderarse de los bienes eclesiásticos y constituirse en dueños absolutos en lo civil y en lo religioso.

Los franceses son vencidos y deben retirarse por Bayona. Pero el Emperador CARLOS I y FRANCISCO I de Francia se enzarzan en una guerra que durará hasta la muerte de este último, en 1547. El papa ADRIANO VI tratará de reconciliarles. Nada puede ser más nefasto para la Cristiandad, en estos momentos, que una guerra entre los dos más poderosos monarcas católicos, pues la herejía luterana está haciendo estragos en Alemania, y los turcos, de nuevo a la ofensiva, han conquistado Belgrado y la isla de Rodas, a pesar de la heroica defensa de un puñado de Caballeros de San Juan. CARLOS I y FRANCISCO I, sin embargo, no les harán caso.

Se inicia la primera dieta de Nüremberg dedicada en gran parte a la cuestión del luteranismo. El papa ADRIANO VI envía como legado suyo al nuncio Francisco Chieregati, quien, por encargo expreso del papa, reconoce paladinamente la necesidad de la reforma de la curia romana, de los prelados y del clero y la culpa que les cabe a ellos en los acontecimientos de Alemania. Así, pues, por una parte proclama la voluntad decidida del romano pontífice de realizar esta reforma cuanto antes, y, por otra, suplica a los príncipes alemanes la ejecución del edicto de Worms y la lucha seria contra la herejía. Esta confesión pública del romano pontífice por boca de su legado hace una enorme impresión en todos los asistentes a la dieta. Sin embargo, se han creado ya muchos intereses entre algunos príncipes alemanes por lo que únicamente recomiendan medios suaves y dejan la solución de las cuestiones religiosas a un concilio cristiano libre, que debe reunirse en el término de un año en territorio alemán. El papa considera que la petición formulada es antipapal ya que en aquel contexto, «libre» sólo puede significar «independiente del papa».

En efecto, se están alineando dos bandos y esta vez el espíritu conciliador de los suizos no podrá sobreponerse a las pasiones desencadenadas. Los cantones rurales, que temen el predominio de la burguesía, firman una alianza, en 1524, «para detener, extirpar y castigar por todos los medios… las ideas de Lutero, Zuinglio, Hus y otras doctrinas erróneas y pervertidas».

En la primavera de 1524 se reúne de nuevo en Nüremberg la dieta alemana. Ante la agitación creciente de los innovadores, el gobierno central del emperador se muestra más decidido a tomar medidas enérgicas para defender el catolicismo. El papa CLEMENTE VII envía como legado suyo al cardenal Campegio, el cual desde un principio exige, en nombre del papa, la ejecución del edicto de Worms. La respuesta de los príncipes es insuficiente. Admiten oficialmente dicho edicto, pero sólo se comprometen a su cumplimiento «en cuanto sea posible».

Las predicaciones luteranas sobre la libertad cristiana y contra la opresión de la autoridad eclesiástica y aun contra el emperador, contribuyen, indudablemente, a revolver las pasiones, ya desde antiguo contenidas, y a desatar la revuelta general que se conocerá en la historia como «Guerra de los campesinos alemanes» (1524-1525). Los campesinos de la Selva Negra (Suabia), oprimidos por el aumento del poder de los nobles, proponen sus reivindicaciones en doce célebres puntos («Doce artículos del campesinado en Suabia»). Entre otras cosas, exigen la abolición de la servidumbre, el libre disfrute de la caza, la supresión de los diezmos, libertad en la elección de sus pastores, todo «conforme al evangelio». El movimiento no tarda en extenderse y los campesinos de Alemania Central y Meridional se sublevan con una clara tendencia a la revolución política y social.

Roto el compromiso inicial por la nobleza, inicia, en la fecha, la «Guerra de los campesinos» (1525-1527). Enfrenta a los campesinos de Suabia, Alsacia, Tirol, Salzburgo, Franconia, Turingia y norte de Alemania, dirigidos por Tomás MÜNTZER, con la nobleza y, sobre todo, en Alsacia, con el obispo de Estrasburgo que ha adoptado el luteranismo. Los «Doce artículos del campesinado en Suabia», se convierten en el manifiesto de todos los campesinos sublevados. Pero la revuelta es rápidamente dominada.

Tomás MÜNTZER y sus hordas de campesinos son derrotados, primero en Leipheim el 4/4/1525, y finalmente en la Batalla de Frakenhausen. El cabecilla y los principales dirigentes de la revuelta, tras ser cruelmente torturados, son decapitados dos días después.