ENRIQUE de Guisa sucede a su padre en 1563 como Tercer Duque de Guisa y Gran Maestre de Francia con el Título de ENRIQUE I de Guisa. Luchará contra los turcos en Hungría en 1565, y a su vuelta, se convertirá en uno de los líderes de la facción católica en guerras de religión contra los protestantes hugonotes. Luchará en la Batalla de Saint-Denis en 1567, en la Batalla de Jarnac y en la Batalla de Moncontour. Disgustado por la Paz de Saint-Germain y por la influencia de los hugonotes y de Coligny, se aparta de la corte.

A pesar de que FRANCISCO de Guisa es asesinado por un fanático hugonote, el edicto de Paz de Amboise asegura la libertad de culto a los hugonotes. El principal autor de esta pacificación fue el almirante GASPAR de Coligny, soldado y político francés, que fue quien rindió en 1552 a los españoles, la plaza de S.Quintín tras una heroica resistencia de diecisiete días. Convertido al protestantismo durante su cautiverio, se erigio, junto con el príncipe de CONDÉ en jefe de los hugonotes.

En 1564, un grupo de colonos hugonotes franceses se establece en Florida septentrional, pero los españoles, al mando de Pedro Menéndez, los matan a todos. (Según explicará, no porque eran franceses, sino porque eran protestantes.) En 1565, Pedro Menéndez funda la ciudad de San Agustín de la Florida, la más antigua de origen europeo en el actual territorio de los Estados Unidos.

El papa PÍO V financia con cargo al erario pontificio la participación de la Iglesia en las guerras santas en Francia contra los hugonotes, o la expulsión de los judíos de los estados de su jurisdicción.

En 1567, se produce un nuevo estallido de la guerra de los hugonotes en Francia, después del fracasado intento de éstos por secuestrar al rey CARLOS IX.

Paz firmada en Longjumeau que da fin a la Segunda guerra de religión (1567-1568). Esta Paz firmada entre CATALINA de Médici y los hugonotes produce sólo una corta interrupción de la guerra civil en Francia.

Las revueltas religiosas continúan en suelo francés. Las bandas armadas recorren aldeas, burgos y ciudades, sucediéndose los atropellos, saqueos, crímenes y violaciones. En 1570, se firma la Paz de St Germain con la que se pretende alcanzar la reconciliación entre católicos y hugonotes, concediendo a estos el libre ejercicio de su religión y como plazas de seguridad determinadas ciudades, por ejemplo, La Rochela. Por otra parte, el duque ENRIQUE de Navarra, tercer hijo del fallecido ANTONIO de Borbón y JUANA de Albret de Navarra acaudilla el partido hugonote durante las guerras religiosas. Para frenar la iniciativa protestante, se ofrece en matrimonio al líder hugonote (calvinista), la mano de Margarita de Valois -la famosa reina Margot-, hermana del rey CARLOS IX.

Paz de St Germain (1570), termina con la tercera guerra religiosa (1568-1570) concediendo a los hugonotes el libre ejercicio de su religión y como plazas de seguridad determinadas ciudades, por ejemplo, La Rochel

En el verano de 1572 todo está dispuesto para celebrar en París la boda del protestante ENRIQUE de Navarra con MARGARITA de Valois, hermana del rey CARLOS IX de Francia. Protestantes y católicos de todas partes se juntan allí para presenciar los grandes festejos de rigor. Por otra parte, se concede libertad a hugonotes en diversas ciudades francesas.

En París (Francia), los hugonotes, con GASPAR de Coligny al frente, están alcanzando cotas de poder preocupantes para la monarquía católica. La concentración en París de numerosas figuras de este partido político-religioso con motivo de la boda de ENRIQUE de Navarra, el futuro Enrique IV de Francia, con MARGARITA de Valois da ocasión a la reina madre CATALINA de Médici, que está preocupada por el ascendiente que GASPAR de Coligny está logrando sobre CARLOS IX, el joven rey de Francia, para ordenar el asesinato de los líderes hugonotes.