Tras los ataques de los mamelucos contra Rodas (a partir de 1480), la Orden de San Juan del Hospital deberá enfrentar violentos combates con los otomanos.

En el siglo XVI la Orden de Sant Joan entra en un período de decadencia. Con la pérdida de Rodas ante los ortomanos (1522), la orden fija su sede en Malta que CARLOS V le ha entregado en feudo (de ahí su denominación como Orden de Malta). Los caballeros de la Orden proseguirán desde Malta la lucha contra los musulmanes y desempeñarán un importante papel estratégico en el rechazo de los ataques turcos.

Desde la primavera de este año, los turcos han iniciado un ataque contra Malta. Juan PARISOT, gran maestre de la orden de Malta, orden que instituyera en Jerusalén Pedro Gerard de Martgnes en 1099, defiende la posición. FELIPE II, enterado del ataque escribe con urgencia a García de Toledo, gobernador de Sicilia, encareciéndole que, por hallarse más próximo, vele él como primero por los intereses de esta isla que debe considerar tan importante para los reinos de la cristiandad como la misma Sicilia. A continuación hace juntar una improvisada escuadra en Mesina, disponiendo que en sus territorios de Italia se recluten más de veinte mil hombres de armas listos para ser embarcados y combatir al turco en nombre de la Cruz de Cristo.

En la fecha desembarcan los soldados de García de Toledo (gobernador de Sicilia) en Malta. Los turcos suponiendo que este contingente era mayor de lo que en realidad aparentaba, levanta precipitadamente el sitio, iniciando la retirada. Los ocho mil hombres de García de Toledo y del Gran Maestre derrotan al Islam -cinco o seis veces superior- arrojando sus legiones en retirada hacia las costas. Los otomanos huyen desorganizadamente en sus naves, jurando en nombre de Alá y de sus profetas tomar venganza. FELIPE II, al saber de este trascendental triunfo de la cristiandad, envía a sus embajadores personales hasta Malta para entregar al Gran Maestre una espada y un preciado alfanje de oro y piedras preciosas como regalo, comprometiéndose a ayudar a Juan Parisot y a los caballeros de la orden con todo cuanto fuera necesario para levantar de nuevo sólidas murallas y defensas en la isla.

Durante la Revolución Francesa, la Orden de Malta pierde primeramente sus posesiones en Francia y en 1798 Malta, que en 1800 pasará a manos de Inglaterra.

Por iniciativa rusa, y más tarde, prusiana, la Orden de Malta puede ser constituida nuevamente: en 1852 surge una Orden prusiana protestante dedicada a tareas caritativas. También se fundan comunidades católicas de la Orden en Renania- Westfalia y en Silesia entre otros lugares. Ambas ramas proseguirán su actividad social y caritativa también después de la Segunda Guerra Mundial, tanto en Alemania como en otros países de Europa Occidental y del sur.

La primitiva orden susbsiste todavía como Caballeros de la Orden de Malta, con su sede en Roma y cinco grande prioratos y diecinueve ramas, once en Europa y ocho en América; sus obras asistenciales y de caridad son numerosas: prestan servicios en hospitales, organizan peregrinaciones a Lourdes y a otros santuarios y construyen sanatorios y asilos en muchos países.