Clemente VII abrió la Puerta Santa de este Jubileo en un tiempo de conflictos religiosos y políticos. En efecto, estaba en pleno apogeo la crisis religiosa, iniciada con Martín Lutero en Alemania el año 1517. El monje agustino había puesto en discusión entre otras cosas el mismo principio de las indulgencias. Se ponía así en tela de juicio uno de los fundamentos del Año Santo. Por otra parte, desde muchas partes se solicitaba una reforma de la Iglesia. También en el campo político las dificultades eran enormes: el conflicto entre Carlos V y Francisco I inició la primera gran fractura política de la época moderna en Europa. También la Iglesia pagó las consecuencias. Dos años después del Año Santo, Roma fue invadida y saqueada, por las tropas imperiales de Carlos V. El Jubileo fue, sin embargo, convocado regularmente, y la Puerta Santa abierta en un clima de agitación.

Roto el compromiso inicial por la nobleza, inicia, en la fecha, la «Guerra de los campesinos» (1525-1527). Enfrenta a los campesinos de Suabia, Alsacia, Tirol, Salzburgo, Franconia, Turingia y norte de Alemania, dirigidos por Tomás MÜNTZER, con la nobleza y, sobre todo, en Alsacia, con el obispo de Estrasburgo que ha adoptado el luteranismo. Los «Doce artículos del campesinado en Suabia», se convierten en el manifiesto de todos los campesinos sublevados. Pero la revuelta es rápidamente dominada.

CARLOS V que quiere conseguir la uniformidad religiosa de sus dominios hispánicos, obtiene una bula papal que le facilita el proceso ya que una junta de teólogos proclama la validez de los bautismos forzosos efectuados por los agermanados en 1521. La medida provoca el estallido de algunas revueltas e intensifica la emigración hacia el norte de África. Sin embargo la inmensa mayoría de los antiguos mudéjares (ahora moriscos) opta por quedarse y negociar una aplicación moderada de los efectos de su nueva condición religiosa. Una Real cédula de CARLOS I de fecha 4 de abril de 1525, declara cristianos a los mudéjares convertidos, y les impone -por tanto-, la obligación de comportarse como tales. La medida propicia una sublevación.

Tomás MÜNTZER y sus hordas de campesinos son derrotados, primero en Leipheim el 4/4/1525, y finalmente en la Batalla de Frakenhausen. El cabecilla y los principales dirigentes de la revuelta, tras ser cruelmente torturados, son decapitados dos días después.

Se produce, en la fecha, el «Baño de sangre» del duque Antonio de Lorena entre los campesinos de Alsacia en Zabern

LUTERO ha dejado el hábito religioso en 1524. En junio de 1525 se une a CATALINA BORA, religiosa que pertenece a un grupo de doce religiosas cistercienses del monasterio de Nimbschen, en Sajonia, que, alentadas y ayudadas por LUTERO, abandonan el monasterio. Durante algún tiempo se permite LUTERO tal familiaridad con estas mujeres, que viven en la misma casa con él, que MELANCHTON se llega a preocupar y lo comenta amargamente.

En 1526 se celebra en Laus un sínodo valdense, en el cual se discuten las ideas de la Reforma protestante. Una opinión sostiene mantener los vínculos con los husitas; otra, acercarse a la Reforma suiza y otra a Lutero. El barba Martín Gonin difunde los escritos de Lutero y encabeza al sector partidario de unirse al protestantismo y distanciarse de los husitas. El sínodo de Merindol (Provenza) en 1530 se orientará hacia los reformadores suizos. Luego en el sínodo de Chanforan en 1532 y a propuesta de Jorge Morel, adoptará una nueva confesión de fe acorde con la Reforma suiza. Se apartará de esta decisión una minoría dirigida por Daniel de Valencia y Juan de Molines; congregaciones del valle del Po, Calabria y Apulia tampoco aceptarán la decisión del sínodo y en algunos casos se sumarán al movimiento anabaptista. Sin embargo, la mayoría de los valdenses se unirán después al protestantismo, al considerar que en lo fundamental comparten la misma fe.

Los Caballeros teutónicos, que ahora se limitan a Prusia oriental, se convierten al protestantismo en 1526.

Concordia de Toledo por la que se limita la presión que ejercerá sobre los moriscos la Inquisición y se establece un largo proceso transitorio para el abandono de sus rasgos culturales externos (lengua, vestidos, costumbres, etc). Por su parte, el proceso de evangelización de los nuevos convertidos es obstaculizado por el absentismo episcopal y la escasez de medios disponibles para la fundación de nuevas parroquias. De ahí que a mediados de siglo XVI, los moriscos no sólo seguirán manteniendo sus rasgos culturales, sino que continuarán profesando abiertamente la religión islámica.

Tras la sublevación de los campesinos alemanes en 1524, LUTERO se pone inmediatamente de su parte, pero luego, dominada la resistencioa por los príncipes, cambia radicalmente de criterio, exhortando viviamente a los príncipes a acabar con ellos: «¡Matadlos como a perros rabiosos!». No es accidental ni pasajero este cambio de LUTERO. En su metalidad se ha ido efectuando un cambio fundamental. Peridad su confianza en la masa y en el pueblo, la pone con toda decisión en los príncipes. Ellos serán los que impondrán la innovaciòn. Lo importante, pues, es ganarse a los príncipes por todos los medios. Cuando la rebelión campesina es reprimida con extrema brutalidad, los supervivientes se vuelven contra el reformador que, según ellos, los ha traicionado. Y en lo sucesivo se proclamarán católicos a machamartillo.