El emperador del SIRG, RODOLFO II provoca la sublevación húngara (1604-1606) al decidir que las Dietas locales no tienen atribuciones sobre asuntos religiosos e impone fuertes medidas represivas contra los herejes, decisión imprudente debido a que en Hungría sólo queda una pequeña minoría fiel a Roma.

Los presbiterianos o puritanos publican la «Millenary Petition» para pedir el fin de las persecuciones. En la conferencia de Hampton Court, su doctrina -que suprime todo poder episcopal- es condenada también por el rey JACOBO I: «No bishop, no king» (Si no hay obispo, no hay rey).

Fallece el papa CLEMENTE VIII. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Crux romulea (La cruz romana), cita que hace referencia a que en su escudo de armas figuraba la triple cruz papal.

Alessandro Octaviano de Médicis es coronado papa con el nombre de LEÓN XI (10.4.1605 – 27.4.1605). Su encendida defensa de la Contrarreforma y el ser partidario de san Felipe Neri le valen a Alejandro de Médici el nombramiento de pontífice a pesar de la oposición manifiesta del rey español FELIPE III, en un cónclave de sesenta y dos cardenales dividido en tres facciones: la española, la francesa y la de los cardenales nombrados por el papa anterior. El candidato de los cardenales es César Baronio, pero habiendo criticado los métodos de la administración española en el sur de Italia, su nombre es rechazado por el rey. Apoyado por los españoles y por los cardenales franceses, resulta elegido. En su elección tiene singular importancia el apoyo financiero de 300.000 escudos que el rey francés ENRIQUE IV, quien tras su boda con María de Médici se ha convertido en pariente de Clemente, le presta. Su papado dura pocas semanas. ALEJANDRO de Médicis, es hombre de gran pureza de sentimientos, humilde y erudito. Su elección es bien acogida por la cristiandad.

Fallece el papa LEÓN XI. Las expectativas que se tienen puestas en este nuevo papa se ven defraudadas muy pronto porque LEÓN XI muere de un resfriado a los 26 días de pontificado. Su breve pontificado, de tan sólo veintisiete días, vale para que los florentinos le apoden Papa Lampo (Papa relámpago), se caracteriza por la gran defensa de la independencia eclesiástica respecto a Francia y la lucha contra el nepotismo. Su trabajo consiste en mantener buenas relaciones entre ENRIQUE IV, Roma y restablecer la paz con el rey español FELIPE III, establece una red de espías para la Santa Alianza, que se mantendrá hasta el reinado de Napoleón. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Undosus vir (El varón ondulado), cita que al parecer hace referencia a la duración de su pontificado, tan breve “como una ola”.

Camilo Borghese es coronado papa con el nombre de PABLO V (29.5.1605 – 28.1.1621). Era un hombre de características similares a las de GREGORIO VII; pero los tiempos eran otros y el poder del Papado declinaba. PABLO V es elegido Papa imponiéndose a candidatos en principio mejor colocados como los cardenales César Baronio y Roberto Belarmino gracias a su neutralidad y equidistancia entre las distintas facciones en que se hallaba dividido el cónclave. Su primera actuación como pontífice es, siguiendo lo decretado en el Concilio de Trento, ordenar que los obispos que han establecido su residencia en Roma, vuelvan a establecerse en sus respectivas diócesis.

El nuevo reinado de JACOBO I de Inglaterra, no es popular entre los ingleses, que mantienen una prolongada tradición de menosprecio a los escoceses, y JACOBO I carece del don de hacerse personalmente querido. Habrá conspiraciones para destronarlo. La más notoria será la «Conspiración de la pólvora». Un grupo de católicos planea, con la complicidad de algunos jesuitas, volar el Parlamento durante la visita a éste del rey JACOBO I para la apertura de la sesión. 36 barriles de pólvora son escondidos al efecto en la sala de sesiones. El complot es descubierto el día antes -el día 4- y uno de los principales conspiradores, Guy Fawkes, es detenido. El «Guy Fawkes day» conmemora todos los años, el cinco de noviembre, este suceso. Este incidente, determina que JACOBO I exija a todos sus súbditos un juramento de fidelidad en cuyo texto se recoge un reconocimiento expreso a que el papa no posee la facultad de destituir al rey. PABLO V prohíbe a los católicos ingleses que juren lealtad a su rey, lo que pone a éstos en una situación comprometida y da lugar a nuevos rigores contra los que siguen las consignas papales.

En 1606 PABLO V entrega la dirección de la obra de construcción de la basílica de San Pedro a Carlo Maderno quien decide cambiar el diseño de Bramante y Miguel Ángel, que es en forma de cruz griega, a favor de uno en forma de cruz latina. En los próximos veinte años Maderno construirá la fachada barroca. Bernini le pone campanarios que mas tarde se quitarán. La obra de arquitectura se terminará en 1614 y comenzarán las decoraciones hechas por Bernini: El baldaquino sobre el altar mayor, la Cátedra de Pedro, la columnata en torno a la plaza y otras.

PABLO V intenta asimismo silenciar a Galileo Galilei con quien se reunirá en 1616. GALILEO proclama las teorías heliocéntricas de Copérnico y pretende demostrar, en aparente oposición a las Sagradas Escrituras, que es la tierra la que gira en torno al sol.

Es ejecutado Guy Fawkes, conspirador inglés implicado en la fracasada «Conspiración de la Pólvora» para volar el Parlamento inglés. Desde entonces, la separación entre católicos y protestantes en Inglaterra será irreversible.