Desde 1930, tanto Eugenio Pacelli como la jerarquía católica alemana muestran su preocupación por las consecuencias del pensamiento nazi. Los obispos redactan cartas pastorales con ocasión de las elecciones, recordando los criterios morales sobre el voto y las ideas que resultan inaceptables para un católico. No puede decirse que los católicos reciben con indiferencia esas declaraciones, pues el gran ascenso nacionalsocialista se registra sobre todo, en las zonas de mayoría protestante.

El 12 de abril de 1933, el arzobispo Isidro Gomá Tomás es nombrado Arzobispo de Toledo y Primado de la iglesia española, vacante por la dimisión del cardenal Segura. Pese a lo difícil del momento, en el desempeño de su tarea contará con el beneplácito de extensos círculos del moderantismo republicano, pero sin que su inalterable acatamiento al poder legítimamente constituido impida una enérgica repulsa contra cualquier injerencia o extralimitación de la potestad civil en el campo eclesiástico. Línea de conducta a la que conformará igualmente su difícil y arriesgada actuación durante la guerra civil de 1936.

Poco después del triunfo nazi de 1933 se reúnen los obispos alemanes en el lugar tradicional, Falda. Se examina la situación, y las preocupaciones se plasman en una carta colectiva del episcopado. No es una condena explícita, pero no carece en absoluto de claridad. Examinando la doctrina que se imparte, hay frases que no dejan lugar a dudas: «la afirmación exclusiva de los principios de la sangre y de la raza conduce a injusticias que hieren gravemente la conciencia cristiana». Se puede apreciar que los principales temores de los obispos son dos. Por una parte, que el nuevo estado totalitario acabe con las organizaciones católicas, especialmente las educativas. Y, por otra, que el nuevo régimen trate de crear una especie de iglesia nacional y quiera englobar en ella a todos, también a los católicos. Saliendo al paso con firmeza y rapidez de lo que parecen ser los prolegómenos de una nueva «kulturkampf», los obispos alemanes también envían un mensaje no escrito, del que los nazis toman buena nota: la confirmación de su unidad, prácticamente sin fisuras. No resulta prometedor intentar sembrar la discordia entre el episcopado. Para los hitlerianos, parece una mejor vía de atacar a la Iglesia el intentar abrir una brecha entre los obispos alemanes y la Santa Sede. Esta será una de las razones por las que HITLER vera con buenos ojos la posibilidad de firmar con la Santa Sede un concordato.

En realidad, la iniciativa de un concordato entre el tercer Reich y la Santa Sede no surge ni de los nazis ni de la Iglesia, sino de un político católico del Centro, Franz von Papen, a quien Hitler mantiene en su gobierno como vicecanciller. Como católico y miembro del gobierno, cree que un acuerdo sirve para resolver las posibles fricciones que ya empiezan a manifestarse. Con este fin, von Papen aparece en Roma en abril de 1933. En Roma, las principales figuras con las que tenla que entrevistarse eran dos: el Papa Pío XI, y su Secretario de Estado Pacelli. Los dos eran favorables a firmar un concordato, y pensaban que, por pocas que resultaran ser las ventajas, siempre resultaba conveniente intentar entenderse con los diferentes regímenes, aunque fueran hostiles a la Iglesia, como se habla demostrado, por ejemplo, con la república española

El concordato con el Reich alemán, no ha requerido largas negociaciones. Básicamente reproduce el contenido de los recientes concordatos con varios «länder» alemanes, Baviera (1924), Prusia (1929) y Baden (1932), que ha sido negociados por el nuncio Pacelli (futuro Pío XII). Sólo hay un punto controvertido. Pío XI, que tantas esperanzas tiene puestas en las organizaciones confesionales quiere dejar bien atado que conservarán su independencia, especialmente las juveniles. La experiencia italiana le muestra que ese es un punto de fricción. Al final se llega a un acuerdo, y la firma es pregonada como un éxito por ambas. La Iglesia no se hace ilusiones al respecto, pero considera que el concordato servirá de referencia para denunciar los previsibles abusos que cometerán las autoridades, y quizás por ello para mitigarlas. Es difícil calibrar hasta que punto servirá para conseguir este ultimo objetivo, pero puede aventurarse que tuvo cierta utilidad. En cuanto al instrumento en si, no parece en absoluto desacertado su contenido si se tiene en cuenta que este concordato de 1933 seguirá en el siglo XXI.

En España, el cúmulo de medidas secularizadoras de la República es progresivamente intolerante, sobre todo en lo que afecta a los privilegios jurídicos y económicos del clero y a su ámbito educativo. La mayor oposición se produce ante la Ley de Congregaciones, que refuerza la posición del sector más combativo del clero en unos momentos en que la coalición gubernamental está en crisis y la derecha política en pleno ascenso. La carta episcopal de 25 de mayo de 1933, encabezada por el cardenal Vidal i Barraquer, condenaba todas las ingerencias y restricciones con que «esta ley de agresiva excepción pone a la Iglesia bajo el dominio del poder civil», y llama a la movilización política de los católicos contra todo lo que «amenaza a los derechos integrales de la Iglesia».

Ley de Confesiones y Congregaciones Religiosas, aprobada por las Cortes el 2 de junio de 1933, y reglamentada por un Decreto de 27 de julio. En España, los legisladores republicanos, excesivamente apresurados en este punto, fijan el 31 de diciembre de ese año como fecha tope para el cese de las actividades docentes de los religiosos. La Iglesia católica posee 295 centros de Segunda Enseñanza, con 20.684 alumnos y 4.965 de Enseñanza Primaria, donde estudian 352.004 escolares. El Gobierno confia en levantar en pocos meses 7.000 escuelas públicas y 20 institutos nacionales de Bachillerato, que palien los efectos del cierre inmediato de los centros religiosos, sobre todo en el medio rural, y seguir luego creando escuelas a un ritmo de 4.000 por año. En la Enseñanza Media, la sustitución se realizará sin grandes problemas, pero no sucederá lo mismo con la Primaria. Aunque se improvisarán unos 10.000 maestros mediante cursillos especiales, son muchos los Ayuntamientos que por falta de voluntad o de medios no abrirán nuevas escuelas, lo que originará una considerable incertidumbre en numerosas familias.

El Papa Pío XI publica, en la fecha, la encíclica Dilectísima Nobis a «condenar el espíritu anticristiano del régimen español», afirmando que la Ley de Congregaciones «nunca podrá ser invocada contra los derechos imprescriptibles de la Iglesia» y animando a la unión de los católicos contra la República: «ante la amenaza de daños tan enormes, recomendamos vivamente a los católicos de España que, dejando a un lado recriminaciones y lamentos y subordinando al bien común de la patria y de la religión todo otro ideal, se unan todos, disciplinados, para la defensa de la fe y para alejar los peligros que amenazan a la misma sociedad civil». Estas y otras manifestaciones de ruptura, así como las incendiarias prédicas de los diputados derechistas en las Cortes, acentúan en los católicos un reflejo de persecución y dotan a la actividad antirreformista de la oposición conservadora de un cierto aire de cruzada, hasta el punto de ser la movilización religiosa del electorado una de las causas de la recuperación de la derecha no republicana en las elecciones de noviembre de 1933.

Una de las claves del pontificado de PÍO XI es el acuerdo con la Alemania de Hitler, en la fecha, que es negociado por el cardenal Pacelli. Los pormenores de la negociación del concordato pueden iluminar uno de los asuntos más debatidos de la historia, como es el papel de la Iglesia frente al nazismo. El cardenal alemán Faulhaber llama a PÍO XI el mejor amigo de los nazis. Por otra parte, este acuerdo implica, como el Tratado de Letrán para Italia, la imposición del Código de Derecho Canónico en Alemania y la desarticulación de la intervención en política de los católicos. En el caso de Alemania, el Partido del Centro del ex canciller Heinrich Brüning y de clara raíz democristiana es disuelto, con lo que los nazis quedan sin oposición legal alguna en su país. En 1934 para no entorpecer sus relaciones con los fascistas, PÍO XI prohibe a la conferencia mundial judia que mencione su nombre a proposito de una supuesta defensa de los judíos.

Bernadette será canonizada en 1933 y Lourdes se convertirá en el mayor centro de peregrinación mariano.