La Junta de Defensa Nacional decide elegir un solo Jefe de la España Nacional. Tras diversas reuniones, el día 28 de septiembre nombra Jefe de Gobierno y Generalísimo de los Ejércitos de Tierra, Mar y Aire al general de División don Francisco FRANCO Bahamonde. Descartados los generales MOLA por su falta de simpatía a la Falange, y Queipo de Llano por el desprestigio que últimamente ha alcanzado, el único capaz de asumir el cargo es el general FRANCO, tras sus últimas victorias en el frente sur y la ansiada liberación de Toledo. El día 1 de octubre aparece en los periódicos esta noticia.

El día 28 entra en el Alcázar el general Varela -que ha relevado a Yagüe-, ante quien el coronel Moscardó pronuncia su famosa frase: «Sin novedad en el Alcázar, mi general.»

En la noche del 29 de septiembre, un día antes de su publicación oficial, el Decreto de nombramiento de FRANCO es leído por Radio Castilla, que en su lectura realiza una notable omisión, ya que nombra a FRANCO como «Jefe del Estado» y no como «Jefe del Gobierno del Estado» que es como realmente aparece en el Decreto. Desde ese momento, la prensa nacional da a FRANCO la denominación de «Jefe del Estado».

El día 29, FRANCO hace su entrada en Toledo. Al día siguiente da un discurso ante los defensores, en el que anuncia la concesión de la Laureada individual de San Fernando para el coronel Moscardó y la colectiva para todos los defensores. El éxito obtenido tiene enorme repercusión dentro y fuera de España. Sus principales e inmediatas consecuencias son el encumbramiento de FRANCO por los generales de la Junta de Defensa Nacional que le nombra jefe del Gobierno del Estado mientras dure la contienda otorgándosele el mando de «las fuerzas nacionales de tierra, mar y aire». Cabanellas dirá a sus colegas: «Uds. No saben lo que han hecho. Va a creerse que España es suya y no dejará que nadie le sustituya ni en la guerra ni después de ella hasta su muerte»

En la fecha, el cardenal primado de España, monseñor Pla y Daniel, proclama en Salamanca una carta-pastoral. La pastoral lleva por título “Las dos ciudades”. En el índice de la primera entrega periodística se señala: “Año 1936, piedra militar en la historia de España. Revolución y Contrarrevolución. Los dos amores que las engendraron y con ellas a las dos ciudades. Frente al vandalismo de los hijos de Caín, el heroísmo y el sublime y fructífero martirio de los hijos de Dios”. La intención con tales manifestaciones es legitimar el levantamiento en armas contra la República. Es la primera vez que se utiliza el término «Cruzada» para referirse al conflicto bélico.

En la última semana de septiembre y la primera de octubre, Manuel IRUJO, es nombrado ministro de un Gabinete español (es el primer nacionalista vasco que es ministro de un Gabinete español). El PNV puso como condición sine quanon la inmediata entrada en vigor de la autonomía vasca. El hermano de Sabino ARANA discrepa del posicionamiento pro republicano que presenta el PNV y se dará de baja de dicho partido en protesta por la designación de IRUJO como ministro del Gobierno de Francisco LARGO CABALLERO.

En el Decreto nº 138 de la Junta de Defensa Nacional publicado con fecha de hoy, figura el nombramiento de FRANCO sólo como jefe del Gobierno pero sin la provisionalidad de que fuera únicamente para el período bélico. Franco es nombrado asimismo generalísimo de las Fuerzas Nacionales de Tierra, Mar y Aire, confiriéndole el cargo de general jefe de los ejércitos de operaciones. La prensa, sin embargo, le da el título de Jefe de Estado sin límites.

El último foco de resistencia en Toledo queda vencido el 30 de septiembre con la muerte y captura de los últimos defensores republicanos. El asedio del Alcázar de Toledo terminará por convertirse en un mito y en todo un símbolo en el posterior régimen de Franco.

A cambio de lograr esa hegemonía indiscutida, que no ha ostentado en la preguerra, el PNV se vuelca en el conflicto bélico y es el partido con más batallones (28), que forman Euzko Gudarostea, un ejército dentro del Ejército vasco, pues se niega a unificarlos con los batallones del Frente Popular para no perder su control sobre aquéllos. En esta fase, la guerra sí tiene sentido para el nacionalismo, que combate no sólo por la autonomía y el Estado vasco en construcción, sino incluso por la misma existencia de Euskadi nacida en 1936 como ente juridicopolítico. Se trata de una lucha a vida o muerte porque es una «guerra de invasión y exterminio» que lleva a cabo el fascismo español e internacional. Esto acentúa el componente antifascista y antiimperialista del nacionalismo vasco. En efecto, el PNV asume planteamientos anticapitalistas al considerar la Guerra Civil una guerra originada por causas sociales y económicas, y no una cruzada religiosa, según resalta el presidente AGUIRRE en su controversia pública con el cardenal GOMÁ, aliado de FRANCISCO FRANCO..

En octubre de 1936, la Generalitat de Catalunya recupera el control político y establece los tribunales populares, o sea, instancias judiciales civiles, destinadas a juzgar los acusados de apoyar al bando insurrecto sin necesidad de acudir a la justicia militar y evitando la represión incontrolada e indiscriminada que siguen promoviendo algunos grupos obreristas radicalizados. Y es que grupos obreristas radicalizados, especialmente faistas (de la FAI), han iniciado una represión indiscriminada e injustificada contra todo sospechoso de apoyar a los insurrectos. Han sufrido esta persecución clérigos, personas de derechas, católicos practicantes, empresarios y propietarios de tierras. Las autoridades catalanas, como el consejero Ventura Gassol, han protegido a muchas personas perseguidas, especialmente eclesiásticos, como el cardenal Vidal y Barraquer, y han intentado salvaguardar el patrimonio artístico. La Generalitat y los dirigentes de los principales grupos políticos y sindicales han intentado frenar estos excesos, pero no lo han conseguido hasta octubre