Catalunya, entonces olvidando los agravios recibidos, al grito de ¡sometent!, se levanta en armas, dando el ejemplo Barcelona, donde se alistan unos seiscientos hombres formando varias compañías de mosqueteros, arcabuceros y lanceros. El obispo de Barcelona pone en la puerta de su palacio una bandera de guerra donde campa la cruz de Santa Eulalia. Por su parte el virrey, conde de Santa Coloma, congrega desde Girona las milicias del Principado, alistándose por ciudades, villas y lugares un cuerpo de quince mil infantes, divididos en dos regimientos, para marchar, en la fecha, hacia el Rosellón.

Se publica una Pragmática Real, por la cual las tropas acantonadas en Catalunya, deben ser alojadas, alimentadas y pagadas a expensas del Principado, lo que ocasiona profundo malestar, especialmente entre la población rural, la más pobre. Y es que a los soldados profesionales de la época les acompañan sus familias y un buen número de vividores que florecen a su sombra. Es como toda una población nómada que de súbito cayese sobre el territorio. Además, los habitantes deben mantenerles a sus expensas y alojarles en sus propias casas siguiendo el criterio «que sia superior la gent de guerra a la gent de la terra». De esta manera, en pocos días agotan las reservas de una comunidad campesina y entonces saltan sobre otro pueblo o villa como si fueran una verdadera plaga de langostas. La nobleza, el clero y la burguesía están exentos de esta obligación, que sólo recae en los más humildes, afectados entonces por una serie de malas cosechas y por la peste que se ha declarado en Salses.

El alzamiento, extendido por todo el Principado, encuentra soporte entre los campesinos y también entre la burguesía urbana, descontenta por la presión fiscal que impone Madrid y se dirige no sólo contra los soldados y los funcionarios reales, sino también contra la propiedad señorial favorable al sistema que quiere establecer el conde-duque de OLIVARES. La «Guerra dels Segadors» (1640-1652) -que así se conoce históricamente a este alzamiento- coge de esta manera un sentido de afirmación de la soberanía nacional catalana. Coincide con la revuelta de Portugal, de la cual saldrá la independencia de aquella nación. (La canción popular de «Els Segadors» de la cual nace el himno de Catalunya, recuerda aquella guerra.)

La Junta General de Braços constituye al mismo tiempo, una Junta de Guerra formada por catalanes y franceses bajo la presidencia del «Conseller en cap» JOAN PERE FONTANELLA con plenos poderes para organizar la defensa del Principado. Se organiza la estructura militar territorial y las compañías de almogávares. En la defensa de Barcelona se singulariza la Coronela, o milicia urbana.

En la fecha, se firma en Perona un tratado por el cual LUIS XIII de Francia recibe bajo su obediencia y amparo el Principado de Catalunya y los condados de Cerdanya y el Rosellón, con la precisa condición de guardar sus fueros, libertades y privilegios, pasando el mariscal Brezé a ser el virrey de Francia en Barcelona. Las autoridades francesas, en efecto, respetan las instituciones catalanas, y tienen buen cuidado de que, en las principales instituciones, no puedan aparecer dirigentes ?
partidarios de España.

Después de tres meses de asedio, Lleida capitula ante las tropas castellanas en julio de 1644. Las tropas del rey FELIPE IV, entran en Lleida el 6 de agosto y, al día siguiente, en la fecha, FELIPE IV renueva en esta ciudad su juramento de fidelidad a las libertades y constituciones catalanas, prometiendo que estos derechos no se verán afectados por la rebelión del Principado, y la posterior sumisión de la Diputació al monarca francés. FELIPE IV, opta en lugar de la venganza por atraerse a la población. Este gesto real tiene un alto valor simbólico y contribuye a aumentar el número de catalanes partidarios del retorno a la monarquía hispánica.

Económicamente Catalunya está hundida. A la miseria económica se une la peste que azota al Principado entre 1650 y 1652. El contagio proviene de Andalucía, donde se han dado los primeros brotes en 1648. En 1650 llega a Tortosa, probablemente a través de las tropas. Hasta 1652 se extiende por toda Catalunya, haciendo la situación insostenible. Murieron en Catalunya más de treinta mil personas. El propio FELIPE IV escribe a Sor María de Agreda: «En Catalunya se abrasan de peste y de hambre».

Acabada la Guerra dels Segadors, Catalunya queda exhausta. Los hechos bélicos y la peste de 1650-1652 dejan diezmadas a la población y a la economía. El Tratado de los Pirineos ha significado una importante pérdida territorial y demográfica (Perpinyà era la segunda localidad del Principado). FELIPE IV, de otro lado, se ha reservado el derecho de elaborar las listas de insaculación, por lo que las instituciones quedan controladas desde entonces por personas fieles a la monarquia. No obstante, también la monarquía hispánica en su conjunto evidencia una profunda crisis económica, fiscal y política. Por eso comienza una época que algunos historiadores han denominado neoforalismo, ya que se caracterizará por la falta de presiones políticas centralizadoras.

La conferencia de Ceret y el Tratado de Llívia, en la fecha, delimitaran la nueva frontera entre España y Francia que no se consolidará definitivamente hasta los tratados de Bayona (1866 y 1868). A pesar de la «Paz de los Pirineos» la hostilidad con Francia será una constante. El Tratado de Llivia firmado en la población de este nombre entre la monarquía hispánica y la francesa, establece que concretamente 33 pueblos del valle de Querol y del sector hasta el Capcir -exceptuando Llivia- pasan a manos francesas, ejecutándose así la pérdida definitiva, por el Principado de Catalunya, de la parte oriental de la Cerdanya. Una vez concretados los 33 «pobles» de la Alta Cerdanya que habían de ser cedidos a Francia. Llívia queda bajo soberanía española por su condición de «vila» (Población que sin tener el título de ciudad, tiene algunos privilegios que le distingue de los pueblos).

En 1663, se inicia un movimiento popular -Revolta de la sal- a Sant Llorenç de Cerdans (alt Vallespir) contra la «gavella de la sal». Este impuesto, establecido en 1661, da lugar a un activo contrabando con el Principado. La revuelta es duramente reprimida, pero dará lugar a una movilización más amplia, conocida como la revuelta de los «Angelets de la Terra».