JUSTINIANO I cree conveniente prohibir los escritos de tres nestorianos con el fin de facilitar el acercamiento de los monofisitas a la ortodoxia. Los tres puntos que señalan en el decreto correspondiente, las obras o autores condenados recibirán la denominación de los “Tres capítulos” según los cuales son merecedores de la excomunión: Teodoro de Mopsuestia, Teodoro de Ciro y el obispo Ibas. Los tres autores han muerto, pero los dos últimos se retractaron en el Concilio de Calcedonia (451), donde fueron rehabilitados solemnemente. Esto hace que la prohibición sea mal recibida en Occidente, por interpretarla como un olvido de Calcedonia y produzca verdadera indignación al romano Pontífice. En cambio en Oriente tiene muy buena acogida.

Tras la clausura de la célebre escuela teológica de Edesa, de tendencias nestorianas, y las consiguientes emigraciones de sus miembros al Imperio persa, donde fueron bien recibidos, el nestorianismo se convierte en la doctrina oficial de los cristianos de Persia.

El nestorianismo es desplazado por el monofisismo en Siria y Egipto, pero se extiende hacia el Este, a Persia. Allí conservará su importancia aun después de que este país caiga en manos de los árabes. Los seguidores del nestorianismo llegarán a establecerse en pequeñas comunidades en la India y en China. Siguen las enseñanzas de Nestorio, que creía en la doble naturaleza de Jesús, humana y divina, pero las consideraba menos estrechamente unidas de lo que afirmaban los católicos.

Cuando en el siglo XIII irrumpen los mongoles, los nestorianos cuentan con más de doscientas diócesis dependientes del patriarcado persa.

Los nestorianos son prácticamente exterminados a causa de las persecuciones de que son objeto por los mongoles de Tamerlán, a finales del siglo XIV. Muy pocos representantes esta secta herética cristiana sobreirán, pero todavía hoy existen practicantes de la misma.

Los llamados “nestorianos” del Kurdistán turco y persa niegan toda relación con el heresiarca NESTORIO y pretenden ser descendientes de los antiguos caldeos; son cristianos y su número? se calcula en unos 150.000, de los que más de 100.000 permanecen fieles a Roma (uniatos) En la India hay unos 120.000 nestorianos y 250.000 uniatos, descendientes probablemente de los primeros refugiados nestorianos. A veces se les denomina cristianos de Sto. Tomás.