Se establecen, también, tribunales de la Inquisición en Córdoba, Jaén y Ciudad Real, pasando éste último a Toledo al cabo de unos meses.

La Junta General del Consejo de la Suprema -Consejo creado por FERNANDO- decreta las primeras leyes de la Inquisición española bajo el nombre de “Instrucción”. Este código no puede dejar de despertar el más vivo descontento, como así es en Aragón donde los representantes del reino reclaman ante el papa y ante el rey FERNANDO contra la instrucción del nuevo código inquisitorial. Viendo que sus diligencias ante el papa y el rey no tienen ningún resultado satisfactorio, se alían los principales habitantes de Zaragoza y resuelven sacrificar a uno o o dos inquisidores para obligar a los demás a renunciar a su misión. Una noche los conjurados cogen al inquisidor PEDRO ARBUÉS al pie del altar y le hacen, en la fecha, una profunda herida, por la que morirá dos días después. Represión contra los conversos de Zaragoza.

La violenta represión contra los conversos que sigue a la creación de los nuevos tribunales de la Inquisición en Castilla, induce al papa a modificar la concesión original. La estructura definita de la institución española es sucesivamente fijada por INOCENCIO VIII en 1485. A ISABEL y FERNANDO se les reconoce el derecho de nombrar en su vértice a un inquisidor general, a quien el Papa conferirá los necesarios poderes jurisdiccionales, incluido el de designar a los titulares de los tribunales periféricos.

Se celebra en Toledo un Auto de fe del que salen nada menos que 750 reos. No hay ningún quemado.

El papa INOCENCIO VIII (1484-1492) mediante una bula dictada en Roma, designa Inquisidor General para toda España al dominico Fray Tomás de TORQUEMADA, confirmando el anterior nombramiento.

Fernando el Católico ordena en 1487 que la jurisdicción del Santo Oficio se extienda a todo el territorio de la Corona de Aragón; se termina así la oposición local a tal medida, que desde hace diez años mantienen. Tal vez puede considerarse significativo que el propio monarca ceda parte de su palacio, sito en la plaza del Rei, como sede de una institución tan temida. Y, por lo tanto, debe tenerse por significativa también la entrada aparatosa que realiza en Barcelona el primer inquisidor: Alonso Espina. Así las cosas, no cabe sorprenderse de que ni los consellers del Consell de Cent ni los diputados de la Generalitat salgan a recibirle aquel día. Y, por si fuera poco, tardarán todavía no pocos días antes de rendirle el juramento que por su cargo le es debido; en efecto, no se realiza hasta el 20. Para contrarrestar este efecto y contentar su soberbia extrema, Fernando se autocomplace entrando a caballo hasta el interior de la catedral.

El 14 de diciembre de 1487 inaugura sus sesiones el tribunal de la Inquisición en Barcelona, con un gran acto público; más que efectivo, consistió en un simbólico ritual de desagravio, reconciliación y de perdón, otorgado a medio centenar de reos. Los judíos conversos, sufren en Barcelona, desde el año de la fecha, el control de la Inquisición y son marginados en muchas instituciones por decretos de pureza de sangre. El \”poderío real absoluto\” de Castilla se irá implantando también en la confederación catalano-aragonesa, debilitando la autoridad de sus antiguas instituciones gubernamentales que nada podrán hacer, por ejemplo, para detener la llegada de la Inquisición castellana a su reino, en contra de la voluntad popular. Por otra parte la caída de los últimos baluartes musulmanes despierta en los Reyes un nuevo fervor en la idea de la unidad del país y la creación de un estado nacional, un concepto todavía incipiente en Europa. En esta España que todavía no se conoce como tal, carente de identidad nacional, no hay capital ni centro geográfico: el centro está en la autoridad de las personas físicas de Fernando e Isabel.

Por su cuenta y sin una previa concertación con la Santa Sede, hacia 1488 los soberanos ISABEL y FERNANDO adscribieron al inquisidor general un consejo regio -el Consejo de la Suprema y General Inquisición- , encargado de ayudarle.

En la fecha, tiene efecto en Barcelona, un auto de fe en la plaza del Rey. Para ello es instalado un tablado, sobre el que son situados los acusados, dos mujeres, otros tantos hombres y 24 estatuas que cumplen las veces de representación, pues los culpables no han podido ser detenidos. Concluida la siniestra ceremonia, aquellas efigies son trasladadas al Canyet (donde hoy se encuentra la Vila Olímpica), y significativamente quemadas.

Uno de los procesos que alcanzan más notoriedad es el llamado del “Santo Niño de la Guardia”, por el martirio que según algunas confesiones, conversos y judíos hacen sufrir a un niño de pocos años en quien escarnecen la pasión y muerte de Jesucristo. En virtud de este proceso son quemados vivos en Avila el judío Jucé Franco, de Tembleque, y siete cómplices judíos y conversos. Se cree que el decreto general de la expulsión de 1492 tendrá en este hecho un motivo principalísimo.