Aunque la Inquisición funciona desde hace siglos, es el papa PABLO IV quien la introduce en Roma y se muestra implacable con los enemigos de la Iglesia. Además, como napolitano odia a los españoles, que tienen sometida su tierra desde hacía varios siglos. Entre los adjetivos que les dedica, se encuentran los de sucios, bárbaros y herejes, hez de la tierra […] y es gran desgracia que los italianos se vean sujetos a servir a esta canalla… PABLO IV hace un esfuerzo personal durante su reinado para reformar rápidamente la Iglesia mediante bulas y decretos. A la Comisión de reforma constituida por doscientos miembros presididos por él, le sucede la Inquisición a cuyo tribunal son sometidas casi todas las cuestiones relativas a la reforma y del que pocos cardenales y obispos se libran. Califica de herejía el pecado de simonía. Ni siquiera hombres tan íntegros y dignos de confianza como los Cardenales Morone y Pole quedan libres de sospechas, y el primero de ellos llega a ser encarcelado como presunto hereje en el castillo de Sant’Angelo.

La mermada fuerza el ejército franco-papal se desmorona finalmente cuando el 10 de agosto de 1557 las tropas de FELIPE II infligen a las francesas el rotundo descalabro de San Quintín y el duque de Guisa es llamado precipitadamente a la defensa de su propio país. El duque de Alba entra en Roma sin oposición; allí encuentra al Papa destrozado y rendido que suplica la paz. Se le concede. PABLO IV se compromete a no fomentar ni hacer la guerra al monarca español y a no realizar nuevas fortificaciones en las plazas de soberanía eclesiástica.

Después de unos meses de enfrentamientos, el duque de Alba llega hasta las puertas de Roma. Temeroso el Papa, PABLO IV, de que se repita lo sucedido cuando el saqueo por las tropas del duque de Borbón, solicita un armisticio que le es rápidamente concedido. Tanto el de Alba como su rey no quieren provocar un enfrentamiento con el Papa, al estar considerada España a la cabeza de las naciones cristianas. Mientras se cumple el armisticio, el francés duque de Guisa, invade Nápoles, aunque no adelanta gran cosa en la conquista de este reino. Después de la victoria española sobre los franceses, en la Batalla de San Quintín, PABLO IV aliado de ENRIQUE II de Francia, no tiene más remedio que concentrarse en la reforma y pedir la paz con España.

FELIPE II, magnificando acaso la idea de que PAULO IV representaba a Dios sobre la tierra como lo habían hecho los sucesivos herederos de la Santa Sede, exige únicamente que Roma mantenga en adelante su neutralidad entre España y Francia. Todas las plazas tomadas al estado de la Iglesia son devueltas y el duque de Alba acude a Roma para pedir perdón en nombre de FELIPE II por haber invadido posesiones sagradas. PAULO IV, derrotado y vencido se convierte en vencedor por ese respeto que el rey español guarda a los enviados de Dios.

ENRIQUE II de Francia prepara su desquite y manda llamar urgentemente a las fuerzas que tiene destacadas en Italia, abandonando al papa PABLO IV a su suerte. Recluta un nuevo ejército en la Picardía, que pone en manos de Nevers; pide ayuda naval al sultán otomano y alienta a los escoceses a invadir Inglaterra por el norte. El duque de Guisa -Francisco de Lorena- arrebata el puerto de Calais a los ingleses (es cuanto queda de las conquista inglesas en Francia), y el señor de Termes con un ejército de 12.000 infantes, 2.000 caballos y un inmenso tren de artillería, tras atravesar el río Aa, llega a Dunkerque y amenaza Bruselas.

PABLO IV es el promotor de la publicación, en 1559, del primer Index Librorum Prohibitorum (Índice de Libros Prohibidos). También dictó medidas infames contra los judíos, creando el gueto de Roma y obligándoles a llevar por la calle un gorro amarillo (las damas un velo del mismo color) para ser reconocidos al instante. Hasta dudó de la ortodoxia de los ejercicios espirituales que preconizaba Ignacio de Loyola.

PABLO IV muestra a lo largo de sus cuatro años de reinado un desenfrenado nepotismo en favor de su indeseable secretario de Estado, el cardenal Carlo CARAFFA y sus hermanos. A ellos confia la política y la administración de sus dominios hasta el mes de enero de 1559, siete meses antes de morir, en que, horrorizado ante su demostrada depravación, los expulsa de Roma.

Fallece PABLO IV. En su lecho de muerte, el irascible anciano, papa PABLO IV, se arrepiente de sus errores políticos y de táctica, que incluyen una actitud violenta y profundamente hostil con la Inglaterra de la reina ISABEL I. FELIPE II, que ha estado casado con su predecesora, MARÍA TUDOR, y conoce bien a los ingleses, ha tratado, sin éxito, de suavizar esa postura. Todos los papas del siglo XVI, a partir de LEÓN X, han sido perseguidores de los herejes, siendo éstos recibidos en Roma a título de gracioso homenaje que le enviaban las demás ciudades de Italia, y estos mártires llegaban a la ciudad eterna cargados de cadenas. Los mismos ciudadanos de Roma que habían celebrado su nombramiento erigiendo en su honor una estatua en un lugar descollado de la ciudad, tras su borrascoso mandato la derriban, mutilan y arrojan al Tíber, no sin antes colocarle en la cabeza el infamante gorro amarillo de los judíos. Y, no conformes con este acto de simbólico repudio, incendian el palacio de la Inquisición, saquean el convento de los dominicos y ponen en libertad a sesenta y dos reos inquisitoriales. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como De fide Petri (De la fe de Pedro), cita que hace referencia a su nombre y a su apellido, Carafa, que significa fe.