El papa CLEMENTE VI protege a los judíos de Aviñón de una muerte segura, pues los cristianos los hacen responsables de la epidemia. Publica, en 1348, dos bulas en las que condena toda violencia contra los judíos y, además, insta al clero para que tome las medidas necesarias para su protección.

Por órdenes médicas, CLEMENTE VI pasa -a causa de la epidemia de la peste negra- el caluroso verano de 1348 sentado entre dos fuegos que se atizan permanentemente. Aunque él no lo sabe, el calor probablemente mantiene a las pulgas a distancia y el Papa sobrevive.[

La epidemia de peste produce además en Europa un rebrote de los flagelantes, grupos de laicos que peregrinan de ciudad en ciudad azotándose. CLEMENTE VI los acusa de fanáticos y mediante la publicación, en 1349, de una bula, los condena como herejes.

CLEMENTE VI, temeroso del creciente poder de COLA Rienzi que se ha convertido en señor de Roma, envía ante él un legado a quien el nuevo señor dice que los papas deben obedecer al pueblo romano -representado por él, naturalmente- que es el único soberano en la tierra. Como es de imaginar, CLEMENTE VI lo excomulga, instando a los nobles a acabar con él, cosa que hacen, obligándole a huir de Roma.

Durante el pontificado de CLEMENTE VI se produce el inicio de la revuelta encabezada por Cola di Rienzo y que reduce el intervalo entre jubileos de cien a cincuenta años por lo que el segundo Año Santo se producirá en 1350 aunque sin la presencia del papa ya que se niega a abandonar Aviñón para acudir a Roma.

Tras dos años de retiro, COLA Rienzi se presenta en la corte del emperador CARLOS IV, proponiéndole la conquista de Italia. El soberano lo entrega al papa CLEMENTE VI, quien lo encarcela en Aviñón, y lo hubiese condenado a muerte, de no ser por la intervención de Francesco PETRARCA. Vuelto al favor papal, regresa a Italia como asesor del cardenal Albornoz, encargado por CLEMENTE VI de la pacificación de las ciudades que forman el estado papal de Italia, y sobre todo a Roma.

Santa Brígida de Suecia insta al papa CLEMENTE VI, mediante varias epístolas, a abandonar el lujo y las apetencias terrenales, para volver al espíritu evangélico.En efefcto, los papas de Aviñón eran franceses que vivían rodeados de un gran lujo, y que se identificaban con los fines políticos de
los reyes franceses en un momento en que la propia Francia estaba arruinada.

Fallece el Papa CLEMENTE VI. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Ex rosa Attrebatensi (De la rosa de Arrás), cita que hace referencia al hecho que fue obispo de Arras y a que en su escudo de armas aparecen unas rosas.

INOCENCIO VI (18.12.1352-21.9.1362) Sube al solio pontificio Esteban Aubert con el nombre de Inocencio VI. Nacido en Mont en la Diócesis de Limoges (Francia) es elegido Papa en Aviñón el 18 de Diciembre de 1352. El conclave que lo elige como Papa es notable por el hecho de que la primera capitulación cierta de elección es limitada por los cardenales presentes, cada uno de los cuales promete dividir, en caso de ser elegido, su poder e ingresos con el Colegio de Cardenales. Aubert hace lo propio, pero con la restricción de que no sea “contrario a la ley de la iglesia”. Al ser elegido, uno de sus primeros actos como pontífice es declarar ilegal y nulo el pacto, porque contiene una limitación del poder papal conferido en forma divina. Durante su pontificado abordó con fuerza la reforma de la administración eclesiástica, para lo cual prohibió la acumulación de cargos y beneficios, obligó a los obispos a residir en sus respectivas diócesis, luchó contra la corrupción y redujo la ostentación y el lujo en que vivía la sede pontificia.

El pontificado de INOCENCIO VI empieza bajo los buenos auspicios de una profecía de Santa Brígida que dice: “Su buena voluntad sustituirá sus acciones y será recompensada”. Sin embargo, la buena voluntad no basta para poner orden en el Sacro Colegio, que domina en Aviñón y desea someter por completo la voluntad del Pontífice a la de los Príncipes, cuyos representantes interesados son los cardenales.