Los activos Padres de Basilea conocen los deseos del santo padre y toman la iniciativa para lograr la unión. Pero otra vez viene junto al orgullo la confusión de Babel, y la asamblea se divide en multitud de opiniones acerca del sitio donde se han de celebrar las reuniones para llegar a la ansiada concordia: para unos Aviñón, para otros, alguna ciudad de Saboya, Florencia, Udine o simplemente cualquier población italiana. El papa aprovecha este momento de confusión para decretar la suspensión del concilio. Con verdadera intuición, contempla alarmado el desarrollo de los acontecimientos que desembocarán en el temido cisma. Por esto el 18 de septiembre de 1437 el papa EUGENIO IV, viendo que es imposible le diálogo, declara disuelto el concilio y lo convoca de nuevo en Ferrara para estudiar la unión con la iglesia cismática griega. Por parte conciliar la respuesta es contundente también: se declara contumaz al Papa y se anuncia que el Concilio procederá en consecuencia. No puede caber duda de los proyectos del Concilio de no mediar una rendición incondicional del Papado.

Ninguna de las naciones representadas en el Concilio duda de la gravedad de la situación: algunas embajadas protestan formalmente de las medidas contra el Papa; los más partidarios del concilio reclaman cautela. Todo en vano. En octubre, un decreto conciliar expone ampliamente las acciones de EUGENIO IV como orientadas a dificultar la labor del Concilio, y justifica la labor de la asamblea con argumentos evangélicos, escriturísticos y de los decretos del Concilio de Constanza. Se otorga a EUGENIO IV un plazo de cuatro meses para rectificar, anunciándose que, en caso contrario, se le declarará temporalmente en suspenso en sus funciones; al cabo de dos meses de suspensión temporal, ésta se convertirá en definitiva y el concilio decidirá las medidas a adoptar. Papa y Concilio se lanzan a una intense ofensiva diplomática tratando de justificar su actuación y de lograr apoyos internacionales. Algunas potencias afirman desde el primer momento su voluntad de mantenerse junto al Papa; otras alaban la actividad conciliar, incluso se detecta una profunda simpatía hacia la asamblea, pero el temor a un nuevo Cisma les hace tomar distancias. Sólo Alfonso V de Aragón y su aliado, el duque de Milán, apoyan, al parecer sin reservas, al Concilio, dispuestos a obtener las máximas ventajas políticas.

Los obispos contrarios a EUGENIO IV reunidos en Basilea declaran al papa EUGENIO IV suspenso y privado de todo el poder espiritual y temporal y declaran asimismo que ellos como Concilio toman la dirección de la Iglesia mientras dure la suspensión eligiendo a FELIX V -antipapa- (1438 -1449), promoviendo un nuevo cisma.

El 24 de marzo de 1438, se cita a EUGENIO IV ante el Concilio para que responda a una larga serie de acusaciones; también se acusa de abierta desobediencia a todos cuantos permanecen junto al Papa, haciéndoles las más severas advertencias. A pesar de la dureza de las amenazas, se hará cada vez más evidente el aislamiento de la asamblea de Basilea y el reforzamiento de EUGENIO.

Se dan también algunos intentos de reconciliación, en particular a cargo de Segismundo y de los electores alemanes, pero son vanos. El Concilio de Ferrara abre sus sesiones el 8 de octubre de 1438, como segunda parte del Concilio ecuménico XVII. El número de asistentes al Concilio de Ferrara es ya muy superior al de Basilea y poco a poco las conclusiones del de Basilea van quedando desautorizadas. Por otra parte se considera la unión de los cismáticos griegos a la Iglesia Católica Romana.

En enero de 1439 será presentado un documento, por iniciativa conjunta de las naciones que apoyan al papa EUGENIO a fin de salir de aquella situación. En abril, durante la dieta imperial en Maguncia, con la asistencia de embajadores de Alemania, Francia, Castilla y Portugal a los que se han añadido los de Aragón y el ducado de Milán, se debatirá y aprobará aquel proyecto que será elevado al Concilio de Basilea como iniciativa conjunta de esas naciones. La respuesta conciliar será negativa. Esta decisión conciliar provocará una respuesta conjunta de todos los embajadores rechazando los argumentos conciliares y advirtiendo que se ha llegado al punto final y que los reyes a quienes representan actuarán en conciencia. El Concilio de Basilea acabará desvaneciéndose.

Dentro del concilio de Ferrara, en la fecha, se consigue poner fin -desgraciadamente por poco tiempo- al Cisma de la Iglesia de Oriente. El Emperador JUAN VIII Paleólogo se muestra dispuesto a la unión con Roma, sobre todo porque teme un inminente ataque de los turcos y quiere contar con la ayuda de los príncipes occidentales. La Iglesia bizantina acepta la introducción del «Filioque» y la unión se lleva a cabo. También se alcanza un acuerdo con los jacobitas y con las iglesias de Siria y Mesopotamia, así como con algunos sectores de la Iglesia caldea y la maronita del Líbano. Las últimas sesiones de este concilio se celebran, por razones sanitarias, económicas y militares, en Florencia.

ALFONSO DE BORGIA gestiona también las negociaciones de paz entre el rey ALFONSO V el Magnánimo y el papa EUGENIO IV que reconoce la legitimidad del Magnánimo como titular de la corona napolitana. Ello dará lugar al tratado de Terracina de 1444. El éxito de la negociación, le vale a ALFONSO DE BORGIA el capelo cardenalicio, con el título romano de los Quattro Santi Coronati.

El Papa EUGENIO IV aprueba las definitivas conclusiones del Concilio de Basilea-Ferrara-Florencia.

Fallece, en la fecha, el Papa EUGENIO IV. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Lupa Cælestina (Loba celestina), cita que hace referencia erróneamente a su pertenencia a la Orden Celestina, cuando en realidad era agustino. Asimismo la cita recoge que antes de su pontificado fue obispo de Siena, cuyas armas representan una loba.