Con Guillermo fuera de Holanda y sin muchos apoyos y con los principales líderes decapitados parece que el duque de Alba ha terminado con la rebelión y urge al rey a poner en práctica la segunda parte del plan, el viaje del rey a Flandes ejerciendo el papel de rey clemente con sus súbditos. El rey no puede, o no quiere, viajar a Flandes, dejando al duque de Alba solo en su papel de represor. La falta de dinero para pagar a sus ejércitos lleva al duque a imponer un impuesto (alcabala) del diez por ciento sobre todas las compraventas, medida que es vista como un castigo colectivo, y que vuelve a poner en su contra a la población. Es el principio de la Guerra de los Ochenta años. Levantamiento de las provincias calvinistas del norte, dirigidas por Guillermo de Orange. El conflicto durará hasta la Paz de Westfalia (1648).

A pesar de que la flota cristiana, destroza a la marina turca en la batalla de Lepanto, todavía durante muchos años los piratas norteafricanos seguirán atacando los pueblos de las costas del Mediterráneo. Tampoco significa Lepanto el fin definitivo de la hegemonía turca en aquel lugar, ni permite la inmediata conquista cristiana de Chipre, aunque mitiga el peligro en el Mediterráneo occidental y permite respirar a FELIPE II. La presencia turca se prolongará durante largos años hasta que empezará a resquebrajarse en el siglo XIX.

La fuerza de los tercios reduce gran parte de la insurrección. Símbolo de esto es la rendición tras un asedio de seis meses, de Haarlem por las tropas del duque de ALBA (12/1572 hasta 7/1573). Pero la situación de estas tropas es cada vez más preocupante. El mismo duque escribe que la insurrección le llega “no hasta el cuello sino por encima de la cabeza”. La intransigencia con tanto ardor defendida por él y seguida por FELIPE II ha conducido a los Países Bajos a una insubordinación más radical que nunca.

Antonio PÉREZ acapara la entera confianza de FELIPE II. Antonio PÉREZ, que juega a la amistad con JUAN de Austria en un difícil equilibrio con FELIPE II, equilibrio de contentar a ambos e informar a uno y a otro de sus respectivos proyectos y aspiraciones, quiere detener a toda costa la ascendencia de la casa de los ALBA sobre la real familia de los AUSTRIAS. Las actividades de Antonio PÉREZ convertirán la corte en un extraño mundo de conjurados y más tarde él mismo será la víctima de su propia y peculiar política de enfrentamientos, maquinaciones y rumores.

En enero de 1580 muere ENRIQUE I, sucesor del rey portugués don Sebastián, que ha dejado un consejo de regentes para gobernar el país hasta que se escoja a su sucesor. Siete son los candidatos. El monarca español FELIPE II, legítimo aspirante ya que su esposa era tía de Sebastián I y que cuenta con el apoyo de algunos consejeros, cree que sus derechos son imprescriptibles y comienza a actuar con maniobras diplomáticas y militares. Hacia mediados de junio de 1580 el ejército español, al mando del duque de ALBA, cruza la frontera con Portugal cerca de Badajoz y avanza rápidamente hacia Lisboa. Por su parte, la flota, bajo la dirección del marqués de Santa Cruz, queda dispuesta frente a la desembocadura del Tajo.

FELIPE II retorna a Castilla desde Portugal. Las tropas españolas tienen que volver a ocupar Flandes cuando ya ha sucumbido en tierras lusas el duque de ALBA, a la edad de setenta y cuatro años.

GUILLERMO de Orange, tras ser su cabeza puesta a precio por los españoles y sufrir varios atentados fallidos, es asesinado, junto a Delft, por el plomo de una pistola mercenaria (parece ser que fue un borgoñés llamado Baltasar Gerard). En el edificio de Delft, en que fue asesinado hay una placa que atribuye a FELIPE II el criminal acto. Está claro que si no lo fue directamente, sí lo fue indirectamente. FELIPE II, había sido llamado “el prudente”, pero también “terror de Europa” en el epitafio que leen los niños holandeses cuando van a Delft, donde está sepultado el PRINCIPE de Orange (En este mismo epitafio, al DUQUE de Alba se le llama “asesino a sueldo”). En Bélgica y Holanda se asustaría a los niños diciendole: “¡que viene el duque de ALBA!”. La palabra española “hincón” o “noray” (para amarrar las embarcaciones en el puerto) se traduce en neerlandés por “meerpaal”, pero en Flandes y especialmente en Amberes se dice “dukdalf” (que viene de “duque de Alba”), es decir: constante, firme, inflexible e inquebrantable. Y… se dice también de personas.

Con el fallecimiento de María del Pilar Teresa Cayetana de Silva y Alvarez de Toledo, decimotercera duquesa de Alba (1762-1802) supuesta modelo de Goya (maja desnuda?), se extingue la línea directa pasando este título a los duques de Berwick. La duquesa Cayetana muere a los 40 años, supuestamente por una fiebre, aunque se rumorea que ha sido asesinada por Godoy siguiendo instrucciones de la reina. Tras su muerte, varias de sus propiedades son requisadas; Buenavista deja de ser residencia de los Alba y sus famosos cuadros pasan a manos de Godoy, como la Venus del espejo de Velázquez y La educación de Cupido de Correggio (National Gallery de Londres). En 1945, el cadáver de la duquesa será exhumado; no se confirmará su presunto envenenamiento, si bien le faltará un pie, según se dirá porque le serraron ambos para que el cuerpo entrara en el ataúd.

Desde 1954, ostenta el título de duquesa de Alba, María del Rosario Cayetana Fitz James Stuart y Silva, decimoctava duquesa de Alba.