En el ámbito de la administración de Justicia los Reyes Católicos ratifican el establecimiento en Valladolid de la Real Chancillería. Su sede es el palacio de los Vivero, en donde precisamente se habían casado, unos años antes. Los monarcas regularizan el funcionamiento del tribunal mediante la promulgación de ordenanzas diversas (en 1485,1486 y 1489).

La violenta represión contra los conversos que sigue a la creación de los nuevos tribunales de la Inquisición en Castilla, induce al papa a modificar la concesión original. La estructura definita de la institución española es sucesivamente fijada por INOCENCIO VIII en 1485. A ISABEL y FERNANDO se les reconoce el derecho de nombrar en su vértice a un inquisidor general, a quien el Papa conferirá los necesarios poderes jurisdiccionales, incluido el de designar a los titulares de los tribunales periféricos.

En la conquista de Granada por los Reyes Católicos, sigue la toma de Loja, en la fecha, acción en la que tuvo un papel decisivo la artillería. Las tropas cristianas capturan a Boabdil, pero Fernando el Católico, astuto como pocos, en vez de retenerle y pedir por él un rescate, como era costumbre medieval, decide que es mejor devolverle a Granada, ofreciéndole el señorío de Guadix si en seis meses consigue Granada para los cristianos. FERNANDO planea la conquista de Granada con metódica astucia (no en balde Maquiavelo lo tomaría como ejemplo en su Príncipe). Lo primero que hace es fomentar las rencillas internas de la familia real granadina y las banderías que se disputan el dominio del reino. Es un juego a tres bandas: por una parte el rey que quiere conservar su trono, por otra su hijo Boabdil y su hermano el zagal que, cada cual por su cuenta, quieren arrebatárselo. Y el zorro de FERNANDO apoyando a la parte más débil contra la más poderosa.

Las guerras remensas han empobrecido Catalunya y explica, en buena parte, el predominio de la corona de Castilla sobre la corona de Aragón a fines del siglo XV. Estas guerras nos llevan a considerar unas constantes de la historia de Catalunya que el profesor Jaume Vicens Vives definirá como la «rauxa» (el arrebato) y el «seny» (sentido común). La rebelión a ultranza que encabezaría Pere Joan SALA, muerto en el patíbulo, sería un ejemplo de «rauxa». Por el otro lado, Francesc de Verntallat, más inclinado al pactismo, es hasta cierto punto, modelo del «seny». Lo cierto es que, a partir de entonces, el campo catalán conocerá una prosperidad y una paz que sólo turbarán, años más tarde, el bandolerismo y las guerras civiles. Y merece un comentario especial la muerte de ambos protagonistas: Pere Joan SALA, en el patíbulo, abandonado de los suyos; Francesc de VERNTALLAT, protegido por el rey, que le premiará con unas casas en la ciudad. Es difícil afirmar quién de los dos ha tenido razón. Pero lo cierto es que el campo catalán se beneficiará del resultado final de la lucha de los remensas en defensa de sus derechos como personas.

La guerra de Granada costará alrededor de 375 millones de maravedíes, financiados en parte por suscripciones particulares, o cencejiles, y por la llamada Bula de Cruzada, promulgada, en la fecha, por el pontífice INOCENCIO VIII y movilizará, entre Castilla y Aragón, a más de 60.000 hombres.

En su conquista del reino de Granada, los Reyes Católicos, ocupan en la primavera de 1487 Vélez-Málaga y en la fecha capitula, después de tres meses de cerco, Málaga gracias a la rendición de El Zagal que acepta entregar los territorios, rendir vasallaje a los Reyes Católicos y prestar apoyo para la toma de Granada a cambio de conservar tierras y servidumbres.

Los Reyes Católicos, habiendo conquistado Málaga, se dirigen a Aragón, donde las Cortes votan un subsidio para la guerra de Granada. Por otra parte, se establece la Santa Hermandad, igualmente como funciona en Castilla. Los reyes se dirigen después a Valencia donde reunidas también las Cortes, informan a los reyes de los males que comportan al país el poder de los bandos y partidos agitadores. Los soberanos dictan entonces que no sea el poder de los partidos, sino las sentencias legales de los jueces y de los tribunales los que decidan.

Por su cuenta y sin una previa concertación con la Santa Sede, hacia 1488 los soberanos ISABEL y FERNANDO adscribieron al inquisidor general un consejo regio -el Consejo de la Suprema y General Inquisición- , encargado de ayudarle.

Los cristianos enfilan sus armas hacia la zona oriental del reino de Granada, la que corresponde a Boabdil. En el transcurso del año 1488 son ocupadas las plazas de Vera, Vélez-Blanco y Vélez-Rubio.

En 1489 tiene lugar la campaña más dura de toda la guerra. Se trata del cerco de Baza, que se rinde después de un asedio de seis meses, en noviembre. Un mes más tarde se entregan a los cristianos Guadix y Almería. Lo que queda del reino nazarí, bajo la obediencia de Boabdil, se reduce, al finalizar el año 1489, a la ciudad de Granada, la vega contigua y las Alpujarras.