FERNANDO e ISABEL, tras la muerte del Gran Inquisidor, Tomás de Torquemada, podrían haber renunciado al proyecto de dar sucesor al inquisidor y abolir la inquisición, pero se apresuran a proponer al papa al dominico Diego DEZA como continuador (1498-1507). Apenas comienza sus funciones cuando despliega tanta o más severidad que Tomás de Torquemada, redactando unas ordenanzas que de más actividad al tribunal, añadiendo también varios artículos referentes a la confiscación que es el objeto de constante atención para el rey y el Santo Oficio.

ISABEL la Católica, obliga a entrar en el convento de agustinas de Madrigal a dos hijas naturales del rey, llamadas María y Mª Esperanza de Aragón.

Para la boda entre MARÍA -hija de los Reyes Católicos- y MANUEL de Portugal, es necesaria la dispensa pontificia, que ALEJANDRO concede, tras el habitual tira y afloja, del que obtiene las inevitables ventajas familiares. En la fecha, entra MARÍA en Portugal, el país donde reinará, con el acostumbrado séquito que preside el cardenal Mendoza. El soberano la espera en Alcaçer de Sal; allí se casan, para llegar a Lisboa en Noviembre. Este matrimonio hecho a contrapelo, resulta después el único dichoso de todos los contraídos por las hijas de los REYES CATÓLICOS. MARÍA y MANUEL tendrán mucha descendencia. MANUEL I, fallecida María, se casará con una nieta de los Reyes Católicos: LEONOR de Austria.

La plaza de Gibraltar habiendo sido repoblada y organizada su administración por los Medinasidonia desde su conquista a los reyes de Granada, es incorporada en 1502, por decreto de los Reyes Católicos, a la Corona de Castilla con el título de noble villa y \”llave de España\”, por su emplazamiento estratégico.

Los REYES CATÓLICOS toman para los mudéjares del resto de la corona de Castilla una medida similar a la tomada dos años antes para los mudéjares de Granada.

La situación de JUANA preocupa a sus padres, los Reyes Católicos, cuidadosamente informados por sus embajadores de lo que pasa en la corte de FELIPE el Hermoso y es que JUANA aparte de preocuparles como hija, juega un papel político importante. En efecto, muertos sus hermanos JUAN (1497) e ISABEL (1498), así como el hijo de ésta, MIGUEL (1500), la infanta JUANA se ha convertido en heredera de los tronos de Castilla y Aragón. Así, pues, JUANA ha de regresar a España para ser reconocida oficialmente como futura reina. En la fecha, JUANA emprende el viaje con su marido en 1502.

Tras haber sido sofocado el levantamiento mudéjar en Andalucía, los REYES CATÓLICOS toman contra los mudéjares las mismas medidas que en 1492 decretaron contra los judíos: una orden real datada el 12 de febrero de 1502, recoge dos alternativas: Los mudéjares de Castilla pueden optar entre la conversión o el exilio. De hecho, la posibilidad de elección no existe ya que las condiciones de emigración son difíciles. Entre otros impedimentos, los niños menores de 15 años y las niñas menores de 13 deben quedarse en la Península. En consecuencia los bautismos son masivos, y los recién convertidos serán conocidos desde entonces como moriscos. Más de 300.000 moros granadinos abandonan la Península. La mayoría opta por la conversión, pasando a ser de esa manera el primer núcleo morisco de España.

En 1503 se funda en la ciudad de Sevilla la Casa de Contratación de las Indias, encargada de centralizar y controlar fiscalmente todo el tránsito comercial que se efectúe desde la metrópoli con el Nuevo Mundo. Esta claro que los Reyes Católicos conciben el comercio con la Indias con un criterio monopolista. La Corona gozará de este monopolio hasta 1717.

Las labores forzadas, abusos, enfermedades contra las cuales los indios no tenían inmunidad, y el crecimiento de la población mestiza, contribuyen todos a la eliminación del Taino y de su cultura. Las consecuencias de ello serán profundas. La necesidad de nueva fuerza laboral para el cultivo creciente de la caña de azúcar obligará a la importación de esclavos africanos ya desde 1503. Como una solución racional se adopta la encomienda o hacienda por una real cédula de veinte de diciembre de 1503. A cada encomienda se asigna un grupo de indios que bajo la dirección del encomendero trabajarán la tierra. A cambio, el encomendero se compromete a alimentarlos, cuidarlos y evangelizarlos. En teoría no está mal, pero lo que harán los encomenderos será explotarlos como esclavos. Los Reyes Católicos primero y el Consejo de Indias después, legislarán a favor de los indios y promulgarán leyes humanitarias. La dura realidad será que las leyes quedarán en papel mojado y que a seis mil kilómetros de distancia, océano por medio, no habrá manera de velar por su cumplimiento. \”Se acata pero no se cumple\”, declaran cínicamente los encomenderos.

El testamento de Isabel la Católica nos muestra la alta estima y valor que ha alcanzado Gibraltar. En efecto, manda a sus sucesores -entre ellos su marido FERNANDO de Aragón- respecto a Gibraltar: “que no la den (Gibraltar), ni enajenen, ni consientan dar ni enajenar, ni cosa alguna de ella…”