Los Reyes Católicos, habiendo conquistado Málaga, se dirigen a Aragón, donde las Cortes votan un subsidio para la guerra de Granada. Por otra parte, se establece la Santa Hermandad, igualmente como funciona en Castilla. Los reyes se dirigen después a Valencia donde reunidas también las Cortes, informan a los reyes de los males que comportan al país el poder de los bandos y partidos agitadores. Los soberanos dictan entonces que no sea el poder de los partidos, sino las sentencias legales de los jueces y de los tribunales los que decidan.

Por su cuenta y sin una previa concertación con la Santa Sede, hacia 1488 los soberanos ISABEL y FERNANDO adscribieron al inquisidor general un consejo regio -el Consejo de la Suprema y General Inquisición- , encargado de ayudarle.

FERNANDO II, suspende las elecciones que se habían de celebrar en Catalunya en julio de 1488 y designa personalmente los nuevos diputados de la Diputació entre hombres de su confianza. La intervención de FERNANDO II tiene una finalidad primordialmente económica. La Mayoría de los acreedores de la Diputació: burgueses, eclesiásticos y militares, exigen dicha intervención. Desde las quejas de los consellers de Barcelona (muy a menudo enfrentados con la Diputació por cuestiones de jurisdicción y de ceremonial) a las protestas generales que FERNANDO II aduce, hay todo un mar de malestar y de efervescencia. El dinero, egoísta como siempre, reclama sus derechos.

Los cristianos enfilan sus armas hacia la zona oriental del reino de Granada, la que corresponde a Boabdil. En el transcurso del año 1488 son ocupadas las plazas de Vera, Vélez-Blanco y Vélez-Rubio.

En 1489 tiene lugar la campaña más dura de toda la guerra. Se trata del cerco de Baza, que se rinde después de un asedio de seis meses, en noviembre. Un mes más tarde se entregan a los cristianos Guadix y Almería. Lo que queda del reino nazarí, bajo la obediencia de Boabdil, se reduce, al finalizar el año 1489, a la ciudad de Granada, la vega contigua y las Alpujarras.

En la fecha, FERNANDO e ISABEL dirigen una carta a los alcaides, alfaquíes, cadíes, alguaciles y al pueblo de Granada anunciando la intención de mantener el asedio hasta que la ciudad se rinda. Ofrecen condiciones muy ventajosas y el respeto a su ley Xaracina si se entregan en los veinte días siguientes. En caso contrario, el pueblo será tratado con el mismo rigor con que lo ha sido el de Málaga.

FERNANDO diseña la política exterior de la monarquía hispánica en función de los que habían sido los tradicionales intereses antifranceses de Catalunya. Una política exterior destinada a establecer un entramado de matrimonios que deje a Francia aislada y rodeada de enemigos. Así, Catalunya aporta todos sus enemigos tradicionales (Portugal, Inglaterra, Flandes-Borgoña y el imperio alemán). En cambio, Castilla renunciaría a su rivalidad con los portugueses y a su amistad con Francia. Además del éxito de la política matrimonial que practica con sus hijos, FERNANDO también mueve con habilidad dos herramientas innovadoras: la diplomacia basada en embajadores permanentes y las grandes unidades de infantería con armas de fuego. Por primera vez desde la época romana, la caballería deja de ser la pieza decisiva de cualquier batalla, incapaz de enfrentarse a lineas compactas de infantes que combinan el uso de las picas, arcabuces y cañones.

Los REYES CATÓLICOS deciden, en la fecha, efectuar mejoras en diversos puertos del País Vasco (Rentería, Guetaria, Bermeo o Bilbao) y del litoral andaluz (Cádiz). También fomentan los REYES CATÓLICOS la construcción naval. La actividad industrial, en cambio, es de más cortos vuelos. Hay, sin duda, un tímido despegue artesanal, del que dan buena cuenta las industrias pañeras de Segovia o de Cuenca, las sederías granadinas o la producción de objetos de vidrio y de coral de Catalunya. Pero la mayor parte de esas manufacturas se consumían in situ. Por lo demás es significativo que un país productor de grandes cantidades de lana de excelente calidad tenga que recurrir a la importación de paños.

En realidad, el nervio financiero y militar de los ejércitos de Fernando el Católico es siempre castellano, pero los territorios catalanes también tienen una participación destacada en los conflictos que se desencadenan en su zona de influencia tradicional (el Mediterráneo occidental)

En el reinado de ALFONSO VII y SANCHO III se habían fundado las Ordenes militares de Calatrava, Alcántara y Santiago. Estas órdenes, militares y religiosas a la vez, tenían casi la misma organización y los mismo fines. Compuestas todas ellas de monjes y seglares, cada una bajo el mando de su Gran Maestre, constituyeron milicias poderosas siempre prontas a tomar las armas para la defensa de la monarquia y de los pueblos cristianos contra los infieles. Acabada la reconquista ya no tuvieron razón de ser y los REYES CATÓLICOS incorporaron los maestrazgos a la corona.