El incremento de los herejes, principalmente del movimiento de los cátaros, lleva a la Iglesia a la fundación de un tribunal eclesiástico permanente que se cuide de la investigación y castigo de los herejes, a fin de combatirlos de un modo más racional: Inquisición episcopal o medieval (1184-1230) de la que derivarán todas las demás. Se denominará episcopal porque no dependerá de una autoridad central, sino que será administrada por los obispos locales.

Muchos cátaros, huyendo de Francia, ante la actuación de los tribunales permanentes, se refugian en Catalunya -principalmente en la Diócesis de Urgell- y Aragón. Las primeras persecuciones en Catalunya contra ellos, datan de 1197, siendo ordenadas por PEDRO II de Aragón, quien dicta una ley de expulsión de los herejes y la pena de muerte en la hoguera.

Ante la perturbación que ocasionan todas las sectas con sus actividades desmoralizadoras y la amenaza de que se levante un dique de cultura anticristiana, totalmente hostil a la iglesia entre Roma y las cortes católicas de Inglaterra y Francia, por los avances que estas tendencias manifiestan en las tierras provenzales, al ascender INOCENCIO III al solio pontificio, se propone combatir a fondo estas herejías. Al principio de su pontificado, el papa no se muestra partidario de la represión violenta, diciendo que desea “la conversión de los pecadores, no su exterminio” y conforme a estos criterios intenta atraerlos por medio de misioneros que los disuadan de su error y, en último extremo, que procedan a excomulgar a los contumaces. Las máximas penas que se aplican en general, son el destierro y la confiscación de los bienes.

Pasados cinco años de su ascenso al solio pontificio, INOCENCIO III, que ha endurecido su postura inicial y que ahora afirma que los herejes cátaros resultan ser más peligrosos que los sarracenos, cree llegado el momento de introducir en la Iglesia Católica inquisidores dependientes de los obispos, que tengan el derecho de perseguir a los sectarios.

En consecuencia con el endurecimiento de su postura inicial, INOCENCIO III nombra como legados apostólicos para el problema de los cátaros, a Arnaut ALMERIC abad del Císter y al monje PEDRO de Castellnou. Los obispos suscitan diversas dificultades ya que la misión, encargada a los monjes cistercienses, les desagrada totalmente, pues la consideran una usurpación de sus funciones.

Un canónigo regular español, DOMINGO de Guzmán (1170 – 1221), de la diócesis de Osma, coincide durante un viaje diplomático por el sur de Francia con la misión oficial destinada a la conversión de los albigenses. La pompa de los legados y sus ayudantes constituye un serio impedimento a su labor. Enseguida comprende el canónigo español la causa del escaso fruto de aquella actuación misionera. De ningún modo pueden competir estos misioneros oficiales con la austeridad y el ambiente penitencial que muestran los predicadores de la secta y que, por eso mismo, son admirados por el pueblo. Comprueba, por otra parte, que la mayor parte del clero es incapaz de combatir la herejía, pues carece de cultura y no puede rebatir sus argumentos. DOMINGO, entonces, comprende que los albigenses tienen que ser combatidos en su propio terreno por hombres que lleven una vida moral intachable, de oración y penitencia, y bien formados doctrinalmente. Empieza, pues, a reunir a unos cuantos clérigos de esas características.

El movimiento de los albigenses se está acentuando, y la situación llega a ser tan comprometida para la Iglesia, que ésta está a punto de perder totalmente la hegemonía sobre las provincias mediterráneas de Francia. En setiembre de 1207, el papa INOCENCIO III declara prescritos todos los feudos meridionales de Francia y se dirige al rey franco FELIPE II Augusto pidiéndole que obligue a los señores meridionales que sean vasallos suyos a que se tomen en serio la erradicación de la herejía albigense, y le autoriza a que se anexione los dominios de los señores que se nieguen a ello, así como los de los señores favorables a los herejes. FELIPE II Augusto, rey de Francia, a pesar de que busca la ocasión para anexionarse Occitania, situada delante de Catalunya-Aragón, al encontrarse en guerra con el inglés JUAN sin Tierra, no cree conveniente distraer sus fuerzas militares, y, a pesar de los requerimientos del papa, no da un paso en este sentido.

El Papa INOCENCIO III solicita, a través de su legado PEDRO de Castellnou, la colaboración de RAMON VI -Conde de Tolosa (Occitania)-. El conde se muestra reacio a seguir los deseos del Papa. RAMON VI es el feudatario más poderoso de la monarquia de Francia y casi con la independencia de un soberano. No es albigense, pero su indiferencia en materia de religión le hace tolerante para con aquellos de sus súbditos que son afectos a la herejía: la mayor parte de los nobles son herejes, y los que no lo son se hallan favorablemente dispuestos hacia unas teorías que, oponiéndose a las desmesuradas pretensiones de la Iglesia, dan pie a despojarla de sus inmunidades.

El legado pontificio -PEDRO de Castellnou- que ha increpado duramente a RAMON VI -Conde de Tolosa- por su falta de colaboración con el papa en su lucha contra los albigenses, es asesinado de un lanzazo, en Gèli, la Camarga, por un súbdito del conde, al día siguiente de la entrevista. Ante este asesinato, el papa INOCENCIO III decide impulsar definitivamente una cruzada contra el catarismo. La Iglesia condena las guerras privadas y el bandidaje de los caballeros, pero, en cambio, los anima a luchar contra los “infieles”; así, el ardor bélico se canaliza hacia la guerra santa. Por otra parte, INOCENCIO III excomulga a RAMON VI de Tolosa por su falta de colaboración en la lucha contra los cátaros.

Acaso no ha sido RAMON VI el responsable del asesinato de PEDRO de Castellnou, pero incluso el mismo papa INOCENCIO III lo da por seguro cuando en carta del 10 de marzo a los obispos del sur de Francia, después de hacer la apología del mártir, manda declarar a los súbditos del conde de Tolosa libres de todo juramento de obediencia y sumisión. Enseguida el papa escribe al rey y a los condes de Francia que salgan a luchar contra el conde de Tolosa para desposeerle de sus dominios, y hace que el nuevo legado Arnaut ALMERIC, abad del Cister, predique, al mismo tiempo, una cruzada en todo el reino. \”¡Levántate, soldado de Cristo; levántate, príncipe cristianísimo!\”, es el grito del Papa. Y el Mediodía francés se convierte en la presa de los saqueos de los caballeros de la Francia del Norte. Por otra parte, la convocatoria de una cruzada de la Santa Sede deja los intereses de los catalanes en una posición extremadamente difícil: por un lado, sienten el deseo de intervenir y, por otro, saben la conveniencia de ser prudentes.