La Cortes, asamblea destinada a asegurar la representación del reino ante el soberano en determinadas circunstancias y, en particular, a concederle los subsidios necesarios, constan en principio, de miembros de las tres categorías de la sociedad: nobleza, clero y delegados de las ciudades. Como su función esencial es votar el impuesto directo (servicio), las categorías privilegiadas se reúnen con menos regularidad que los plebeyos, de tal forma que las Cortes terminan por manifestarse como la representación de las ciudades, de ciertas ciudades para ser más exactos.

Al final del segundo año del inútil catecismo del cardenal Mendoza, toda la cristiandad fue aterrorizada por las victorias del gran turco MOHAMED II. La reacción en España, cuando llegaron las noticias de tales horrores, en setiembre, tuvo sin duda algo que ver con la decisión del Rey FERNANDO y de la reina ISABEL para llevar a efecto, sin más dilación, en la fecha, los poderes conferidos a ellos por el papa SIXTO IV en el año 1478.

El tribunal de la Inquisición en Sevilla comienza sus actuaciones en la ciudad del Guadalquivir a finales de 1480, siendo los primeros inquisidores fray Miguel de Morillo y fray Juan de San Martín. Utilizando procedimientos como la aceptación de las denuncias anónimas y el empleo de la tortura, la Inquisición se mostró muy eficaz en la persecución de los herejes judaizantes. Los conversos poderosos de Sevilla no podían creer que la joven reina ISABEL pensara en quemar a alguno de ellos si lo juzgara necesario. Solamente en Sevilla se calcula que fueron condenados a muerte, entre los años 1481 y 1488, unas 700 personas, si bien era la justicia secular la que se encargaba de ejecutar la sentencia. Ni que decir tiene que cundió el pánico entre los conversos. El propio pontífice SIXTO IV, ante el rigor de que daba muestras la Inquisición, intentó recuperar su control pero los REYES CATÓLICOS no lo permitieron. La Inquisición se convertirá en un instrumento muy eficaz al servicio de los fines políticos e ideológicos de la monarquía de FERNANDO e ISABEL.

JUANA la Beltraneja, hija de ENRIQUE IV el Impotente, a la que se pretende casar con el príncipe JUAN, heredero de los REYES CATÓLICOS, decide ingresar a los dieciocho años de edad en el convento de clarisas de Coimbra ante la insistencia de su tía ISABEL, usurpadora de su trono, que impone taxativamente esta condición para pactar la paz con Portugal. En esta orden permanecerá, hasta su muerte que acaecerá en 1530 a los 68 años de edad, bajo constante vigilancia ordenada por ISABEL la Católica. En su testamento figurará bajo su firma: «Yo, la Reina».

La otra razón es la estratégica. La diplomacia granadina era virtuosa en el mantenimiento de equilibrios. Entre la hoz castellana y la coz marroqui, los soberanos granadinos habían aprendido la lección de las antiguas taifas y supieron mantenerse en equilibrio, aplacar a Castilla con sobornos y tributos, aceptar solamente pequeños contingentes de tropas de Marruecos y sacar provecho de las debilidades y rencillas internas de tan poderosos vecinos aliándose con el bando más débil. Otra clave de la estabilidad granadina fue su pujante economía basada en un racional aprovechamiento de los recursos agrícolas y en un activo comercio con países mediterráneos, tanto cristianos como musulmanes que impulsó la industria y la artesanía del reino.

La razón de la sustitución del viejo Tribunal por la moderna Inquisición, viene dado por el carácter centralizador de ésta y la intervención personal de los monarcas, que hubiese resultado imposible en la antigua Inquisición medieval, controlada estrechamente por el Papa y los superiores dominicos. En el nuevo Tribunal los inquisidores eran nombrados por los reyes y no se debe olvidar que, en el pensamiento de la época, la herejía -si se dejaba crecer- amenazaba la unidad del Estado

De ahí la idea de crear una jurisdicción especial, un tribunal que se encargaría de investigar los asuntos dudosos, que castigaría a los judaizantes, pero lavaría a los otros, a la mayoría, según decían, de la infamia. No se trata de volver a hacer entrar en vigor la antigua inquisición medieval, destinada a luchar contra toda herejía en general, sino de establecer una jurisdicción nueva, para responder a un caso particular y para reprimir delitos muy precisos, los ataques a la fe por parte de los judaizantes. (La Inquisición, por otra parte, también se cebó sobre los casos de brujería que, en general, solamente estaban basados en múltiples leyendas que circulaban, especialmente, en el norte de España, como la recogida por el conde don Pedro de Barcellos, a principios del siglo XVI.)

El nuncio del papa nombra dos inquisidores para ir a instalar en Sevilla el Santo Oficio. Apenas logran instalarse los inquisidores cuando emigran casi todos los recien cristianos a las tierras del duque de Medina Sidonia, del marqués de Cádiz, del conde de Arcos y otros señores, creyendo que en ellas estarán seguros en virtud de las franquicias que se gozan en sus dominios. Mas al tener conocimiento de dichas emigraciones, los inquisidores, a cuyo frente se acaba de poner Tomás de TORQUEMADA, declara con una proclama del 2 de enero, convictos de herejía a todos los emigrados por el solo hecho de haberse ido, y manda a todos los señores de Castilla que los apresen y los envíen con guardias a Sevilla, debiendo apoderarse de sus bienes y haciendas bajo pena de excomunión, confiscación de sus dominios y pérdidas de empleo y dignidades. Es tal el temor que inspira el Santo Oficio que los prisioneros llenan el convento en que se les amontona y pronto éste es poco para contenerlos a todos.

En la ciudad de Sevilla, tiene lugar el primer «Auto de fe» de la Inquisición española moderna. Tras las pesquisas, arrestos y juicios realizados por el tribunal de la Inquisición, se celebra el 6 de febrero de 1481. En la celebración son quemados seis conversos, sospechosos de pretender atentar contra la vida de los inquisidores. (También se habla de 16 quemados). Según testimonios que vivían en aquellas fechas, durante ocho años el tribunal de Sevilla condenó a la hoguera a setecientos acusados de herejía y condenó a prisión perpetua o a penitencias rigurosas a cinco mil. Conviene hacer notar que si bien en la legislación contra los herejes lo fundamental era que los inquisidores persiguieran el delito de apostasía de los judaizantes, todo género de actos considerados como heréticos caían bajo la jurisdicción del Santo Oficio.

La Inquisición propaga su radio de acción al resto de las ciudades de la Corona de Castilla: Córdoba (1482), Jaén (1483), Toledo (1485), Salamanca (1488), Burgos (1489), etc.