Como Barcelona está virtualmente perdida para la causa real su puesto es ocupado por Tortosa. Pero también Tortosa se rebela contra los funcionarios virreinales. Se intentan arreglos pacíficos, pero ninguno es aceptado. Finalmente, en la fecha, entra por el sur de Catalunya el ejército real dirigido por el marqués de los Vélez y desde Tortosa inicia el avance hacia el interior. Las tropas reales apenas encuentran resistencia en la parte Sur del territorio, donde los alojamientos son pacíficos. Las poblaciones se entregan, recibiéndoles como liberadores. Se produce la retirada del ejército francés a excepción de Cambrils en donde tiene lugar una auténtica masacre con varios cientos de muertos.

Es nombrado nuevo Virrey de Catalunya el marqués de los Vèlez.

El conde-duque de OLIVARES comprende que la política de blandura que hasta entonces ha empleado no da los resultados deseados por lo que propone unas medidas correctivas que son unánimemente aprobadas por el Consejo de Aragón y el Consejo de Estado. Aparte de la actuación política el plan comporta la preparación de un ejército de unos 35.000 hombres para la ocupación de Catalunya, si es necesario. (En realidad nada mes posible reclutar unos 20.000 hombres de ellos 6.000 portugueses, destinados a Italia en principio, y cuyo destino se modifica).

Aunque Felipe II prometió regir Portugal con funcionarios portugueses y con arreglo a las leyes portuguesas, y mantuvo sus promesas, sus sucesores Felipe III y Felipe IV han dejado sentir un control español cada vez más pesado. En Portugal crece el descontento y cunde la desmoralización. Y algunas partes de su imperio ultramarino empiezan a escapársele para caer en manos holandesas. Las rebeliones de 1634 y 1637 han sido reprimidas. Pero en 1640, cuando la atención española está enteramente absorbida por el levantamiento de Catalunya, el 1 de diciembre, Portugal aprovecha la ocasión para alzarse y proclamar rey a Juan de Braganza (1604-1656), tataranieto de Manuel I, que había reinado 125 años antes. El nuevo monarca toma el nombre de Juan IV. Francia e Inglaterra se apresuran a reconocer la independencia portuguesa (puesto que servirá para debilitar a España, con la cual ambas naciones mantienen una prolongada enemistad), y su ayuda permitirá a Portugal invadir España y derrotarla en 1644. Con ello la independencia portuguesa quedaba asegurada, si bien España se negará obstinadamente a reconocerla durante un cuarto de siglo.

JUAN IV el Afortunado, rey de Portugal, comienza una guerra con España, que durará más de veinticinco años, para conseguir el reconocimiento de su independencia.

Se produce la separación de Portugal de la Corona de España, unificados en 1581 por Felipe II. Los ceutíes que se consideran portugueses, creen que su legítimo soberano es el rey FELIPE (IV de España, III de Portugal), y por tanto le siguen guardando fidelidad, después de realizar al respecto un referéndum. Para recompensar esta adhesión, el monarca otorga a la ciudad el título de Noble, Leal y Fidelísima. Junto con Ceuta pasa también bajo dominio español la isla de Perejil adscrita a la ciudad de Ceuta y, por tanto, sujeta a todos sus avatares, situada a 150 m de la tierra marroquí y a 4 km al oeste de Ceuta. Esta pequeña isla deshabitada de forma triangular y pedregosa tiene una importante posición estratégica en la zona del estrecho, por lo que durante siglos será apetecida por varias potencias. Desde este momento, sin embargo, la isla de Perejil no tendrá ocupación efectiva hasta finales del siglo XVIII.

La abadía de Montserrat se pone del lado de la Diputació durante la Guerra dels Segadors

En 1641 el premio del oro y de la plata sobre la moneda de vellón asciende al 130%. En estos momentos España tiene un complicado sistema monetario, por la disparidad existente entre los distintos reinos, y la complejidad del sistema en sí. Hay monedas de oro, plata y de vellón (aleación de plata y cobre), además de monedas de cuenta. En este año la moneda de vellón sufre una inflación incontenible, que conlleva un espectacular aumento de los precios. La crisis económica está absolutamente generalizada en todos los sectores: el mercado exterior español está en manos de extranjeros y desde hace varios años las importaciones superan con mucho a las exportaciones.

Durante la Guerra de los Segadores, las tierras del condado de Prades daban soporte y cobijo a las tropas franco-catalanas. El 1641, el gobernador de Tarragona (empujado por el abad de Poblet y los alcaldes de los pueblos contrarios al rey Felipe IV) envía una expedición contra la villa fortificada de Prades que, al cabo de nueve días de acoso, se rinde. Las murallas sufren graves desperfectos.

A la rendición de Cambrils siguen la de otros pueblos y ciudades. Van cayendo Tarragona, Vilafranca, Sant Sadurní de Noia y Martorell. El cardenal RICHELIEU aconseja a PAU CLARIS, Presidente de la Diputació de Catalunya, la proclamación de una República separada de España y bajo la protección de Francia. PAU CLARIS no ve viable la constitución de una República pero cuando las tropas hispánicas llegan a los pies de las murallas de Barcelona, no queda otra solución que reconocer a LUIS XIII de Francia, como conde de Barcelona «com en temps de Carlemany». Esta proclamación comporta el mantenimiento de las constituciones de Catalunya. Desde 1641 a 1643 parte de la nobleza catalana, al ver el autoritarismo de los lugartenientes franceses y los excesos de las tropas, tomarán partido por FELIPE IV