PERSEO de Macedonia, trata de recuperar la hegemonía de Macedonia sobre Grecia; no renueva su alianza con Roma. Declarada la guerra por el senado, se inicia la tercera guerra macedónica (171 aC -168 aC) entre Roma y Macedonia y por un momento PERSEO, hijo de Filipo V, triunfa. En efecto, los macedonios logran derrotar en Tesalia a la caballería e infantería ligera romanas. Esto provoca que los antiguos amigos y aliados se unan a él, pero PERSEO, temeroso de la reacción romana, evacúa sus fuerzas de Grecia y se retira a Macedonia, renunciando a una guerra ofensiva.

Durante los dos años transcurridos desde el inicio de las hostilidades entre Roma y Macedonia, la guerra ha sido pasivamente conducida por Roma y por Macedonia; sin embargo, esta última despliega una gran actividad diplomática que brinda algunos resultados por el resurgimiento de la flota macedonia en el mar Egeo y por la aparente incapacidad de Roma de dar fin a la guerra. Esto genera entre los rodios el deseo de actuar como intermediarios para finalizar la guerra, dado que su comercio está fuertemente contraído a causa de ésta. Sin embargo, notando el senado romano la actitud de los griegos hacia Roma, y viendo el peligro que esto representa, decide poner fin a la guerra victoriosamente al precio que sea. En la fecha, se nombra cónsul a un noble sin fortuna, Lucio Emilio Paulo, hijo del cónsul del mismo nombre muerto en Cannas durante la Segunda Guerra Púnica, padre biológico de Publio Cornelio Escipión Emiliano. Emilio Paulo contaba con muchos años de experiencia militar y era famoso por su intachable honestidad. Llegado al teatro de operaciones, rápidamente restaura la disciplina que se ha relajado y se dirige hacia Macedonia.

Lucio Emilio Paulo, penetra en Macedonia hasta la ciudad de Pidna, donde se encuentra PERSEO y su ejército. Allí se desarrolla la famosa batalla de Pidna, cuyo resultado es la destrucción para siempre de la monarquía macedonia. En efecto, en la costa egea de Macedonia, y dentro de la Tercera guerra macedónica, se enfrentan por última vez la legión romana y la falange macedonia. Vencen los romanos. Veinte mil macedonios cayeron en la liza y once mil fueron capturados. PERSEO huye con su oro (unos 6.000 talentos) a Samotracia, en cuyo santuario confía encontrar un refugio seguro. Pero los romanos, que no respetan santuarios de ninguna clase, lo obligan a rendirse con sus tesoros y sus dos hijos, siendo confinado en Italia, donde morirá algunos años después. Su hijo mayor, Filipo (y técnicamente heredero del trono de Macedonia) morirá dos años después que el padre, mientras que el más joven se convertirá en un simple escribano.

Como resultado de la guerra, Macedonia es dividida en cuatro repúblicas nominalmente independientes, cuyos habitantes no pueden tener relaciones diplomáticas, comerciales ni matrimoniales entre ellos. Macedonia tiene prohibido comerciar con madera, materiales de construcción, metales preciosos y sal con quien sea. Las fortalezas son desmanteladas y la población desarmada. La monarquía macedonia es destruida para siempre.

Las legiones romanas entran definitivamente en toda Grecia dejando claro que no aceptan sublevaciones y, para que sirva de escarmiento, destruyen por completo Corinto y deportan a Roma 1.000 rehenes procedentes de las ciudades de la Liga aquea y un gran botín. Gracias a éste se suprimirá en Roma el impuesto de guerra (tributum) que grava a los ciudadanos. Hay en todas las ciudades de Grecia, un partido aristócrata que apoya a los romanos, los demócratas están de lado de los macedonios. Los romanos saquean las ciudades aliadas a Perseo, las gentes de la Beocia son vendidas como esclavas. Así, pues, por esta época, la única región griega que conserva cierta independencia es la isla de Rodas. Como sus habitantes muestran escaso tacto en la expresión de esta independencia, desafiando abiertamente el control de los romanos, éstos declaran la isla de Delos centro libre de impuestos, con lo que la competencia así originada lleva a Rodas a la decadencia. Con la decadencia de su flota, los mares quedan a la merced de los piratas cretenses.

Finaliza la Tercera y última guerra macedónica en la que Roma sale vencedor.

Las repúblicas de Macedonia bajo el mando de ANDRISCO, que se hace pasar por hijo del rey PERSEO, se agitan al otro lado del Adriático bajo un intento independentista. Se envía allí un ejército romano y Macedonia se anexiona a Roma.

En el 22 aC., el primer emperador romano, AUGUSTO, separa Grecia de Macedonia y hace de la primera la provincia de Aquea.

Por estos años, un grupo de eslavos ocupan el territorio norteño de la antigua Macedonia griega y entran muy pronto en la órbita bizantina (Macedonios).

Macedonia, Serbia, Montenegro y parte de Bosnia acaban siendo meras provincias del Imperio bizantino gracias a las conquistas de Bizancio sobre los búlgaros.