ENRIQUE de Navarra (Borbón) (ENRIQUE IV de Francia) tiene que hacer valer sus derechos al trono de Francia con las armas, enfrentándose a la Liga Católica en Arques (1589). (Es el primer Borbón que sube al trono de Francia). De hecho sólo es reconocido por los hugonotes. FELIPE II de España, decide la campaña contra ENRIQUE de Navarra. El monarca español presenta la candidatura de su hija predilecta, la infanta ISABEL CLARA EUGENIA, nacida de su matrimonio con la princesa francesa ISABEL de Valois. En los planes de FELIPE, ISABEL ha de casarse con su primo el archiduque ERNESTO, el hemano del emperador RODOLFO II, y ambos deben ser los reyes de Francia. ENRIQUE IV, es el último conde de Foix por lo que los derechos del Principado de Andorra pasan a la Corona francesa (de la que la Republica se declarará sucesora, aunque su derecho se basará en la fuerza y aún no ha encontrado un reconocimiento jurídico aceptable). Desde entonces, los jefes de Estado de Andorra serán el obispo de Urgell y el rey de Francia (hoy, el presidente de la República Francesa). Tal estructura es la que ha permitido que Andorra conserve su independencia.

LUIS XIII, rey de Francia, hijo de Enrique IV, confirma la soberanía de Andorra, compartida por los dos señores feudales: el obispo de Urgell (español) y el rey de Francia. Así, pues, LUIS XIII se considera, como antes los condes de Foix, príncipe pro indiviso junto con el obispo de Urgell.

La Revolución Francesa, tras aniquilar a la monarquía de Francia, deja huérfano al Principado de Andorra en cuanto a su cabeza secular, y a merced de la resistencia española. Tras dicha Revolución, Francia, como heredera de los territorios y de las prerrogativas del conde de Foix, renuncia a todos los derechos feudales sobre Andorra.

El entusiasmo de la España católica y monárquica para luchar contra la Francia revolucionaria es extraordinario; de todas partes afluyen donativos y soldados voluntarios. Se forman tres cuerpos de ejército: uno en la región occidental (Navarra-Guipúzcoa), otro en el centro (Aragón) y otro en el este (Catalunya). Los soldados del rey de España, en una demostración de fuerza, han tomado la iniciativa del ataque y han ocupado el Rosselló. Los revolucionarios franceses, como respuesta se han instalado en la Vall d’Aran, han penetrado por la Cerdanya y se han detenido en Bellver. Andorra se mantiene neutral en el conflicto: los políticos del país saben nadar entre dos aguas. España está a punto de invadir Andorra para forzarla a intervenir directamente contra los franceses. Pero no será necesario porque la Cerdanya será reconquistada en la primavera de 1795 y la paz se firma el mes de mayo. Sin embargo, la idea de convertir Andorra por la fuerza en una posesión española no se abandonará del todo a lo largo del siglo XIX.

NAPOLEÓN, por petición expresa de los andorranos ya que temen la hegemonía española, vuelve a aceptar, en la fecha, la soberanía de Andorra y su Coprincipado. Desde esa fecha, el jefe de estado, es el “co-príncipe”, cargo que han ocupado todos los presidentes de la República Francesa. La primera referencia documental se encuentra en el acta de consagración de la catedral de la Seu d´Urgell (siglo IX) donde se hace una enumeración de las parroquias andorranas y se menciona su pertenencia al condado de Urgell. Los condes van cediendo paulatinamente sus derechos del territorio a la iglesia de Urgell hasta que en el año 1113 Ermengol IV entrega todos sus derechos y posesiones de los valles andorranos al obispo de Urgell. El 8 de septiembre de 1272 se firma un documento en el que se hace referencia a la soberanía compartida entre los condes de Foix y el obispo de Urgell. Será en el siglo XVI cuando los derechos de los Foix sobre Andorra pasen a manos de la corona de Francia, compartiendo así la soberanía entre los reyes de Francia y el obispado de Urgell. La Revolución Francesa interrumpe esta realidad pero Napoleón la recupera en 1806.

Con el transcurso del tiempo, Andorra ha ido modificando sus estructuras pero ha mantenido su soberanía. En 1866 se promulga la Nueva Reforma, que configura el Consejo General (Parlamento) de los Valles.

En 1933 se concede en Andorra el derecho de voto a todos los andorranos mayores de 25 años, ya que hasta entonces sólo votaban los cabeza de familia.

En Andorra, en 1970, las mujeres obtienen el derecho a voto.

Se ha tenido que esperar hasta agosto de 1973 para que se encuentren por primera vez dos copríncipes de Andorra: el obispo de Urgell, Joan Martí Alanis, y el presidente de la República Francesa, Georges Pompidou. El encuentro ha tendio lugar en la ciudad francesa de Cahors. Desde este momento, todos los presidentes de la República Francesa, copríncipes de Andorra, vendrán al Principado y mantendrán contactos frecuentes con su homólogo episcopal.

Es al principio de los años 80 cuando la necesidad de reformas importantes de las instituciones se impone en Andorra. Desde hace ya algunos años, un cierto número de anacronismos han sido denunciados, en particular en materia de soberanía, de derechos humanos y de equilibrio de poderes. Un primer paso en este proceso es el decreto de enero de 1981, en virtud del cual, el Consell General de les Valls que hasta ahora ha ostentado los poderes legislativo y ejecutivo, cede este último a un Gobierno bajo la denominación de Consejo Ejecutivo. Se encaminan así diversos caminos de reformas (Código penal, Código de la administración, etc), siempre sometidos al acuerdo de los copríncipes.