El desastre francés de Pavía, al que había precedido el de Bicocca, traspasaba la hegemonía en Italia a España y sembraba, por lo mismo, la inquietud en el ánimo del papa que veía cómo CARLOS I se convertía en el dueño de gran parte de la península y se constituía en potencial amenaza para la preponderancia eclesiástica y para la continuidad en el poder de su propia familia al frente del ducado de Florencia. Le pareció momento de actuar y lo hizo; pero calculó mal y se equivocó. Retomando el grito de «¡fuera los bárbaros!» que había lanzado Julio II contra los franceses, aplicado ahora a los españoles, y siguiendo la desacreditada práctica de aquél de aliarse alternativamente con los unos para desembarazarse de los otros, CLEMENTE VII buscó la asistencia de FRANCISCO I. Estaba éste comprometido por el Tratado de Madrid a no intervenir en Italia, pero fue el propio papa quien le disipó cualquier escrúpulo de moral caballeresca y le animó a su incumplimiento haciendo alarde de una amplia laxitud de conciencia; le manifestó por escrito que los tratados que se firman bajo la presión del miedo carecen de valor y no obligan a su observancia. Con la dispensa papal que legitimaba su resistencia a someterse a las cláusulas del tratado, FRANCISCO I se dispuso a hacer frente al emperador, y a tal efecto se formó el 22 de mayo de 1526 la liga de Cognac o liga Clementina, integrada por el papa, Francia, Venecia y Florencia.

En la guerra contra Francia en territorio italiano, los mandos del ejército imperial pierden el control sobre las tropas alemanas, enviadas por FERNANDO I, a las que se han añadido, italianos y españoles-. El Condestable de Borbón -uno de los magnates más influyentes de Francia, enemigo de FRANCISCO I- manda estas tropas, y aunque ha sido avisado de la reciente firma de paz con el papado, piensa atacar como empresa personal a la desguarnecida Roma. El duque lleva una túnica blanca para que todo el mundo lo reconozca y lo siga. Pero también el enemigo lo distingue. Un disparo de arcabuz da de lleno en el duque de Borbón y muere. Los soldados no se retiran ante este suceso, al contrario, avanzan enfurecidos y ya dentro de la ciudad, saquean y destruyen, en la fecha, todo lo que encuentran a su paso, en lo que sera conocido como «el sacco de Roma» y que durará ocho días. No es sólo la muerte del duque de Borbón, es el hambre, los meses sin paga, la avaricia, la ferocidad, el pillaje, la sangre… Las tropas imperiales ni siquiera respetan el Vaticano, defendido por un puñado de oficiales y soldados de la Guardia Suiza (189 en total).

El sacco de Roma se alarga durante ocho días. Por un pasadizo secreto, el Papa CLEMENTE VII ha huido al Castillo de Sant Angelo, donde se ha refugiado con cuarenta y dos guardias suizos -los únicos supervivientes ya que han sido muertos 147 soldados helvéticos-, once cardenales y los embajadores de Francia e Inglaterra, mientras las tropas imperiales saquean y profanan todas las iglesias romanas. Los soldados imperiales sitian el castillo de Sant Angelo. Al fin, el papa tiene que rendirse al príncipe de Orange, que ha sucedido al duque de Borbón. El papa promete pagar una importante indemnización, cede seis ciudades de sus estados y permanecer en poder de los españoles hasta que estas condiciones se cumplan. No hay duda de que CARLOS (V) se siente aterrado ante el curso que han tomado los acontecimientos, ajenos a su voluntad, y que él condena en una carta dirigida a CLEMENTE VII. Profundamente religioso, no puede menos que ver con horror todos aquellos sacrilegios cometidos en su nombre. La condena por el emperador de las acciones de sus soldados, no evita la actitud negativa de CLEMENTE VII hacia CARLOS (V).

El saqueo que ha sufrido Roma a manos de las tropas de CARLOS (V) será considerado trascendental para los historiadores del arte y de la cultura italianos. Conmoverá a los espíritus más lúcidos y provocará la diáspora de muchos artistas que residen en la capital pontificia, los cuales acabarán instalándose en otras cortes de la península e incluso de otros países. El saqueo de Roma se considera que pone fin al Renacimiento italiano, y que señala el momento en que sobre Italia se abatió la sombra de la dominación extranjera, de la que iba a tardar mucho tiempo en emerger.
Tal vez la decadencia se hubiera consumado de todas formas, incluso sin invasiones extranjeras. La expansión europea, encabezada por España y Portugal, en dirección a las costas de lejanos continentes, había convertido los océanos Atlántico e Índico en el ámbito de las rutas comerciales. El Mediterráneo era eludido y perdía la importancia que había mantenido por espacio de veinticinco siglos, desde la época fenicia. Pero a pesar de los daños causados por la guerra, a pesar de las herejías y de la decadencia económica, el Papado prosiguió su trayectoria.

FRANCISCO I, esta vez aliado con ENRIQUE VIII de Inglaterra, aprovechando la inmediata reacción producida por los hechos ocurrido en Roma y coaligado en la Liga Clementina, so pretexto de la defensa del papado en peligro, envia un ejército mandado por Lautrec, que reconquista Lombardía (a excepción de Milán, defendida por Leiva) y marcha sobre Roma, pero es vencido por el príncipe de Orange en Aversa. Por otra parte Andrea Dòria, con toda su escuadra, se pasa al bando español. Para colmo de desventuras, se declara la peste, y Lautrec muere a consecuencia de la epidemia. De nuevo los imperiales llevan la mejor parte; en poco tiempo, los franceses serán rechazados en todos los frentes, y no conservarán más que las dos ciudades de Asti y Alejandría. Italia, quedará, definitivamente, bajo el dominio imperial.

El emperador CARLOS V está deseoso de hacerse perdonar los horrores del saco de Roma del pasado mes de mayo. Por eso, a cambio de la confirmación por parte del papa CLEMENTE VII de sus posesiones napolitanas, el emperador favorecerá a la casa de los MÉDICIS. En efecto, en la fecha, las tropas imperiales, ponen sitio a Florencia, donde se ha proclamado la república.

CARLOS V quiere que los vínculos que le unen a CLEMENTE VII (de la familia de los Médicis) -más proclive a Francia que a él- sean de sangre y le ofrece a su hija MARGARITA de Parma para que la despose un Médicis. Siendo hija natural, tendrá que casar con otro ilégitimo, pero eso no es problema para las familias principales de Roma, que siempre los tienen en abundancia. La familia MÉDICIS más que ninguna. CLEMENTE VII designa de entre ellos a ALEJANDRO (quizá hijo natural del mismo papa).

Tras diez años de reinado, CARLOS (V) de Alemania aparece como el gran jefe de la cristiandad. Los turcos son rechazados en Viena, y, en las costas de Africa, el gran almirante genovés Andrea Doria comienza a atacar sistemáticamente las bases del jefe musulmán HAYREDDIN BARBARROJA, que ha tomado Argel en mayo de 1529. HAYREDDIN BARBARROJA es hermano del Aruj Barbarroja, ya fallecido. El emperador domina Italia. En Florencia, gracias a la restauración de los Médicis; en Milán, gracias a su vasallo Francesco Sforza; en Nápoles él es el señor indiscutido, garantizado por la alianza del pontífice.

CARLOS (V) una vez se ha reconciliado con el Papa CLEMENTE VII, impone de nuevo en Florencia la dictadura de ALEJANDRO de Médicis (1530-1537), al que nombra duque hereditario de Toscana

A fines de la Edad Media, Italia estaba dividida en seis Estados principales: a) El Ducado de Savoia. b) El de Milán. c) Las repúblicas de Florencia y d) Venecia y e) Los Estados Pontificios y f) El Reino de Nápoles.