Es nombrado nuevo inquisidor en Toulouse (1306-1323), el hermano BERNARDO GUI. Durante diecisiete años, este fraile dirigirá el descubrimiento de los herejes y su reconciliación o castigo, debiendo hacer frente a tres grandes tipos de herejía de su época: el catarismo, el valdismo y el beguinismo. En todo este período juzgará 930 casos y sólo en uno de ellos hay constancia de que empleara el tormento, seguramente el método usado corrientemente en Languedoc: el hambre. Algunos historiadores le han atribuido la desagradable reputación de haber quemado a los herejes por centenares. De estos 930 casos, 42 que fueron herejes contumaces e incurables sin esperanza de enmienda los entregó a las autoridades seculares para la aplicación del castigo usual. Carecemos de cifras de los que, por falta de pruebas, no llegaron a ser detenidos o fueron liberados sin llegar al juicio; pero su número fue muy elevado.

De las sectas con que tiene que tratar BERNARDO GUI, una de las más enojosas es la de los seudoapóstoles. Su doctrina está formada en un principio en 1260 por Gerardo Segarelli, de Parma. Según esta doctrina, no se debe obediencia a ningún hombre mortal. Sólo se está sujeto a Dios. Pretenden incluso que la autoridad que Cristo confía a Pedro y a los otros apóstoles ha sido transmitida no a la Iglesia Católica Romana, sino a ellos, a través de su fundador. Tienen el poder de disolver matrimonios si el marido o la mujer quieren ingresar en la orden. Fuera de tal secta, no existe salvación posible.

BERNARDO GUI siendo inquisidor de Toulouse hace recoger y quemar públicamente dos carretadas de Talmudes. El Talmud fue originariamente una serie de instrucciones orales, según las cuales interpretaban los rabinos la Ley de Moisés, adaptándolas a las variaciones de las circunstancias. Al principo de la Era Cristiana fue escrito y divulgado. La mayoría se refería a reglas muy estrictas, que abarcaban todas las contingencias que tan cuidadosamente regulaban la vida judía ortodoxa. En esto, como es natural, los cristianos no intervenían. Pero al llegar al siglo XIII había sido opinión unánime en la cristiandad que, además de todos los preceptos y leyes necesarios, los judíos incluian en el Talmud muchas anécdotas blasfemas y obscenas relacionadas con Cristo y con su Iglesia, así como maldiciones e imprecaciones contra los cristianos.

CLEMENTE V, ya en Roma, convertido en una mera herramienta en manos de FELIPE IV, rey de Francia, anula en 1306 las sentencias eclesiásticas que este considera contrarias a sus intereses, especialmente las bulas «Clerecis laicos» y «Unam Sanctam» que ha promulgado Bonifacio VIII. Asimismo, restituye el capelo cardenalicio a Jaime y Pedro Colonna, depuestos por su antecesor. FELIPE IV logra también que CLEMENTE V haga cardenales a veintitrés prelados franceses. También FELIPE IV le exige que declare herético a BONIFACIO VIII, exhume sus restos y los haga quemar. CLEMENTE V logra disuadir al rey de tan esperpéntico proyecto, aunque acepta enjuiciar a su antecesor.

En 1306 la Orden de San Juan del Hospital (Orden deMalta) se instala en Rodas. Allí construye unas fuertes fortificaciones que resisten varios asedios y sirven como retaguardia a su flota naval. Entre sus acciones más destacadas de este período se encuentran las batallas de las cruzadas en Siria y en Egipto. Seis años más tarde, en 1312, tras la disolución de la Orden de los Templarios, la Orden de San Juan del Hospital hereda sus posesiones en Francia.

CLEMENTE V crea un arzobispado en Pekín, a la cabeza del cual coloca al franciscano Juan de Montecorvino para premiar el éxito obtenido por éste en su misión de conversión, a pesar de la oposición de los nestorianos.

FELIPE IV el Hermoso, rey de Francia, alaba a los templarios mientras prepara un golpe bajo contra la orden. El monarca francés no puede perdonar dos cosas: haber visto rechazada su petición de entrar en la orden y el hecho de que en diferentes ocasiones les ha pedido dinero, se lo han concedido y ahora no puede devolverselo porque está cargado de deudas. Pero FELIPE IV necesita más dinero para financiar su guerra en Flandes y codicia, por otra parte, los bienes que detentan los Templarios. Por ello, da orden de arresto contra los Templarios y contra su Gran Maestre JACQUES DE MOLAY, a los que se les acusa de todos los crímenes posibles. A los 138 detenidos se les somete a torturas y 36 mueren a consecuencia de las mismas. El Papa, CLEMENTE V, intenta sustraer el proceso de las manos del rey pero no lo consigue. El rey de Francia, por otra parte, presiona a los cardenales para que lo ayuden en la persecución.

JAIME II el Justo, siguiendo el proceso iniciado por el rey de Francia, FELIPE el Hermoso, ordena la persecución de los templarios en la Corona de Aragón. Las propiedades de los miembros de esta orden son expropiadas y muchos de ellos acabarán condenados como herejes.

¿Pero de qué se acusa a los Templarios? Para empezar, la idea de que se consideren protectores del Templo hace que algunos de sus enemigos indiquen que si el Templo para los cristianos significa el Santo Sepulcro, para los musulmanes y judíos recuerda el Templo de Salomón, y acusan por tanto a los templarios de concomitancias con los infieles a la par que les atribuyen herejías maniqueas albigenses y otras herejías medievales.

Pero la acusación más grave contra los templarios es la que asegura que la ceremonia de recepción de los nuevos caballeros va acompañada de múltiples sacrilegios. Se celebra de noche en la iglesia ante el capítulo de la Orden a puerta cerrada y, según los acusadores, los nuevos caballeros deben pisotear el crucifijo puesto en el suelo. Extraña cosa para unos caballeros que llevan la cruz en sus mantos, pero no importa, la cuestión es acusarlos de algo grave aunque sea inverosimil. Y más todavía lo es la acusación de que adoran a un ídolo llamado Bafumet, probablemente una corrupción del nombre Mahomed o Mahoma. Y así se llenan páginas de fantásticas acusaciones contra la Orden.