Pero la acusación más grave contra los templarios es la que asegura que la ceremonia de recepción de los nuevos caballeros va acompañada de múltiples sacrilegios. Se celebra de noche en la iglesia ante el capítulo de la Orden a puerta cerrada y, según los acusadores, los nuevos caballeros deben pisotear el crucifijo puesto en el suelo. Extraña cosa para unos caballeros que llevan la cruz en sus mantos, pero no importa, la cuestión es acusarlos de algo grave aunque sea inverosimil. Y más todavía lo es la acusación de que adoran a un ídolo llamado Bafumet, probablemente una corrupción del nombre Mahomed o Mahoma. Y así se llenan páginas de fantásticas acusaciones contra la Orden.

En esta época, los emperadores eran elegidos entre familias ajenas a los Habsburgo, y sus realizaciones resultan escasas. No faltan, en cambio, las disputas y luchas entre candidatos al título, en buena medida honorario y desprovisto de contenido. En la búsqueda de un nuevo emperador, los electores votan al conde de Luxemburgo ENRIQUE VII (1308-1313) y, en la fecha, es coronado emperador en Roma por el Papa CLEMENTE V. (Este título ha estado vacante desde la muerte de Federico II). Inquieto por restaurar los derechos imperiales en Italia, ENRIQUE VII de Luxemburgo, intenta una vez más, aunque inútilmente, jugar la carta del dominio universal. Por otra parte, se enfrentará al expansionismo de Francia y tratará sin éxito de recuperar la influencia que ha perdido el título imperial.

La detención de los templarios sin la autorización del pontífice, de quien depende directamente la Orden, hace protestar a CLEMENTE V pero FELIPE IV de Francia lo convence presentándole las confesiones obtenidas bajo tortura y consigue que el Papa promulgue la bula «Pastoralis praeminen» que decreta la detención de los templarios en todos los territorios cristianos. Presionado por el rey francés, CLEMENTE V convoca en 1308, mediante la publicación de la bula «Regnums in coelis» el concilio de Vienne que se celebrará entre 1311 y 1312.

El papa CLEMENTE V escribe a los reyes de Aragón, Castilla y Portugal y a los inquisidores de estos reinos, que manden prender a los templarios, que todavía no han sido perseguidos. La Inquisición comienza a apoderarse de sus bienes conforme a las órdenes del papa, y trabaja para reunir a todos los caballeros del Temple en los distintos conventos para examinar su fe y su conducta. Algunos son reconciliados y otros condenados a durísimas penas.

El palacio de Letrán, residencia principal de los Papas, entrará en un periodo de decadencia durante el traslado de la sede papal a la ciudad francesa de Aviñón entre 1309 y 1378. En 1307 y luego en 1361 será dañado gravemente por dos grandes incendios. En la sala conciliar del Palacio tuvieron lugar un total de seis concilios entre 1123 y 1517.

A principios del s. XIV toda Prusia ha quedado sometida, cristianizada y germanizada. Los prusianos han sido convertidos a la fuerza. Se hace venir a la región a numerosos colonos alemanes y se instaura, de hecho, un Estado independiente (conocido más tarde con el nombre de Prusia). Así se consolida una importante cabeza de puente alemana que se convierte en amenaza constante para los países de su alrededor. Los Caballeros Teutónicos? se convierten en una gran potencia territorial en Prusia, Polonia y las fronteras eslavas. Fundan diversas ciudades alemanas a lo largo del litoral meridional del mar Báltico: Riga, Koenigsberg, Memel, etc. Sus vastos dominios los convierten en uno de los más importantes productores de cereales. Malbork (Marienburg) es, en la fecha, la residencia-capital de la Orden Teutórica. Al mismo tiempo se practica una política expansionista, anexionando a Prusia la Pomerania Oriental. Sus ciudades, afiliadas a la Hansa, controlan el importante comercio entre Rusia y Polonia de cereales, ganado, pieles y ámbar, este último artículo controlado directamente por la Orden Teutónica.

Pronto entre la Orden Teutónica y el Papado se plantean problemas de atribuciones jurisdiccionales, y al mismo tiempo se manifiesta entre la burguesía y la nobleza terrateniente el deseo de sacudirse la soberanía semieclesiástica de los teutónicos. Nobleza y burguesía organizan una liga de resistencia (Liga de Lucertole). Sin embargo, la Orden no sólo tiene problemas internos; temerosa de la presión que ejercen sobre sus territorios los lituanos y los polacos, amplía sus dominios incorporando Neumark (1402) para obtener un puente de contacto con Brandeburgo. La Orden Teutónica encabeza en el este de Alemania una cruzada contra los prusianos paganos. Los caballeros teutones abren la ruta del mar Báltico a la Iglesia y a los comerciantes alemanes.

El Papa CLEMENTE V es un hombre débil, que padece una cruel enfermedad, y el monarca francés FELIPE IV ejerce sobre él una gran influencia. Por eso no le cuesta trabajo convencerle de que, debido a sus desavenencias con el Imperio y a la agitación política que se vive en Roma, se quede en Francia. Así, pues, en 1309 CLEMENTE V traslada la sede papal de Roma a la ciudad de Aviñón que no es territorio francés ya que pertenece al Reino de Nápoles. Concretamente se instala en el convento de los dominicos de esta ciudad, orden a la que pertenece. Por otra parte, se aprovecha la relativa cercanía con Vienne donde, en 1311, debe celebrarse un concilio ya convocado.

Lo que se inicia como un acto pasajero se convertirá en permanente hasta 1377 y, durante siete pontificados, Aviñón será la sede pontificia, conociéndose históricamente dicho periodo como “la Segunda cautividad de Babilonia”. Este periodo finalizará cuando el papa Gregorio XI retorne a Roma. Los siete papas del período serán franceses, así como 111 de los 134 cardenales. A partir de 1309 cambia decisamente el aspecto y la historia de Aviñón. La llegada de los papas a Aviñón, por otra parte, es la ocasión de oro para el desarrollo de de la pequeña ciudad vecina de Villeneuve-les-Aviñón ya que muchos cardenales que no encuentran en la ciudad papal vivienda digna de ellos, se hacen construir en Villeneuve unas 15 residencias espléndidas.

FELIPE IV el Hermoso, rey de Francia, escoge a NOGARET, su fiel consejero, para que reúna a doctos especialistas en teología y en derecho canónico para que den un apoyo legal a sus acciones contra los Templarios. Las más grandes injusticias siempre encuentran jueces y fiscales que al servicio del poder, por injusto que éste sea, den visos de legalidad a las más infames corrupciones.