Mientras se gestionan los pactos de las naciones europeas contra Francia, el papa JULIO II ha realizado por su cuenta acciones de patente hostilidad antifrancesa: a principios de año, él mismo, como capitán de las tropas pontificias, ha conquistado Mirandola, ciudad aliada de los franceses; por otro lado, como jefe religioso, ha excomulgado y depuesto a Alfonso de Ferrara, esposo de Lucrecia Borgia y simpatizante del rey galo. LUIS XII, rey de Francia, responde en ambos terrenos: militarmente, realizando una incursión sobre Bolonia donde restablece a los Bentivoglio; en el plano religioso, convocando un concilio en la ciudad de Pisa bajo la supuesta pretensión de reformar las instituciones de la iglesia. El verdadero objetivo del concilio es, sin embargo, debilitar la posición de JULIO II y, de ser posible, provocar su caída. La negativa de Francia a prestar obediencia al papa podría haber supuesto un nuevo cisma de no haber fracasado dicho concilio (sólo asistieron cinco cardenales adversarios de JULIO y no fue reconocido ni por la propia Sorbona de París).

JULIO II tiene la oportunidad de agradecer a FERNANDO el Católico la ayuda prestada para expulsar de Italia a los franceses. La corona de Navarra está en 1512 en posesión de Catalina de Foix, casada con Juan III de Albret. Su identificación con la causa francesa en el enfrentamiento con el pontificado y la alianza que mantienen con LUIS XII es una excusa para que FERNANDO, Regente de Castilla, con el pretexto de que los monarcas navarros fomentan las doctrinas albigenses, obtenga del papa una bula, la Pastor Ille Caelestis. En esta bula se excomulga de forma genérica a los aliados del rey francés.

Para defender a los milaneses, LUIS XII dispone de un gran hombre de armas, su sobrino Gaston de Foix. Éste, en la fecha, sorprende a los enemigos con marchas rápidas y con bruscas ofensivas: salva a Bolonia, asediada por el papa, bate a los venecianos cerca de Mantua, y toma Brescia.

Ahora los franceses quieren apoderarse del Reino de Nápoles, cosa que ni el papa JULIO II, ni la República de Venecia -y menos España- están dispuestos a permitir. Pero las tropas venecianas y pontificias sufren una grave derrota en Rávena (1512) y su situación es crítica. En Rávena muere también Gastón de Foix. A pesar de tanta guerra, el papa JULIO II tiene tiempo para impulsar el arte y ser un generoso mecenas.

El conflicto entre Francia y el papa desemboca en guerra abierta. LUIS XII se dirige a Italia con un gran ejército dispuesto a aplastar a las tropas coaligadas. En abril de 1512 se entabla una cruenta batalla en Rávena en la que los ejércitos franceses se muestran superiores inicialmente y hasta podrían haber resultado victoriosos si no hubiese encontrado la muerte en la pelea su jefe Gastón de Foix. A partir de este momento sólo cosechan derrotas: han de abandonar Milán, pierden las ciudades de Bolonia, Parma, Reggio y Piacenza, las tropas suizas los vencen en Novara y fuerzas de la Liga de Cambrai les hacen traspasar los Alpes y aún los acosan hasta Dijon, mientras los ingleses amenazan con cruzar el estrecho y MAXIMILIANO se dispone a penetrar por su frontera.

El 23 de septiembre de 1512, el papa JULIO II otorga el privilegio, mediante bula, de celebración del año santo jubilar en el monasterio español de Santo Toribio de Liébana, en Cantabria, siendo desde entonces uno de los escasos lugares santos del mundo, junto con Roma, Jerusalén, Santiago de Compostela y Caravaca de la Cruz, con este privilegio.

Se inauguran los frescos de la Capilla Sixtina del vaticano encargados por el Papa JULIO II a Michelangelo Buonarroti, MIGUEL ÁNGEL ha pintado las más de trescientas figuras en solitario y ha tardado cuatro años en acabar la obra.

Julio II conmemora con una solemne misa la finalización de la decoración de la Capilla Sixtina, llevada a cabo por Miguel Ángel Buonarroti. La sala será después sede de los cónclaves que eligen nuevo papa.

Leyes de Burgos: fueron promulgadas como resultado de las quejas de los dominicos ante los excesos cometidos por los colonizadores de La Hispaniola (Santo Domingo) en el trato con los indios. Se autorizaban las encomiendas, pero se regulaba el trabajo, la alimentación, la vivienda, etc. del indio.

Posteriormente en una segunda bula que obtiene el regente FERNANDO del papa JULIO II, en 1513, denominada Exigit Contumacium, la casa de Albret queda desposeída de su reino y se libera a los súbditos navarros del juramento de fidelidad a sus reyes, quedando el reino a merced de quien lo tome primero. FERNANDO se apresura a invadir con un ejército castellano al mando de Fadrique Álvarez de Toledo, II duque de Alba, que ocupa el Reino de Navarra en dos meses.