Al igual que busca la unidad territorial y jurídica del Imperio, JUSTINIANO I quiere conseguir también la religiosa. En ese empeño, somete a un serio acoso a los centros de enseñanza pagana, decreta la pena de muerte para los maniqueos reincidentes, persigue a los montanistas, restringe los derechos de los judíos, etc. Partiendo de esta base, JUSTINIANO considera también de enorme relevancia el fortalecimiento de una autoridad central religiosa en el Imperio, a la que identifica con el papa de Roma. En una carta dirigida al pontífice JUAN II, JUSTINIANO I se manifiesta partidario de su supremacía y le denomina «cabeza de todas las santas iglesias». La medida -que desagrada profundamente al obispo de Constantinopla- complace al Papa, pero ésta encerraba más un intento de dominar el papado por parte del poder imperial que la sumisión de éste al primero.

JUSTINIANO I está convencido de que la fe cristiana es la base de su legitimidad y de cualquier otro gobierno justo en la Tierra. Hay numerosos ejemplos de que el cristianismo ha impregnado la labor de JUSTINIANO: declara ilegal la venta de niñas para la prostitución, funda hogares de acogida para las prostitutas que desean abandonar su ocupación, etc. De esta cosmovisión nace la norma de que la moral de los funcionarios debe ser supervisada por los obispos. Por otra parte, se perderán muchas obras literarias de la época, porque JUSTINIANO mandará quemar toda la literatura herética. Creará una escuela en Constantinopla para sustituir la de Atenas que obligará a cerrar y mandará compilar el «Corpus iuris civilois y las Novelae» (recopilación de la legislación conciliar).

Existe cierta discriminación contra las comunidades católicas nativas que se convierte en persecución descarada en el norte de África, bajo gobierno vándalo. JUSTINIANO, que se ha erigido en protector de la Iglesia católica, pone, en la fecha, a BELISARIO, al mando de una flota de 500 barcos que transportan hombres y caballos a Cartago para luchar contra los vándalos. En la costa del norte de África el poderío vándalo ha decaído grandemente en los últimos años y BELISARIO no halla dificultad en derrotar al vándalo GELIMER en dos decisivas batallas (Tricamarum y Ad Decimum) destrozando definitivamente el imperio vándalo de África del Norte. El arrianismo es desarraigado y África del Norte vuelve a ser provincia del Imperio. De hecho, los vándalos profesan el arrianismo y nunca llegarán a convertirse al catolicismo al que combaten con encarnizamiento. GELIMER es conducido a Bizancio y paseado en triunfo conforme a la antigua costumbre romana. Fallecerá al año siguiente.

Durante el pontificado de JUAN II, en 535, se celebra en Cártago un concilio en el que participan doscientos diecisiete obispos que interpelan a JUAN II para que defina el tratamiento que deben recibir los clérigos que han abrazado la doctrina arriana y que ahora vuelven a la ortodoxia. Sin embargo el fallecimiento de Juan, el 8 de mayo de 535, hace que la respuesta a la pregunta sea realizada por Agapito I, su sucesor.

Es entronizado el nuevo papa AGAPITO I (13.5.535 – 22.4.536).

El papa AGAPITO I aprovecha el viaje a Constantinopla para deponer a su patriarca, que ha sido elegido por los monofisitas, y consagrar él mismo a un nuevo patriarca. Poco después fallece el papa, en la fecha, sin haber regresado a Roma, pero Teodora no perdonará esta afrenta: el patriarca depuesto, ANTIMO, era su favorito.

A petición de TEODATO, rey ostrogodo, el papa AGAPITO I va a Bizancio con el fin de evitar la invasión de Italia por el general BELISARIO, que desde el norte de África se apresta a reintegrar la Península al Imperio. El papa es recibido en Constantinopla con grandes honores, pero JUSTINIANO no le hace ni caso.

SILVERIO -papa- (8.6.536 – 11.11.537). Hijo del Papa Hormisdas quien había sido casado antes de llegar a ser uno del más alto clero. Es elegido por las presiones del rey ostrogodo TEODATO que desea contar con un papa favorable a sus posturas antibizantinas.

Millán funda en la sierra de San Lorenzo el monasterio de Suso estableciendo un centro de eremitismo en plena zona de influencia cántabra, fuera de los dominios germánicos directos. Por otra parte, las grandes explotaciones agrícolas romanas se han abandonado y el territorio de Aragón está muy ruralizado. En el norte, en la comarca de los Pirineos, se fundan numerosos monasterios, como Santa María y San Pedro en Alaón, San Cucufate en Lecina, San Miguel en Arrese y San Pedro en Séptimo. Desde estos monasterios se organiza la explotación económica de áreas muy marginales, a la vez que se insiste en la evangelización de territorios que por su marginalidad no han sido plenamente cristianizados.

JUSTINIANO es un cristiano ortodoxo, pero su esposa TEODORA, así como la de BELISARIO, ANTONINA, se inclinan por el monofisismo. ANTONINA, siguiendo instrucciones de TEODORA intenta que el papa SILVERIO haga «concesiones» a los monofisitas. Pero el papa no se aviene. ANTONINA fuerza a su marido -a quien tiene dominado- a encarcelar al papa y juzgarlo por alta traición. El papa SILVERIO es depuesto por el general bizantino BELISARIO.