Fallece el papa INOCENCIO IX. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Pia civitas in bello (La villa piadosa en guerra), cita que hace referencia a que nació en Bolonia durante las batallas por el control de los Estados Pontificios.

Ippolito Aldobrandini es coronado papa con el nombre de CLEMENTE VIII (9.2.1592 – 3.3.1605). Hombre grave, ascético y reflexivo. Tras la muerte de Inocencio IX, y durante veinte días, tiene lugar un tormentoso cónclave en el que el rey español FELIPE II intenta influir para que, al igual que ha ocurrido con los dos papas anteriores, resulte elegido un pontífice próximo a los intereses españoles. Sin embargo, el Colegio cardenalicio, deseoso de librarse de la influencia española en los asuntos de la Iglesia, logra que el candidato elegido fuera el cardenal Aldobrandini. Menos amigo y protector de la causa española que los anteriores, nacido en Roma, aunque de familia florentina. Y fue este papa más joven y vigoroso, quien prosiguió los intentos de SIXTO V por atraer a ENRIQUE y su facción hacia la causa del catolicismo con la clara idea de que Francia era la «hija mayor de la Iglesia» y que el papado no debía de servir a España como si la catolicidad dependiera de forma única, servil y exclusiva de los deseos del poderoso, enfermo y anciano FELIPE II.

En 1592 el papa CLEMENTE VIII institucionaliza la práctica en todas las diócesis de la devoción de las Cuarenta horas que se ha iniciado en Milán en 1527.

ENRIQUE IV de Francia comprende que, aunque él y sus seguidores son protestantes por convicción, la mayoría de los franceses siguen siendo fieles católicos, por lo que en 1593 se convierte públicamente al catolicismo. ENRIQUE comprende que no se siente inclinado a inmolar su vida en combate, así que en 1593, considerando que «París bien vale una misa», vuelve al catolicismo. El hábil canciller de ENRIQUE IV, Maximilien de Bethune, duque de Sully, se mantendrá como hugonote pero continuará sirviendo a su rey.

Uno de los aspectos más destacados del pontificado de CLEMENTE VIII es la liberación de la Iglesia de la influencia que sobre su política ejerce el rey español FELIPE II. Ello implica un cambio de alianzas para lo cual es necesaria su reconciliación con Francia, país con el que el Vaticano ha roto sus relaciones en 1572 a raíz de los sucesos conocidos como la Noche de San Bartolomé, y que llevaron a la excomunión de su rey, ENRIQUE IV, por el papa Sixto V tras su abjuración del catolicismo. Las guerras de religión que provocan estos hechos se prolongan hasta 1593, año en el que ENRIQUE IV tras verse forzado a levantar el cerco a que tiene sometido París ante la sola aproximación de los tercios españoles procedentes de Flandes, comprende la inestabilidad de su propia corona y decide abrazar nuevamente el catolicismo, dejando a los defensores de la ortodoxia cristiana sin razones en que basar su oposición a la nueva monarquía borbónica.

El Papa CLEMENTE VIII declara resueltamente: «Queremos la paz para Francia, pero sin fomentar las ambiciones de una potencia extranjera». Es decir, que el Papa no quiere convertirse en capellán del rey de España. Así, pues, ENRIQUE de Borbón, abjura solemnemente -en la fecha- del «calvinismo» en la abadía de Saint Dennis (París), tras pronunciar la frase histórica de «París bien vale una misa» y se convierte al catolicismo. Así se establece la dinastía de los Borbones en el trono francés.

El sacerdote español Gregorio Céspedes es el primer occidental que desembarca en Corea, según unas cartas que envía a España.

En 1594, los irlandeses se rebelan y buscan de nuevo la ayuda española. Los ingleses nunca han llegado a dominar la región centroocidental en torno a Dublín, y durante la prolongada pugna de Inglaterra en Francia, los irlandeses han seguido casi siempre su propio camino. Desde el momento en que Inglaterra abraza el protestantismo, los irlandeses reafirman su catolicismo como reacción nacionalista. (Es posible que si Inglaterra hubiese permanecido católica, Irlanda se hubiera convertido al protestantismo). La posibilidad de una intervención española resulta inquietante, e ISABEL trata sin éxito de hacerse con la situación.

Dos años después, el 25 de julio de 1595, Clemente VIII absuelve solemnemente al rey converso, lo reconoce como rey legítimo de los franceses y lo admite sin restricciones en el seno de la Iglesia.

En la «Unión de Brest» la mayor parte de los ucranianos y rusos blancos ortodoxos se someten a la obediencia al Papa a cambio de la conservación de sus ritos (griegos-unidos)