En 1216, tras un conflicto prolongado, el emperador OTÓN IV, rey de Alemania, se ve obligado a abdicar y FEDERICO II, hijo de Enrique VI, ahora con veinte años, es coronado rey de Alemania en Aquisgrán a la vez que es rey de Sicilia.

HONORIO III -papa- (24.7.1216-18.3.1227). Se trata de Cencio Savelli. El papa HONORIO III ha sido tutor del joven FEDERICO, hijo de Enrique VI, y está deseoso de coronarle emperador y permitirle que unifique Sicilia y el sur de Italia con el Imperio. De momento le anima a marchar a las cruzadas.

FEDERICO, promete de nuevo al papa HONORIO III que participará en una nueva Cruzada, pero con una condición: antes tiene que ser coronado emperador. Así, pues, en la fecha, FEDERICO II es coronado emperador de manos del Papa HONORIO III, convirtiéndose de este modo en FEDERICO II Hohenstaufen, Emperador del Sacro Imperio Romano-germánico, (1220-1250). FEDERICO II Hohenstaufen cambia el sitio de su gobierno hacia Nápoles  y Sicilia, en ese entonces conocidas como el Reino de las Dos Sicilias. FEDERICO quiere expandir el Sacro Imperio Romano (que ya incluye la Alemania moderna, Países Bajos, Austria y Suiza y partes de Francia) para que abarque toda Italia, mudar la capital a Roma y conseguir toda la gloria del antiguo Imperio Romano. Pero su ambición lo llevará a un conflicto directo (y a veces hasta la guerra) con la Iglesia, la cual reclama gran parte del territorio de Italia para sí misma. La tensión entre el emperador y la Iglesia persistirá por varios papados. De hecho FEDERICO ha prometido en diversas ocasiones no juntar el reino de Sicilia con el de Alemania en una sola mano, para salvaguardar la libertad de la Iglesia, pero no cumple lo prometido.

ENRIQUE, hijo de FEDERICO II, es elegido por los príncipes alemanes como Rey de Romanos, siendo coronado, al mismo tiempo que su padre. FEDERICO II se compromete a condonar la deuda pontificia, renunciar a la condición de legado apostólico en el Reino de Sicilia, socorrer al Imperio Latino de Constantinopla y embarcarse en una cruzada hacia Tierra Santa, para recuperar los Santos Lugares. Sin embargo, el Papa HONORIO III no reconoce la elección y priva a ENRIQUE de sus derechos sobre el reino de Sicilia, para prevenir la unión de los reinos de Alemania y Sicilia. ENRIQUE, con 9 años de edad, es puesto bajo la tutela de ENGELBERTO I, arzobispo de Colonia.

La gran amabilidad del Papa HONORIO III, evita el choque con FEDERICO II durante un cierto tiempo, pero pronto se verá defraudado. FEDERICO ha prometido tomar parte en la que debe ser la Quinta Cruzada, dirigida por el Cardenal PELAGIO, pero no cumple su promesa. Y es que FEDERICO no ha formulado esta promesa de corazón. Amante de la soleada -y desde muchos puntos de vista refinada- Italia, su deseo es ampliar su dominio en la península y no embarcarse en peligrosas aventuras en Oriente Medio. FEDERICO II, aunque Hohenstaufen por línea paterna, es más normando-italiano que germano, y por ello, dedica toda su atención a Sicilia, dónde se rodea de una corte de poetas, filósofos y hombres de ciencia, despertando los intereses espirituales, culturales y científicos de la época.

La alianza de las ciudades de Lombardía, proporciona a FEDERICO II una excusa perfecta para no llevar a cabo la cruzada prometida. Por otra parte, pretende imponer la autoridad imperial al Papa y a las ciudades italianas del N. El papa HONORIO III -hombre enamorado del ideal de cruzada- no está dispuesto a consentírselo. Así que insiste una y otra vez en que FEDERICO II cumpla con sus compromisos. Finalmente le advierte que procederá a excomulgarlo si no lo hace. La amenaza papal es de enorme transcendencia ya que si se produce la excomunión de un soberano, sus vasallos se ven desligados del juramento de fidelidad que tienen hacia él.

Muchos cátaros que han huido de Occitania se han ido a Lombardía. El emperador FEDERICO II, está profundamente preocupado por la rápida propagación por su imperio de ésta y otras sectas maniqueas. Es este emperador, infiel, rodeado de sus judíos y mahometanos, el primero que emprende guerra contra estas sectas en defensa de la sociedad. Ordena, en la fecha, que a cualquiera que sea condenado por herejía en Lombardía se le queme vivo, la antigua pena por alta traición. Lo que FEDERICO II opina de estos herejes está expresado en términos nada ambiguos en uno de sus edictos. En él son llamados: “lobos rapaces que se han abierto camino entre las ovejas”,”hijos del padre de la perversidad”,”culebras que tienden trampas a las palomas”, “serpientes a las que se ve rastrear llevando en la cola un virus que vomitan bajo la dulzura de la miel, y, aparentando que administran el pan de la vida, mezclan un brebaje de muerte como un veneno fatal.”

Al morir Engelberto -tutor de Enrique- en 1225, las relaciones entre FEDERICO II y su hijo ENRIQUE  se empiezan a deteriorar, y el duque de Baviera, Luis I, se encarga de la tutela del Rey de Romanos. En noviembre de 1225, ENRIQUE se casa en Núremberg, por disposición de su padre, con Margarita, hija del duque de Austria Leopoldo VI. De esta unión nacerán dos hijos: Enrique y Federico.

A las admoniciones y ruegos del Papa HONORIO III para que FEDERICO II cumpla su promesa de encabezar una Cruzada, FEDERICO responde con toda clase de circunloquios y excusas, hasta que por fin -por el Tratado de San Genaro- le promete que se pondrá en camino en 1227

La Liga Lombarda se proclama de nuevo en 1198 y 1208. En 1226, la Liga mantiene una cruenta guerra con el emperador FEDERICO II, al que logra frenar en sus intentos por poner Italia bajo su completa autoridad. Éste se gana su reputación de hábil estratega tras la toma de Vicenza y su victoria en la Batalla de Cortenuova, y se rechaza cualquier iniciativa de la Liga que no sea la rendición incondicional. A resultas de ello, Milán (que ha ofrecido una fuerte suma de oro a cambio de la paz, que Federico rechaza), Brescia, Bolonia y Piacenza ofrecen una tenaz resistencia.