El siguiente papa no será elegido hasta dos años después ya que los cardenales, temerosos de un nuevo cónclave en las mismas condiciones que el recientemente vivido, huyen de Roma y no se reúnen hasta 1243. Es elegido INOCENCIO IV -papa- (25.6.1243-7.12.1254). Se trata de Sinibaldo de Fieschi. Este papa adopta el nombre de Inocencio porque tiene la declarada intención de seguir los pasos del gran Inocencio III, pero muy lejos estará de igualarlo. No tiene sus notables capacidades pero lo más grave no es esto sino su obsesión por el poder temporal, ya que está firmemente convencido que los papas heredan de Jesucristo el gobierno temporal de la cristiandad, junto con el espiritual. FEDERICO II ha dejado libres a los cardenales que mantenía prisioneros desde hace más de año y medio. Con ocasión de la celebración de este cónclave, FEDERICO II controla todos los alrededores de Roma, siendo de facto quién domina los Estados Pontificios. Con esta situación pretende controlar la elección papal, a lo que la mayoría de los cardenales se opone.

Elegido INOCENCIO IV, FEDERICO II envía emisarios para acordar la paz. FEDERICO II ha sido proscrito por Gregorio IX y busca a toda costa un acuerdo con la Iglesia, pero sin renunciar a su poder e influencia en las decisiones eclesiásticas. Por su parte, INOCENCIO es un hombre convencido de que el poder de la Iglesia, y en concreto de la figura papal, debe estar por encima de los gobernantes y los reyes. INOCENCIO IV exige de FEDERICO II el reconocimiento del daño que ha causado a la Iglesia. Finalmente llegan ambas partes a un acuerdo el 31 de marzo de 1244. En el mismo se restituye a la iglesia en sus posesiones, especialmente los Estados pontificios, y se libera a los prelados favorables al Papa que mantiene presos el emperador. Aunque había firmado la paz con el emperador, el papa INOCENCIO IV se siente incómodo en Italia por la presencia de la milicia imperial y decide refugiarse en Lyon con el apoyo de los genoveses.

El papa INOCENCIO IV convoca el 3 de enero de 1245, nada más llegar a la Lyon, el I Concilio ecuménico de Lyon pese a la oposición del emperador. Sitiéndose fuerte, INOCENCIO IV procederá a realizar nuevas acusaciones contra el emperador durante la celebración del concilio.

I Concilio Ecuménico de Lyón (XIII Concilio Ecuménico) convocado por INOCENCIO IV. Asisten 140 obispos y varios embajadores de reyes. Se impone un tributo para la cruzada. Entre los temas doctrinales, destaca la definición de “Purgatorio” como un lugar y un tiempo, recogiendo las ideas de (1Cor 3;13-15) y de (2Mac  12;43-46). También se trata la reforma del clero y se regula el proceso de los juicios eclesiásticos.

Entre otros acuerdos adoptados en el I Concilio Ecuménico de Lyon, se depone al rey de Portugal SANCHO II el Capelo por su oposición al poder de la Iglesia. El Papa INOCENCIO IV designa para sucederle al conde Alfonso de Bolonia (el futuro ALFONSO III), hermano del monarca.

El tema principal del Concilio Ecuménico de Lyón (13º Concilio Ecuménico) son los delitos de FEDERICO II que está defendido en esta ocasión por su canciller Tadeo de Suessa. Se le acusa de herejía, sacrilegio, alianza con el sultán, lujuria y perjurio. FEDERICO II es declarado usurpador de bienes y opresor de la Iglesia. En la fecha, es excomulgado y depuesto prohibiendo que ningún rey lo reconozca como emperador. Tadeo de Suessa apela a una papa futuro y a un Concilio “verdaderamente ecuménico”. INOCENCIO IV, dicta la bula Agni sponsa nobilis para declarar el poder supremo de la Iglesia frente a los gobernantes. FEDERICO organiza tropas para enfretarse al papado. INOCENCIO, por su parte, pretende organizar una cruzada contra el propio emperador movilizando a los príncipes alemanes.

En septiembre de 1244 la ciudad de Jerusalén ha sido arrebatada a los cristianos por el sultán de Egipto. El papa INOCENCIO IV anima a los gobernantes occidentales durante el concilio de Lyon a participar en una nueva Cruzada para la liberación de Tierra Santa, pero la llamada del pontífice sólo es escuchada por el rey de Francia. La entrevista con el papa tiene lugar en Cluny durante el mes de noviembre de 1245, organizando los preparativos para poner en marcha la guerra. Como hombre devoto, LUIS IX de Francia desea coronar su carrera con una Cruzada, por ello, no ha dudado ante la ocasión que se le ha presentado. Con esta ocasión, obtiene el territorio actual de Aigues Mortes de los monjes de la abadía de Psalmody para hacer una base militar y un puerto de embarque. Tanto esta nueva cruzada -la séptima- como la última, que tendrá lugar en 1270, tienen un carácter muy diverso del de las primeras: no nacen ya de un movimiento espírítual, de un sentimiento religioso de todos los pueblos cristianos de Europa; son más bien la expresión de un generoso entusiasmo de un rey, o, a lo más, de un pueblo.

En la lucha de INOCENCIO IV contra el emperador FEDERICO II, el papa pretende la elección de ENRIQUE RASPE, landgrave de Turingia (Alemania central). Y aunque ha sido elegido rey rival en 1246-1247, en oposición a CONRADO IV de Alemania y, aunque llega a ser proclamado emperador del SIRG el 22 de mayo de 1246, nunca será reconocido como tal.

Las fuertes protestas de la alta nobleza y del clero provocan el destronamiento de SANCHO II el Capelo, rey de Portugal, por el papa INOCENCIO IV.

El Santo Tribunal de la Inquisición se ha establecido en Navarra hacia mediados del siglo XIII, y en abril de 1248, INOCENCIO IV elige para inquisidores de este reino a un franciscano y a un dominico.