CLEMENTE V, ya en Roma, convertido en una mera herramienta en manos de FELIPE IV, rey de Francia, anula en 1306 las sentencias eclesiásticas que este considera contrarias a sus intereses, especialmente las bulas «Clerecis laicos» y «Unam Sanctam» que ha promulgado Bonifacio VIII. Asimismo, restituye el capelo cardenalicio a Jaime y Pedro Colonna, depuestos por su antecesor. FELIPE IV logra también que CLEMENTE V haga cardenales a veintitrés prelados franceses. También FELIPE IV le exige que declare herético a BONIFACIO VIII, exhume sus restos y los haga quemar. CLEMENTE V logra disuadir al rey de tan esperpéntico proyecto, aunque acepta enjuiciar a su antecesor.

En Navarra, la oposición a cuyo frente se encuentran Fortuño Almoravit y Martín Ximénez de Aibar, consigue que las Cortes de Olite de 1307 confirmen la carta de Hermandades, instrumento básico para la acción conjunta. Al mismo tiempo, piden la presencia en Navarra de LUIS, a quien FELIPE IV deberá hacer entrega de la corona.

FELIPE IV el Hermoso, rey de Francia, alaba a los templarios mientras prepara un golpe bajo contra la orden. El monarca francés no puede perdonar dos cosas: haber visto rechazada su petición de entrar en la orden y el hecho de que en diferentes ocasiones les ha pedido dinero, se lo han concedido y ahora no puede devolverselo porque está cargado de deudas. Pero FELIPE IV necesita más dinero para financiar su guerra en Flandes y codicia, por otra parte, los bienes que detentan los Templarios. Por ello, da orden de arresto contra los Templarios y contra su Gran Maestre JACQUES DE MOLAY, a los que se les acusa de todos los crímenes posibles. A los 138 detenidos se les somete a torturas y 36 mueren a consecuencia de las mismas. El Papa, CLEMENTE V, intenta sustraer el proceso de las manos del rey pero no lo consigue. El rey de Francia, por otra parte, presiona a los cardenales para que lo ayuden en la persecución.

La detención de los templarios sin la autorización del pontífice, de quien depende directamente la Orden, hace protestar a CLEMENTE V pero FELIPE IV de Francia lo convence presentándole las confesiones obtenidas bajo tortura y consigue que el Papa promulgue la bula «Pastoralis praeminen» que decreta la detención de los templarios en todos los territorios cristianos. Presionado por el rey francés, CLEMENTE V convoca en 1308, mediante la publicación de la bula «Regnums in coelis» el concilio de Vienne que se celebrará entre 1311 y 1312.

El Papa CLEMENTE V es un hombre débil, que padece una cruel enfermedad, y el monarca francés FELIPE IV ejerce sobre él una gran influencia. Por eso no le cuesta trabajo convencerle de que, debido a sus desavenencias con el Imperio y a la agitación política que se vive en Roma, se quede en Francia. Así, pues, en 1309 CLEMENTE V traslada la sede papal de Roma a la ciudad de Aviñón que no es territorio francés ya que pertenece al Reino de Nápoles. Concretamente se instala en el convento de los dominicos de esta ciudad, orden a la que pertenece. Por otra parte, se aprovecha la relativa cercanía con Vienne donde, en 1311, debe celebrarse un concilio ya convocado.

FELIPE IV el Hermoso, rey de Francia, escoge a NOGARET, su fiel consejero, para que reúna a doctos especialistas en teología y en derecho canónico para que den un apoyo legal a sus acciones contra los Templarios. Las más grandes injusticias siempre encuentran jueces y fiscales que al servicio del poder, por injusto que éste sea, den visos de legalidad a las más infames corrupciones.

La única esperanza de los templarios está puesta a pesar de todo en el Papa CLEMENTE V. Saben perfectamente que el rey FELIPE IV de Francia, no les dará ocasión ninguna de defenderse y confían en que un tribunal eclesiástico presidido por el Sumo Pontífice los escuche y obre en justicia. Pero el rey no quiere de ningún modo que la Orden del Temple se le escape de las manos y nombra una comisión formada por eclesiásticos de su confianza para que, tras una parodia de proceso, sean condenados sin dilación. FELIPE IV hace acelerar el juicio hasta el punto que, sin esperar más, dispone que 54 caballeros, que habiendo declarado contra sí en el tormento se han declarado luego inocentes de toda culpa, sean declarados relapsos, degradados por el obispo de París y entregados al brazo secular. Veinticuatro horas después serán quemados vivos ante la mirada sorprendente de los parisinos.

El resultado del juicio -Bula «Rex gloriae»- es declarar a FELIPE IV inocente de todos los actos de salvajismo ejercidos contra BONIFACIO, y hasta NOGARET es «disculpado» por haber sido el autor material del secuestro y tortura del papa; éste, por su parte, es declarado inocente del delito de herejía que se le ha imputado, pero culpable de obstinación. Mucho agrada este fallo a FELIPE, cuya codicia y avaricia son proverbiales, porque premia a la sede pontificia con cien mil florines «para sufragar los gastos del proceso

CLEMENTE V ha convocado el Concilio Ecuménico de Vienne población del Delfinado en tierra francesa: (XV Concilio Ecuménico). Inicia, en la fecha, sus sesiones con asistencia de muchos cardenales, más de trescientos obispos y muchos priores y abades. Tan sólo se celebrarán tres sesiones: la de inauguración (16 de octubre de 1311), otra para principalmente abolir la Orden de los Templarios (22 de marzo de 1312) y la de clausura (el 6 de mayo de 1312). En la sesión inaugural están también presentes el rey de Francia, FELIPE IV el Hermoso, EDUARDO II rey de Inglaterra y JAIME II rey de Aragón.

En este día se reúne la segunda de las tres sesiones que celebrará el Concilio de Vienne. Entre las materias que se deben tratar está la liberación del Sepulcro de Cristo y la condena de la Orden del Temple. Millares de templarios viven escondidos en las montañas lionesas y nueve de ellos se ofrecen a presentarse en el Concilio para defender la causa común, sabiendo que exponen su vida. En el momento en que en la asamblea se lee la requisitoria contra la orden, comparecen los caballeros poniéndose bajo la protección del Concilio, pero son arrestados y cargados de cadenas con la anuencia del Papa, lo que irrita al Concilio. Por otra parte, el Concilio de Vienne establece que los inquisidores no puedan agravar las condiciones de la detención preventiva y someter a tortura al imputado o pronunciar la sentencia sin el voto favorable del ordinario diocesano o de un representante suyo.