Los miembros de la nueva orden que quiere crear IGNACIO de Loyola, no vivirían vida monacal y no rezarían las Horas todos juntos en el Coro (algo que escandaliza a algunos miembros de la Curia). Además, añadirían un cuarto voto a los tres clásicos de pobreza, castidad y obediencia: el de estar siempre a disposición del Papa. La nueva Orden se llamaría «Societas Iesus» (SI) en latín, y en español «La Compañía de Jesús» y con el tiempo, a sus miembros se les llamará jesuitas. PABLO III se da cuenta enseguida de que ha encontrado los hombres que necesita: una auténtica milicia para luchar por Cristo. El 27 de septiembre del año 1540 promulga la Bula «Regimini Militantis Ecclesiae», que aprueba la Compañía. Por otra parte, en este mismo año, PABLO III aprueba la fundación de otras órdenes religiosas como los Capuchinos, los Teatinos, los Barnabitas y las Ursulinas.

JUAN III de Portugal ha pedido a los jesuitas que vayan a evangelizar las Indias Orientales. FRANCISCO JAVIER, discípulo de Ignacio de Loyola, marcha a Goa, en la fecha.

La primera casa de la Compañía de Jesús fue la de Roma, formada por IGNACIO y sus primeros nueve compañeros, antes que se fundase la Compañía. En la ciudad eterna se despertaron pronto algunas vocaciones y cuando en abril de 1541 es el fundador elegido General, tiene doce personas nuevas en la casa. IGNACIO de Loyola regirá la Compañía desde 1541 hasta 1556, como prepósito general.

Francisco JAVIER, llega a Goa en 1542. Después, junto con algunos compañeros, recorre la India y las islas de Insulindia.

Casas fundadas por los jesuitas, fueron: la residencia de Lisboa, la casa de París, el colegio de Padua, el de Coimbra, en los Países Bajos el de Lovaina cerca de la universidad (P.Rivadeneira), etc.

La Compañía de Jesús abre, en el año de la fecha, el colegio de Valencia

La Compañía de Jesús abre el colegio de Valladolid y el de Gandía. Al mismo tiempo se establecen los jesuitas en Barcelona.

El Concilio de Trento (1545-1563), dominado por los jesuitas, acabará con la venta de indulgencias pero también modificará la doctrina y el culto e impedirá la reconciliación con los protestantes. Los jesuitas fundarán centros en ciudades alemanas, donde conseguirán mucho apoyo a favor del catolicismo.

En 1546, fallece la esposa de Francisco de Borja y éste decide entrar en la Compañía de Jesús. Ajusta cuentas con sus asuntos mundanos, renuncia a sus títulos en favor de su primogénito, Carlos, e inmediatamente se le ofrece el título de cardenal. Lo rechaza, prefiriendo la vida de predicador itinerante.

En estos años introduce IGNACIO de Loyola la costumbre que tenían todas las órdenes religiosas de nombrar Provinciales. Y así nombra los de la provincia de Portugal, de España, etc…