La violenta represión contra los conversos que sigue a la creación de los nuevos tribunales de la Inquisición en Castilla, induce al papa a modificar la concesión original. La estructura definita de la institución española es sucesivamente fijada por INOCENCIO VIII en 1485. A ISABEL y FERNANDO se les reconoce el derecho de nombrar en su vértice a un inquisidor general, a quien el Papa conferirá los necesarios poderes jurisdiccionales, incluido el de designar a los titulares de los tribunales periféricos.

Finalmente, los moderados de ambos bandos -señores y remensas- solicitan un nuevo arbitraje real. Entonces, enviado por FERNANDO II, Íñigo López de Mendoza llega, en la fecha, a Barcelona. En tan sólo un mes consigue que ambos bandos se comprometan a aceptar un arbitraje del rey. Además, los remensas se comprometen a devolver los bienes muebles y los castillos a los señores y a ayudar a perseguir a los payeses que no acepten el compromiso.

FERNANDO II convoca a sectores de la nobleza y de los remensas moderados y proclama, en la fecha, una sentencia arbitral en el monasterio de Santa María de Guadalupe (Extremadura) por la que, aun manteniéndose el sistema feudal y señorial, quedan abolidos prácticamente todos los «malos usos» a cambio de una indemnización de 60 sueldos por «gleva» a los señores, convirtiéndose en la base de una estabilidad social que se prolongará durante siglos. A esta sentencia se la conocerá como: «Sentencia Arbitral de Guadalupe». Una claúsula adicional de 1488 garantizará los derechos de los payeses sobre las propiedades yermas o abandonadas. Los payeses, de nuevo, después de cuatro siglos, pueden considerarse libres; obtendrán el libre uso de la tierra que trabajan aunque seguirán pagando importantes rentas feudales durante algunos siglos.

Las guerras remensas han empobrecido Catalunya y explica, en buena parte, el predominio de la corona de Castilla sobre la corona de Aragón a fines del siglo XV. Estas guerras nos llevan a considerar unas constantes de la historia de Catalunya que el profesor Jaume Vicens Vives definirá como la «rauxa» (el arrebato) y el «seny» (sentido común). La rebelión a ultranza que encabezaría Pere Joan SALA, muerto en el patíbulo, sería un ejemplo de «rauxa». Por el otro lado, Francesc de Verntallat, más inclinado al pactismo, es hasta cierto punto, modelo del «seny». Lo cierto es que, a partir de entonces, el campo catalán conocerá una prosperidad y una paz que sólo turbarán, años más tarde, el bandolerismo y las guerras civiles. Y merece un comentario especial la muerte de ambos protagonistas: Pere Joan SALA, en el patíbulo, abandonado de los suyos; Francesc de VERNTALLAT, protegido por el rey, que le premiará con unas casas en la ciudad. Es difícil afirmar quién de los dos ha tenido razón. Pero lo cierto es que el campo catalán se beneficiará del resultado final de la lucha de los remensas en defensa de sus derechos como personas.

En la conquista de Granada por los Reyes Católicos, sigue la toma de Loja, en la fecha, acción en la que tuvo un papel decisivo la artillería. Las tropas cristianas capturan a Boabdil, pero Fernando el Católico, astuto como pocos, en vez de retenerle y pedir por él un rescate, como era costumbre medieval, decide que es mejor devolverle a Granada, ofreciéndole el señorío de Guadix si en seis meses consigue Granada para los cristianos. FERNANDO planea la conquista de Granada con metódica astucia (no en balde Maquiavelo lo tomaría como ejemplo en su Príncipe). Lo primero que hace es fomentar las rencillas internas de la familia real granadina y las banderías que se disputan el dominio del reino. Es un juego a tres bandas: por una parte el rey que quiere conservar su trono, por otra su hijo Boabdil y su hermano el zagal que, cada cual por su cuenta, quieren arrebatárselo. Y el zorro de FERNANDO apoyando a la parte más débil contra la más poderosa.

A pesar del fracaso que en su día (22/6/1462) representó la concordia elaborada por la Generalitat, este proyecto era una especie de esbozo de la futura sentencia arbitral de Guadalupe (1486), que un cuarto de siglo más tarde fija las bases de la pacificación social y política de Catalunya. La diferencia fundamental entre ambos textos (la concordia de 1462 y la sentencia arbitral de 1486) consiste precisamente en el tiempo transcurrido, en tanta sangre vertida y en la miseria de un país devastado. En 1462 triunfó el deseo de conseguir una victoria total; en 1486 nada más queda el pragmatismo de una sociedad agotada. FERNANDO II concede perdón general a todos los payeses de remensa, mediante 50.000 libras barcelonesas de multa, haciendo excepción de los caudillos y caporales a quienes impone pena de muerte y confiscación de todos sus bienes.

Por otra parte, en la «Sentencia Arbitral de Guadalupe», FERNANDO II, propicia la renovación de las tradicionales instituciones catalanas como único camino posible para la concordia. Frente al sistema contractual propio de la monarquia en la Corona de Aragón, cuya optimización es alentada por el mismo FERNANDO II, Castilla adopta cada vez más el absolutismo del poder real, con lo que se confirma la falta de unidad entre ambos reinos y el desinterés en intentar siquiera una aproximación mutua. De hecho, aprovechando el agotamiento derivado de la guerra civil (1462-1472) y el temor de las clases dirigentes ante el segundo levantamiento remença (1484-1486), FERNANDO consigue el soporte de los pactistas moderados. Éstos aceptan la consolidación del poder político de la monarquía a cambio de mantener una buena parte de sus privilegios económicos y sociales.

La guerra de Granada costará alrededor de 375 millones de maravedíes, financiados en parte por suscripciones particulares, o cencejiles, y por la llamada Bula de Cruzada, promulgada, en la fecha, por el pontífice INOCENCIO VIII y movilizará, entre Castilla y Aragón, a más de 60.000 hombres.

Fernando el Católico ordena en 1487 que la jurisdicción del Santo Oficio se extienda a todo el territorio de la Corona de Aragón; se termina así la oposición local a tal medida, que desde hace diez años mantienen. Tal vez puede considerarse significativo que el propio monarca ceda parte de su palacio, sito en la plaza del Rei, como sede de una institución tan temida. Y, por lo tanto, debe tenerse por significativa también la entrada aparatosa que realiza en Barcelona el primer inquisidor: Alonso Espina. Así las cosas, no cabe sorprenderse de que ni los consellers del Consell de Cent ni los diputados de la Generalitat salgan a recibirle aquel día. Y, por si fuera poco, tardarán todavía no pocos días antes de rendirle el juramento que por su cargo le es debido; en efecto, no se realiza hasta el 20. Para contrarrestar este efecto y contentar su soberbia extrema, Fernando se autocomplace entrando a caballo hasta el interior de la catedral.

En su conquista del reino de Granada, los Reyes Católicos, ocupan en la primavera de 1487 Vélez-Málaga y en la fecha capitula, después de tres meses de cerco, Málaga gracias a la rendición de El Zagal que acepta entregar los territorios, rendir vasallaje a los Reyes Católicos y prestar apoyo para la toma de Granada a cambio de conservar tierras y servidumbres.