FELIPE, destinado desde la infancia a ser el monarca FELIPE II, es consciente de que su hijo CARLOS, pese a tan grandes defectos como recaen sobre su persona, ha de cumplir en el futuro un papel muy semejante. Poco después de la boda con ISABEL de Valois, el joven príncipe es reconocido en Toledo como heredero de la corona, y la nobleza de España guarda silencio. El rey había intentado retrasar este momento. Si FELIPE II había sido jurado tan sólo un año después de su nacimiento, don CARLOS ha tenido que esperar casi catorce para lograr que se verifique este sencillo ceremonial. El hijo del poderoso gobernante se siente rechazado por su padre, por su rey y por quienes han de ser sus vasallos.

MARGARITA de Parma toma sus decisiones asesorada por el cardenal GRANVELA, ignorando a los demás consejeros, lo que coloca a los Países Bajos en la pendiente de la rebelión al sentirse los demás consejeros marginados de la política real. Entre estos consejeros se distinguen los nobles católicos: EGMONT, HORN y GUILLERMO de Orange, llamado este último el Taciturno por su escasa afición a la charla. El cardenal GRANVELA ha aplicado: Incremento de los impuestos, decretos del Concilio de Trento como leyes de Estado, auge de la Inquisición, oposición a la participación de los Estados Generales en el gobierno. Por todo ello, los nobles en los Países Bajos creen que FELIPE II debería acudir para poner paz y orden personalmente, pero su majestad no está dispuesto a emprender ese viaje, una y otra vez lo dará como aplazado.

Mientras FELIPE II, nombrado protector de la Iglesia, recibe del papado los derechos de un diezmo sobre las rentas de la silla de Roma por un período de cinco años -para que pueda continuar sus guerras contra los infieles- la tensión en el Mediterráneo, en los Países Bajos y en la vecina Francia, dividida entre católicos y una minoría muy activa de herejes que luchan bajo influencias extranjeras, crece.

CATALINA de Médici, regente de Francia, en medio de las guerras de religión entre católicos y hugonotes (calvinistas franceses), trata de reconciliarse, en el año de la fecha, con los calvinistas. Por otra parte, FELIPE II enviaba desde España soldados y dinero en decidido socorro de la católica dama de los Médicis. En los campos de batalla, la suerte se inclinaba de una u otra parte. La reina ISABEL de Inglaterra observaba con simpatía cada triunfo arrebatado a las tropas de CATALINA y CARLOS IX.

El protestantismo hace causa común. Domina mayoritariamente las cámaras inglesas, es una fuerza importante en Francia, agita los Países Bajos, el imperio alemán y algunos pocos rincones de Italia. Desde Ginebra, las nuevas doctrinas -religiosas, sociales, políticas- ganan los puertos, las ciudades y las zonas comerciales. FELIPE II y el papado defienden solidariamente la catolicidad y su empresa esta, a la vez, amenazada por el gran turco. Incluso otómanos y protestantes llegarán a comprender que existe una causa común que los une. Dos culturas distintas y distantes se enfrentan contra la catolicidad, que comienza en estas fechas a ser vista como un único patrimonio de FELIPE II y del Papa.

Según la instrucción 4ª del un edicto del Santo Oficio de 1561, sólo a los reos contra la fe podía aplicarse el tormento, y esto, habiendo semiplena probanza del delito, precedida de la infamia del acusado. Ningún Tribunal de provincia tenía facultad para aplicarlo sino cuando unánimemente lo votaban los Inquisidores, el Obispo diocesano y los consultores; desde muy antiguo se tenía prevenido a los Inquisidores que fuesen sumamente circunspectos en mandar atormentar a los reos: «Los Inquisidores deben considerar mucho las circunstancias concurrentes antes de resolver a pronunciar una sentencia de tormento; y, en caso de darla, expresarán en ella la causa porque se le intenta atormentar»

El uso del tormento, llegó a ser general en la Europa civilizada en sus mejores tiempos, en los más llenos de espíritu y sabiduría, y, también, de verdadera humanidad. Usábase del tormento no sólo en los tribunales eclesiásticos, sino también en los civiles; sufríanlo en su caso, no solamente los seglares, sino también los clérigos y religiosos. Sin embargo, fue el Santo Oficio quien lo abolió el primero entre todos los tribunales. En otro orden de cosas, lo mismo ocurrió con la esclavitud y con otras tantas situaciones que en momentos determinados de la historia eran aceptados por todos como un proceso y como una relación normal socialmente hablando. Todas estas grandes «lacras» de la humanidad se fueron aboliendo paulatinamente principalmente por la actuación decidida de la Iglesia.

Madrid no tenía la riqueza económica ni la tradición política de otras ciudades castellanas, como la vecina Toledo, que hasta entonces parecía la candidata más idónea para albergar la Corte de una compleja monarquía absoluta. Desde su conquista por los cristianos la función de Madrid había sido meramente militar: su situación estratégica permitía controlar la sierra de Guadarrama y su eficaz recinto amurallado amparando en su interior al alcázar funcionaba como enclave defensivo. Función militar que, por otra parte, se heredaba del tiempo de los árabes, aunque en sentido inverso. Era una típica ciudad fronteriza, habitada por caballeros de pasado militar donde además, por ser de realengo, apenas ofrecía atractivo para la alta nobleza y el alto clero. Probablemente este fue uno de los motivos que movieron al rey Felipe II a trasladar la Corte a Madrid: se trataba de una ciudad nueva, sin conflictividad social, podía ser modelada a antojo, sin presiones. De todas maneras, la implantación de la capital en Madrid dará lugar a gran número de controversias y disputas entre los historiadores.

El 1 de septiembre de 1561 se produce el anunciado traslado de la Corte, que se encontraba en Toledo, primero a Valladolid y después a Madrid. FELIPE II, que había puesto gran empeño en la renovación y ampliación del Alcázar Real de Madrid, se decide de esta manera a fijar su residencia y la de su familia definitivamente en Madrid que cuenta solo con unos 5.000 habitantes.  Madrid, por cierto, no estaba fortificada. El rey piensa que el saludable clima madrileño y los amplios espacios abiertos del río Manzanares resultarán más adecuados para su esposa ISABEL de Valois, de frágil salud, que la abigarrada y comprimida Toledo. Por otra parte, la situación de Madrid en el centro geográfico de la península favorece el intento de establecer un sistema radial. También tuvo en cuenta la singular abundancia de agua y la pervivencia de los diferentes acueductos, legado de la dominación árabe. La elección de Madrid, al margen de los deseos del rey, dará al Imperio un carácter cada vez más castellano, lo que no contribuirá precisamente al buen entendimiento entre castellanos, aragoneses, catalanes, valencianos e italianos.

Diez años más tarde, los españoles oyen hablar de un pueblo en Sudamérica más rico de lo que lo han sido los aztecas. Los incas, que habitan los altiplanos de los Andes, son, efectivamente, ricos. Su riqueza reside en su laboriosidad, su austeridad y una rigurosa organización de toda su existencia. Los incas mantienen para la defensa y el engrandecimiento de su imperio un ejército estable superior a los intrusos españoles. Así pues, Francisco Pizarro, cabecilla de estos últimos, prueba con una argucia insidiosa: ofrece al soberano inca mantener una conversación amistosa sin armas y, al llegar éste, lo toma, sin embargo, prisionero. Pizarro exige a los incas que llenen de oro una gran habitación si quieren volver a ver vivo a su señor. Ellos entonces llevan vasijas y objetos artísticos de oro en cantidades gigantescas, pero Pizarro no mantiene su palabra y hace matar al soberano inca. La muerte de su señor y \»dios del Sol\» provoca la oposición de los incas, y los españoles someten el país a su autoridad.