Después de que la Casa de Braganza recuperara el control de Portugal en 1640, tras el período de unificación con España bajo los Habsburgo (la casa de Austria), a Macao se le concedió el título oficial de Cidade do (Santo) Nome de Deus de Macau, Não há outra mais Leal (Ciudad del Santo Nombre de Dios de Macao, no hay otra más lea

La nueva separación de España y Portugal no puede resucitar el meridiano de Tordesillas, definitivamente superado por los hechos, como línea de demarcación de los dos imperios.

Aunque Felipe II prometió regir Portugal con funcionarios portugueses y con arreglo a las leyes portuguesas, y mantuvo sus promesas, sus sucesores Felipe III y Felipe IV han dejado sentir un control español cada vez más pesado. En Portugal crece el descontento y cunde la desmoralización. Y algunas partes de su imperio ultramarino empiezan a escapársele para caer en manos holandesas. Las rebeliones de 1634 y 1637 han sido reprimidas. Pero en 1640, cuando la atención española está enteramente absorbida por el levantamiento de Catalunya, el 1 de diciembre, Portugal aprovecha la ocasión para alzarse y proclamar rey a Juan de Braganza (1604-1656), tataranieto de Manuel I, que había reinado 125 años antes. El nuevo monarca toma el nombre de Juan IV. Francia e Inglaterra se apresuran a reconocer la independencia portuguesa (puesto que servirá para debilitar a España, con la cual ambas naciones mantienen una prolongada enemistad), y su ayuda permitirá a Portugal invadir España y derrotarla en 1644. Con ello la independencia portuguesa quedaba asegurada, si bien España se negará obstinadamente a reconocerla durante un cuarto de siglo.

JUAN IV el Afortunado, rey de Portugal, comienza una guerra con España, que durará más de veinticinco años, para conseguir el reconocimiento de su independencia.

Se produce la separación de Portugal de la Corona de España, unificados en 1581 por Felipe II. Los ceutíes que se consideran portugueses, creen que su legítimo soberano es el rey FELIPE (IV de España, III de Portugal), y por tanto le siguen guardando fidelidad, después de realizar al respecto un referéndum. Para recompensar esta adhesión, el monarca otorga a la ciudad el título de Noble, Leal y Fidelísima. Junto con Ceuta pasa también bajo dominio español la isla de Perejil adscrita a la ciudad de Ceuta y, por tanto, sujeta a todos sus avatares, situada a 150 m de la tierra marroquí y a 4 km al oeste de Ceuta. Esta pequeña isla deshabitada de forma triangular y pedregosa tiene una importante posición estratégica en la zona del estrecho, por lo que durante siglos será apetecida por varias potencias. Desde este momento, sin embargo, la isla de Perejil no tendrá ocupación efectiva hasta finales del siglo XVIII.

La restauración de la independencia portuguesa en 1640 da paso a la guerra luso-neerlandesa (1641-1651).

Barcelona festeja la toma de las trece banderas al ejército real ofreciendo una a la Virgen del Buen Suceso, otra a Santa Eulalia, su patrona, y depositando las restantes en el palacio de la Diputación. En este mismo día, llega a Barcelona, de paso para Roma, un embajador de Portugal. Este reino ha conseguido ya su independencia de España -aunque todavía no ha sido reconocida por este país- y ha sido proclamado rey JUAN IV de Braganza. En nombre de este monarca el embajador ofrece su auxilio a Catalunya, lo que llena de gozo a la ciudad condal.

Francia apoya las sublevaciones de Portugal y Catalunya en España y, en la fecha, derrota a los tercios españoles en Rocroi (Las Ardenas-Francia).

Francia e Inglaterra se apresuran a reconocer la independencia portuguesa (puesto que sirve para debilitar a España, con la cual ambas naciones mantienen una prolongada enemistad), y su ayuda permite a Portugal invadir a España (victoria de Montijo) y derrotarla en 1644. Con ello la independencia portuguesa queda asegurada, si bien España se niega obstinadamente a reconocerla durante un cuarto de siglo.

Portugal, en la fecha, consigue expulsar a los holandeses de la costa brasileña: Capitulación de Recife (1654). La devolución de Brasil holandés a Portugal será sancionada por la paz de La Haya (1661). Por otra parte, Portugal recupera sus posesiones de África en manos de los holandeses, aunque pierde la mayor parte de sus factorías asiáticas.