La guerra ya es abierta entre tropas católicas y protestantes. Desde el inicio de la rebelión ambas partes han establecido contactos para afirmar sus posiciones. El emperador FERNANDO II, encuentra aliados con mayor facilidad, y su pariente Maximiliano de Baviera, los príncipes de la Liga Católica y FELIPE III de España le prometen su colaboración activa. Por el contrario, FEDERICO V tropieza con la reticencia de su suegro JACOBO I, y el rechazo de LUÍS XIII, que acaba de sufrir un intento de rebelión de sus propios súbditos, y la abstención de la Unión Evangélica, minada por rivalidades internas.

Las tropas de Maximiliano de Baviera, bajo el mando del conde de Tilly, marcha sobre los protestantes de Bohemia que han proclamado rey al elector palatinado FEDERICO V y en la batalla de la Montaña Blanca, cerca de Praga, son derrotadps en toda la línea. FEDERICO V que es desterrado del Imperio, huye a Brandeburgo. Tilly conquista el Palatinado. El catolicismo se restaura por la fuerza. Los nobles bohemios son asesinados, privados de sus posesiones o multados. Su Corona deja de ser electiva para adscribirse a la dinastía Habsburgo, que impondrá una progresiva germanización del territorio y la reacción religiosa católica. La Guerra de los Treinta Años (1618-1648) que ha empezado siendo un conflicto religioso (entre católicos y protestantes alemanes) se demuestra que en el fondo la religión no es más que el manto que cubre una serie de ambiciones nacionales y personales (lucha contra la supremacía de los Habsburgo en Europa).

Varios factores explican la continuación de la guerra en Europa y la ampliación del marco de operaciones y del número de participantes. Por un lado, FERNANDO II extrema su política represora en Bohemia, el Palatinado y la propia Austria, y sus modos decididamente a favor de incrementar el poder imperial no sólo molestan a la Unión, sino a los propios príncipes católicos, críticos también ante la entrega por el emperador del mando de sus tropas a WALLENSTEIN, noble bohemio católico, quien alimenta y paga a su ejército, de hasta 100.000 hombres, con el producto del saqueo del territorio circundante. Esta práctica inicia la costumbre, a lo largo de esta guerra, de arrasar sistemáticamente las tierras y de despojar y matar sin piedad a la población civil.

Alessandro Ludovisi es coronado papa con el nombre de GREGORIO XV (14.2.1621 – 8.7.1623). Es elegido nuevo papa gracias a la influencia del cardenal Borghese y está considerado como el último pontífice en ser electo por aclamación. Introdujo la elección de los Papas por votación secreta, práctica que permanece todavía, con algunos cambios. Fundó la Congregación de Propaganda FIDE, dedicada a la “extensión” -que esto quiere decir en latín “propaganda”- de la labor misionera. Los países de misión, ahora, no serían sólo los paganos, sino también aquellos en los que la jerarquia católica había quedado destruida por los reformadores protestantes y los católicos estaban en minoría: Inglaterra, los países escandinavos, Holanda, parte de Alemania, etc. De esta manera, se compensaba en cierto modo la pérdida de fieles católicos ocasionada por la Reforma. GREGORIO XV participará poco en las políticas europeas de la época, aunque asistirá económicamente al emperador FERNANDO II de Habsburgo contra los protestantes, y a Segismundo III de Polonia contra los turcos.

Victorias católicas en las batallas de Wimpfen (6 de mayo), Hochst (20 de junio) y Fleurus (29 de agosto). Francia ante el empuje de los ejércitos imperiales, interviene en el conflicto en contra de España y del Imperio.

En 1625, en el ambiente de la Guerra de los Treinta Años, la Liga Católica plantea el problema de los bienes eclesiásticos secularizados desde 1552, cuya restitución proyecta exigir. No sólo se oponen a la posible restitución los príncipes protestantes alemanes, también lo hace Cristian IV de Dinamarca, luterano, que como duque de Holstein es príncipe del Imperio.

Francia estimula a CRISTIÁN IV de Dinamarca para que intervenga en la Guerra de los Treinta Años. Es duque de Holstein, una región alemana situada inmediatamente al sur de Dinamarca, lo que justifica su interés por la marcha de los asuntos alemanes. Por otra parte, pretende para su hijo los obispados de Verden y Bremen, lo que facilitaría el control danés sobre el comercio del norte de Alemania. Luterano, el rey danés se muestra dispuesto a apoyar a los príncipes de esta misma confesión, preocupado además por la posibilidad de que Suecia adopte el papel de protectora de los protestantes alemanes con la consiguiente influencia sobre ellos. En consecuencia, tropas de Dinamarca se ponen del lado de los luteranos e invaden, en la fecha, Alemania. Francia, lógicamente, apoya la entrada de este nuevo país. Así comienza la segunda fase de la Guerra de los Treinta Años.

Pero todo parece favorable para Austria en este momento. FERNANDO II, firme en su trono imperial, vuelve a ejercer el poder supremo en Bohemia. Los Estados protestantes de Alemania están derrotados en toda regla o mantienen una temerosa neutralidad. En este momento no parece muy difícil limpiar el Imperio de protestantes y devolverlo al seno del catolicismo. Y de hecho, con el Edicto de Restitución, promulgado en el mes de marzo de1629, ha empezado la desarticulación de las congregaciones y el culto protestante.

FERNANDO II -emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, promulga -en 1629- el Edicto de Restitución, no sólo haciendo forzosa la devolución de las tierras secularizadas por los protestantes desde 1552, sino deponiendo de sus cargos a los calvinistas, medida que supone una recatolización del norte de Alemania y que inmediatamente provoca la respuesta de los Estados protestantes.

CRISTIÁN IV de Dinamarca pierde, batalla tras batalla, ante Tilly y WALLENSTEIN, hasta que en la fecha, se muestra satisfecho de poder acordar la paz – la “Paz de Lübeck”- aun al precio de ceder el Holstein. Así finaliza la segunda fase de la Guerra de los Treinta Años. En este momento, todo parece favorable para Austria. FERNANDO, firme en su trono imperial, vuelve a ejercer el poder supremo en Bohemia. Los Estados protestantes de Alemania están derrotados en toda regla o mantienen una temerosa neutralidad. No parece, pues, muy difícil limpiar el Imperio de protestantes y devolverlo al seno del catolicismo. Y de hecho, con el Edicto de Restitución, promulgado en el mes de marzo, ha empezado la desarticulación de las congregaciones y el culto protestante.