Sube al trono de Inglaterra y Escocia, JACOBO duque de York, que reinará como JACOBO II de Inglaterra y VII de Escocia (1685-1689), hijo de Carlos I y de Enriqueta María de Borbón, hermano, por tanto, del fallecido Carlos II que ha muerto sin dejar hijos legítimos. Casi de inmediato se suceden tanto en Inglaterra como en Escocia una serie de guerras civiles en las que las facciones en lucha están en el plano religioso claramente divididas: Los presbiterianos escoceses y los partidarios del anglicanismo. Los primeros propugnan una iglesia puritana y sencilla, gobernada por ministros electos. Han cerrado filas frente a quienes desean una iglesia ritualista administrada por los obispos elegidos por el rey. JACOBO II de Inglaterra (VII de Escocia) se convierte al catolicismo.

JACOBO II hereda de su hermano un poder indiscutido y él, por su parte, aunque en absoluto oculta su religión católica -hasta el extremo de hacerse coronar por el Primado del Papa- se compromete a respetar la Iglesia anglicana y los dictados del Parlamento. No obstante, tiene que soportar el doble ataque del conde de Argyll y del duque de Monmouth -hijo natural de Carlos II y “buen protestante” que aspira al trono inglés. El primero desembarca en mayo de 1685, en el este de Escocia con un grupo de fieles, pero, hecho prisionero, pronto es ejecutado.

Los hugonotes siguen viviendo en Francia, a pesar de que su última plaza fuerte ha sido tomada sesenta años antes por Richelieu. Antes de finalizar su reinado, los gastos de las guerras han arruinado la mayor parte del trabajo de Colbert en el ámbito económico y, en la fecha, el rey asesta un golpe a la débil economía del Estado al revocar el Edicto de Nantes promulgado por su abuelo hacía casi noventa años. De repente, los hugonotes franceses se ven tratados con extremada dureza, en un esfuerzo por obligarles a convertirse al catolicismo. Convencido de que la mayoría de los hugonotes se han convertido al catolicismo, prohíbe el culto público protestante, los predicadores son expulsados del país y se destruyen sus centros de reunión. A pesar de la amenaza de elevadas multas, entre 200.000 y 300.000 hugonotes abandonan Francia; la mayoría son artesanos especializados, intelectuales y oficiales del ejército; en definitiva, valiosos súbditos que Francia no puede permitirse el lujo de perder.

Los parlamentarios, de mutuo acuerdo en esta cuestión las dos agrupaciones partidistas (tory y whig), contando además con el beneplácito de la Iglesia anglicana y de sectores militares, solicitan la ayuda del estatúder de Holanda, GUILLERMO III de Orange, para que intervenga en defensa de la religión protestante y de la libertad del Parlamento. El mandatario holandés acepta y desembarca en Torbay el 5 de noviembre con 16.000 hombres y, sin apenas resistencia, marcha hacia Londres. El grito de rebelión vuelve a sonar en los campos de Irlanda. La revolución de 1688 da en Escocia la victoria a los presbiterianos, carácter que todavía mantiene actualmente la iglesia de Escocia.

La transformaciones político-institucionales de Inglaterra se completan en el terreno religioso con la aprobación del “Acta de tolerancia” (mayo de 1689), que supone en la práctica, aunque con algunos condicionamientos para los no anglicanos, la libertad religiosa, que se concede a los grupos protestantes, pero de la que son excluidos no obstante los católicos.

El Tratado de Westfalia de 1648, que puso fin a la Guerra de los Treinta Años, consagra la impotencia del Imperio germánico, dividido de hecho en multitud de Estados. Los Habsburgo, que ostentan el título inperial, se labran otro imperio en tierras danubianas y así, al ser derrotados los turcos en la batalla de Zenta dentro de la llamada gran guerra turca, se consigue, en la fecha, la Paz de Karlowitz por la que la Hungría otomana y Transilvania que los turcos ocupaban desde 1526 quedan anexionadas a Austria. Estos territorios que están prácticamente despoblados se volverán a colonizar con veteranos alemanes y se impondrá la autoridad imperial centralizada en Viena. Después de siglos, Viena ya no es una ciudad fronteriza en un reino predominantemente Alemán, se convierte en el centro del imperio Habsburgo del Danubio que se está perfilando. A la par que Austria se defiende del peligro turco, el luteranismo prolifera en el país merced a la indiferencia religiosa de los monarcas austriacos del siglo XVII

A los reformistas religiosos que en 1620 llegaron a Norteamérica, se unen los puritanos huidos también de Inglaterra. Todos juntos establecen la colonia de Plymouth (Massachussets) en 1720, adoptando los principios del congregacionalismo. Esta forma protestante de organización eclesiástica, está basada en la doctrina según la cual cada congregación local tiene a Jesucristo como cabeza única. Frente al “anglicanismo” inventado por los Tudor poco pueden hacer los puritanos ingleses y con la restauración de los Estuardo, en 1660, llegó el fin definitivo de sus esperanzas.

Para los restauracionistas la Reforma Protestante que iniciaron John Wycliff y Jan Hus en el siglo XV, y por Martín Lutero en el año 1517, seguida por las acciones de Ulrico Zuinglio, de Enrique VIII, de Juan Calvino y de John Knox en el Siglo XVI, habrían surgido como un intento de “resolver preguntas doctrinales”, “promover el conocimiento del texto bíblico entre el pueblo común” y “purificar el Cristianismo”; no obstante, criticaron al protestantismo de mantener vicios en sus creencias especialmente en el Siglo XVIII, lo que les llevó a separarse de aquellos. Esto ocurrió en el transcurso del Siglo XIX en Estados Unidos y Gran Bretaña. Estas denominaciones cristianas: los restauracionistas, reclaman una ascendencia distinta, es decir que no se derivan de la iglesia católica del medievo, ni de ninguna de sus derivaciones protestantes.

Otra causa liberal en Gran Bretaña es la «emancipación católica». Los católicos no pueden ser elegidos al Parlamento, lo que significa que todos los diputados son protestantes. Y éstos sencillamente no representan a los irlandeses, los cuales, salvo en los condados del Noreste, son católicos casi al cien por cien. En Irlanda surgen «asociaciones católicas» que se esfuerzan por lograr la emancipación, y está claro que nunca habrá paz en este país hasta que esa emancipación sea un hecho. El dirigente del movimiento, Daniel O’Connell, católico, es el hombre más popular de Irlanda. (En Inglaterra, John Henry Newman, encabeza el «movimiento de Oxford», que fomenta las relaciones entre el anglicanismo y el catolicismo.) En marzo y abril de 1829, la emancipación es aprobada por el Parlamento, pese a la reñida oposición de los ultrarreaccionarios, que sin embargo apoyan a Wellington en otros aspectos.

Por iniciativa rusa, y más tarde, prusiana, la Orden de Malta puede ser constituida nuevamente: en 1852 surge una Orden prusiana protestante dedicada a tareas caritativas. También se fundan comunidades católicas de la Orden en Renania- Westfalia y en Silesia entre otros lugares. Ambas ramas proseguirán su actividad social y caritativa también después de la Segunda Guerra Mundial, tanto en Alemania como en otros países de Europa Occidental y del sur.