La muerte de Pompeyo hace desaparecer la causa pública que justifica la presencia de CÉSAR en Egipto. Pero CÉSAR se queda, en una decisión controvertida y criticada desde Roma. Los historiadores antiguos lo atribuirán a los irresistibles encantos de CLEOPATRA. Mas bien parece que CÉSAR quiere que la rica Egipto le ayude financieramente, como antes lo ha hecho con Pompeyo. La tensión en que se encuentra el país le obliga a convertirse en amo y señor si quiere asegurarse este soporte. Por otra parte, está claro que para sobrevivir políticamente CLEOPATRA tendrá que contar con la colaboración de Roma y con su asentimiento. Su alianza con JULIO CÉSAR se explicará desde esta perspectiva con independencia de los recursos que CLEOPATRA utilice para llevarla a cabo y de la posible interferencia de sentimientos que resulltarán dificiles de valorar.

JULIO CÉSAR se dirige desde Egipto a Siria para enfrentarse a FARNACES II, rey del Ponto, que se atreve ahora a desafiar a Roma disputándoles Armenia Menor y Capadocia.

A CÉSAR y CLEOPATRA les nace un hijo, TOLOMEO CESARIÓN, o sea, pequeño César.

Dentro de la provincia romana de Siria se crea, en la fecha, un nuevo distrito de Judea que abarca a los que profesan el culto de Jerusalén. HIRCANO II se hace etnarca (esto es, príncipe vasallo) y «aliado» de Roma. El apoyo de los judíos inclinados constantemente a favor de CÉSAR en la lucha contra POMPEYO les reporta varias concesiones.

JULIO CÉSAR, en la fecha, se enfrenta a FARNACES II en Zela, en el Ponto occidental, y la lucha es tan rápida y la derrota tan definitiva -sólo dura cinco días- que JULIO CÉSAR envía al Senado el resultado de la batalla resumida en tres palabras: Veni, vidi, vinci  (Llegué, vi y vencí).

CÉSAR decide, pues, poner en orden las disputas dinásticas y erigirse en árbito del conflicto egipcio. Muertos Potino, Aquilas y el propio Tolomeo XIII, CÉSAR interviene, en la fecha, en la disputa por el trono egipcio a favor de la reina CLEOPATRA, hija de TOLOMEO XII, y de otro de sus hermanos, el más joven de ellos, TOLOMEO XIV, de trece años de edad, con quien ha de casarse siguiendo la costumbre egipcia y la decisión de CÉSAR. Ahora, sin embargo, tal como atestiguan las inscripciones de la época, se sitúa a CLEOPATRA en primer lugar. Es, en definitiva, la auténtica reina de Egipto porque constituye la apuesta de JULIO CÉSAR. A la menor de las hijas de TOLOMEO XII, Arsinoe, en cuyo nombre ha iniciado su tiránico reinado Ganómedes, la manda expulsar del reino enviándola a Roma.

JULIO CÉSAR vuelve a Roma, cuya situación es agitada. CLEOPATRA VII y su hijo CESARIÓN que ha tenido con el CÉSAR, invitados por éste, le siguen hasta Roma, donde vivirán hasta la muerte del dictador. Es tal el poder de CÉSAR que parece le importa poco el escándalo que provoca el conocimiento de una relación doblemente adúltera. Él continúa oficialmente casado con Calpurnia y ella no deja de ser esposa de TOLOMEO XIV, su hermano pequeño. CLEOPATRA y CESARIÓN quedan alojados en una de las propiedades de JULIO CÉSAR e incluso es colocada una efigie suya en el santuario de Venus Madre.

En Hispania muchos reyezuelos indígenas reverencian la memoria de Pompeyo. El romano se había ganado su eterno agradecimiento con un gesto magnánimo: veinticinco años atrás, cuando los derrotó durante la guerra contra Sertorio, les perdonó la vida y les concedió la libertad en lugar de decapitarlos o esclavizarlos. Así que Hispania milita en el bando pompeyano y aunque POMPEYO el Grande ya ha muerto en el año 48 aC, quedan sus hijos CNEO, de treinta y un años de edad, y SEXTO, de veintidós, para mantener encendida la llama de la guerra.

CÉSAR quiere acabar con los conservadores por lo que primero lo hace en África, donde el rey JUBA I de Numidia es aliado de los pompeyanos. El ejército de CÉSAR, en la fecha, desembarca en África, derrota al rey de Numidia y aplasta a los pompeyanos en la batalla de Tapso (Túnez). JUBA I tiene que dividir sus fuerzas debido a la invasión del oeste de Numidia por el rey de Mauritania Boco II, aliado de César, que consigue tomar Cirta, la capital númida. Tras la victoria de CÉSAR en Tapso, JUBA I se suicida y Numidia es incorporada a los territorios africanos de Roma en el mismo año 46 aC. Con esta victoria, César termina con la resistencia en África, y se acerca un paso más a la victoria en la guerra civil y al poder absoluto.

Tras celebrar en Roma el triunfo, JULIO CÉSAR es nombrado «dictador perpetuus» (dictador vitalicio) -el primer dictador con carácter vitalicio de Roma-, «imperator» (cónsul por 10 años, jefe supremo del ejército), «pontifex máximus» (Sumo sacerdote. Ya los es desde el año 63 aC), «praefectus moribus» (censor de la moral y las costumbres) y monopolizador permanente de la potestad tribunicia y se reserva el derecho a multitud de funciones. Manda acuñar monedas con su efigie, viste la túnica triunfal y ciñe la corona de laurel. El cargo es un arma que puede ser utilizada por sus enemigos contra él y César es consciente de ello, pero su programa de reformas implica la necesidad de controlar la maquinaria política: promover leyes, designar gobernadores y ostentar el poder ejecutivo. Ahora él es el amo y señor de Roma y de su imperio. Aunque no todos están dispuestos a aceptar esa nueva situación.