FRANCISCO I de Francia envidioso de la situación adquirida por CARLOS I, con el pretexto de ayudar a su pariente ENRIQUE de Albret en sus pretensiones a la corona de Navarra, aprovechando la inestabilidad interna de España, sumida en sublevaciones en el centro y este de su territorio, en mayo de 1521 envía el ejército francés que ataca Navarra. Casi sin encontrar resistencia llega hasta Pamplona, que le abre sus puertas, y Estella, que también capitula. Tudela es asimismo tomada por los franceses. Sin embargo, el ataque se ha demorado demasiado, cuando en abril los comuneros ya han sido aplastados por las tropas reales. Además, en vez de consolidar la victoria, el ejército navarro-gascón quiere entrar en Logroño sitiándolo, lo que hace que el ejército castellano se reorganice con tres cuerpos de ejército. Los españoles se hacen fuertes en Logroño y desde allí inician una contraofensiva rápida. El general francés LESPARRE sufre una derrota total en Quiró, cerca de Pamplona. En pocos días el ejército español rechaza al enemigo pero no puede impedir la toma de Fuenterrabía y ser batidas en el norte, en Valenciennes y en Mézieres.

El diez de junio de 1521, las tropas franco-navarras comienzan a retirarse por la presión de las tropas castellanas en un número que triplica a las navarras. Se produce algún enfrentamiento en Puente la Reina, y tras cometer varios errores estratégicos, finalmente se enfrentan en una cruenta batalla en Noáin (30 de junio de 1521), a las afueras de Pamplona, donde no menos de 5.000 combatientes pierden la vida. Tras esta derrota, los restos del ejército franco-navarro se dispersan. Uno de los últimos focos de resistencia al ejército castellano-aragonés se encuentra en Amaiur (Maya) donde resistirán hasta el 19 de julio de 1522. Maya (Amaiur en euskera) es un lugar de la Comunidad Foral de Navarra (España), situado en el valle del Baztán, en la Merindad de Pamplona y a 65 kilómetros de Pamplona.

El joven FRANCISCO I, tan ambicioso como ensoberbecido por su victoria de Marignano y consciente de los peligros del cerco que para Francia representa el Imperio de CARLOS I, no permanece inactivo: Trata de provocar conflictos en los dominios imperiales, en los Países Bajos, en Gante, en Lieja; incita a la desobediencia a los vasallos del emperador, como el duque de Gueldres y Roberto de la Marck, y anima al rey de Navarra, Enrique de Albret, a extenderse hacia España. Los dos rivales buscan aliados: el más cortejado es el rey Enrique VIII de Inglaterra, marido de Catalina de Aragón, tía de CARLOS I.

En la fecha, 8.000 soldados suizos, que ahora luchan en el bando francés, atacan a las tropas hispanoalemanas imperiales en Bicocca, cerca de Milán. No aguardan a la artillería francesa para lanzarse al combate, pues creen en la eficacia del ataque rápido. Lo ponen en práctica, en efecto, pero las fuerzas imperiales poseen arcabuces, que son primitivos cañones que pueden ser transportados por un solo hombre. Los suizos son destrozados, y el mundo comprende que las picas no pueden enfrentarse a las armas de fuego individuales. Éste será el fin de las picas como arma principal.

El campo de batalla entre CARLOS (V) y FRANCISCO I no tarda en pasar a Italia. Tras la victoria de Marignano, los franceses dominan el Milanesado; las tropas imperiales se concentran sobre Milán, toman la ciudad, a excepción de la ciudadela, defendida por el vizconde de Lautrec, y luego arrojan a los franceses de Parma y de Piacenza. En los primeros enfrentamientos, el ejército imperial se muestra superior al francés, que adolece de la constante deserción de los alabarderos suizos, quienes, en los momentos críticos de las batallas, huyen en desorden. FRANCISCO I pretende expulsar a los españoles de Milán, pero es vencido, en la fecha, debiendo volver a Francia.

Los franceses son vencidos y deben retirarse por Bayona. Pero el Emperador CARLOS I y FRANCISCO I de Francia se enzarzan en una guerra que durará hasta la muerte de este último, en 1547. El papa ADRIANO VI tratará de reconciliarles. Nada puede ser más nefasto para la Cristiandad, en estos momentos, que una guerra entre los dos más poderosos monarcas católicos, pues la herejía luterana está haciendo estragos en Alemania, y los turcos, de nuevo a la ofensiva, han conquistado Belgrado y la isla de Rodas, a pesar de la heroica defensa de un puñado de Caballeros de San Juan. CARLOS I y FRANCISCO I, sin embargo, no les harán caso.

En 1523, Carlos, duque de Borbón, gran chambelán y condestable, traiciona a su país, porque FRANCISCO I le ha confiscado ciertas herencias, y pasa al servicio de los españoles. CARLOS (V) confia inmediatamente a este gran estratega militar el mando del ejército de Italia, que en pocos meses expulsa completamente a los franceses de Lombardía. Es en el curso de una de estas batallas cuando, a causa de una herida de arcabuz, muere Bayardo, «el caballero sin tacha y sin miedo»; el herido dirige estas hermosas palabras al duque de Borbón, que acude junto a él: «Yo muero como hombre de honor, y tengo compasión de vos, que servís contra vuestro príncipe, vuestra patria y vuestro juramento»

La ciudad de Pavía (Lombardía, Italia) está ocupada por 400 españoles y 5.000 lansquenetes alemanes al mando de Leyva. Los franceses la sitian y se atrincheran en una posición que parece inexpugnable. Para levantar el sitio, una nueva unidad de lansquenetes imperiales cruza los Alpes y, en la fecha, ataca el campamento francés. Le sigue una terrible matanza, en la que encuentran la muerte 10.000 hombres. El rey de Francia, FRANCISCO I, se bate muy valerosamente, pero es herido y hecho prisionero y alojado en la Torre de los Lujanes (Madrid) donde permanecerá más de un año.  La famosa frase del rey francés en una carta a su madre, «Todo se ha perdido menos el honor y la vida» se refiere a esta derrota. Tras la batalla de Pavía los italianos temen que los españoles se apoderen de toda la península, pues saben que tienen mano dura. Gattinara incita al emperador a invadir Francia, pero el emperador es un hombre de honor y prefiere tratar con su prisionero quien se aviene a un tratado que luego no respetará alegando su indefensión al firmarlo.

Se llevan a cabo varias gestiones para liberar a FRANCISCO I de Francia. Por fín, Francia y España firman el 14 de enero de 1526 el llamado Tratado o Concordia de Madrid. FRANCISCO I, tras haber escrito a su madre, Luisa de Saboya: «Todo se ha perdido, menos el honor y la vida, que se ha salvado», acepta diversas condiciones: Paz y amistad perpetuas, libres tratados en comercio y comunicación, restitución a CARLOS (V) del ducado de Borgoña y retirarse del Milanesado, quedando en prenda, para asegurar el cumplimiento de los pactos, los dos hijos de FRANCISCO I. FRANCISCO I es liberado sólo después de que haya firmado un tratado en el que renuncia a todas sus pretensiones sobre Italia, y en el que entrega el territorio borgoñón que se había anexionado LUIS XI. Naturalmente, en cuanto estuvo de regreso en Francia, impugnó el tratado aduciendo el obvio argumento de que le había sido impuesto mediante coacción.

Francia busca aliados, no sólo en Europa. El rey «cristianísimo» no duda en negociar con los más grandes enemigos de la cristiandad, los turcos, que amenazan las fronteras orientales del Imperio. Esto da la medida de la evolución que se ha producido desde los tiempos de la Edad Media. Los egoísmos nacionales y la razón de estado prevalecen sobre las preocupaciones religiosas. Así, pues, FRANCISCO I demanda abiertamente la ayuda militar de SOLIMÁN el Magnífico, tanto más cuanto que CARLOS (V) de Alemania se ha aliado con el gran enemigo de los turcos, el sha Thamasp, el soberano safawida de Persia. FRANCISCO I habría querido lanzar a SOLIMÁN I sobre Italia, pero éste prefiere Hungría. «No puedo negar -dice FRANCISCO I- que deseo vivamente ver al turco muy poderoso y dispuesto a la guerra, no por él, puesto que es un infiel y nosotros somos cristianos, sino para debilitar el poder del emperador, para obligarle a fuertes dispendios, para asegurar a todos los demás gobiernos contra un enemigo tan poderoso».