El gesto de JUAN GRACIANO al dotar con su dinero a BENEDICTO IX para forzarlo a la abdicación fue tan bien visto por los elementos más influyentes de la Iglesia que el rico arcipreste fue elegido para suceder al abdicado pontífice. GRACIANO toma el nombre de GREGORIO VI (5.5.1045 – 20.12.1046) y su elevación al solio pontificio fue saludado con alborozo por hombres tan santos como Pedro DAMIÁN.

Las ideas reformadoras de GREGORIO VI no pueden, sin embargo, ser desarrolladas al no contar con el necesario apoyo de ENRIQUE III quien, partidario también de la necesidad de reformar la Iglesia, no considera a GREGORIO como el papa ejemplar para llevarla a cabo. Esta desconfianza de ENRIQUE III hacia GREGORIO, unida al hecho de que BENEDICTO IX trata de recuperar el solio pontificio y que SILVESTRE III no ha renunciado tampoco, de forma explícita, decide el rey alemán, incitado por Odilón de Cluny y por el eremita Guntero, a convocar un sínodo en Sutri, en la fecha, y otro en Roma seis días después, valiéndose de los poderes que le atribuía el Privilegium Othonis, en ellos depone a BENEDICTO IX -aunque éste ya había renunciado- y a SILVESTRE III, al que encierra en un monasterio, y, por otra parte, obliga a abdicar a GREGORIO VI quien es desterrado a Colonia acompañado del clérigo Hildebrando, futuro Gregorio VII.

Al abdicar Gregorio VI, aprovecha la ocasión BENEDICTO IX para volver sobre su abdicación y proclamarse nuevamente papa, al tiempo que el antiguo antipapa SIVESTRE III, promovido por los CRESCENCIO, reclama para sí la silla de Pedro. Ante tal confusión, y reclamado por los elementos más sanos de la Iglesia, el nuevo emperador ENRIQUE III el Negro, convoca, para la fecha, un sínodo en Sutri, al norte de Roma, y en él se decide que BENEDICTO IX, aunque papa legítimo, ya ha abdicado, y que SILVESTRE III nunca ha sido legítimo, por lo que ambos son depuestos definitivamente. SILVESTRE III es encerrado en un monasterio.

CLEMENTE II -papa- (24.12.1046 – 9.10.1047). Es Suidgero, obispo alemán de Bamberg. Hombre de gran santidad. Nombrado por el emperador, único poder capaz de poner orden en una Iglesia desgarrada por las ambiciones y los odios de la nobleza romana, es aceptado por el clero y el pueblo romano. Toma el nombre de Clemente como prueba de que desea buscar su inspiración en el cristianismo primitivo. De inmediato, corona emperador a ENRIQUE III y a su esposa Inés. CLEMENTE II, contando con el total apoyo de ENRIQUE III, consagrará sus esfuerzos a erradicar la simonía de la Iglesia, así como a la reforma de las costumbres, según los postulados de Cluny. Con CLEMENTE II empieza una serie de papas alemanes todos amantes de la reforma de la Iglesia que prepararán el pontificado de Gregorio VII. El nombramiento de CLEMENTE revela, además, otro cambio: prácticamente hasta este momento, únicamente sacerdotes, diáconos o laicos son elegidos obispos de Roma, porque una antigua tradición estipula que los obispos no se muevan de su sede original a otra distinta. Pero Clemente es obispo de Bamberg.

A mediados del siglo XI el poder de los normandos -cristianos desde un siglo antes- se había extendido peligrosamente por el Mediterráneo. Por lo general mercenarios de príncipes de la cristiandad, estos guerreros hábiles y valientes hasta la temeridad, solían rebelarse contra sus contratantes y hacer la guerra por su cuenta. Dos hermanos, GUILLERMO y ROBERTO, se destacan por su capacidad guerrera y, hartos de luchar para otros, deciden hacerlo para sí mismos. Autoproclamado señor de Apulia, GUILLERMO, con la ayuda de ROBERTO, apodado el Zorro, señorean por Italia y, en el año de la fecha, toman Benevento que pide ayuda al papa LEÓN IX.

Oscuro fin del papa alemán CLEMENTE II. Todo parecía indicar que iba a tener éxito en su alta misión, cuando una muerte súbita frustra tantas esperanzas puestas en él. Se rumorea que ha sido envenenado por BENEDICTO IX aunque este extremo no está probado. (Pese a todo, el examen de sus restos realizados tras la apertura de su tumba el 3 de junio de 1942 sí dejará de manifiesto que su muerte ha sido producida por el veneno.)

El Papa GREGORIO VI fallece en noviembre de 1047.

BENEDICTO IX -papa- (8.11.1047-16.7.1048). Al morir el papa Clemente II, permite a BENEDICTO IX, valiéndose del soborno y con la ayuda de una poderosa fuerza militar, regresar al trono papal. Es papa por tercera vez, aceptado por el clero y el pueblo para evitar tumultos y derramamientos de sangre. Sin embargo no lo aceptan los Crescencio, enemigos históricos de los Túsculo, familia a la que pertenece el papa BENEDICTO. Entre las dos familias estalla una guerra despiadada. BENEDICTO convocará varios Sínodos, en Spello, en Roma y en Marsella.

GÉRARD, de Provenza, funda en Jerusalén la Orden de S. Juan (el Bautista) del Hospital y construye el hospital de S.JUAN, donde se cuidan los peregrinos que caen enfermos. El proyecto cuenta con la aprobación del gobierno del califa Husyafer, que les otorga una licencia para construirlo junto a la iglesia del Santo Sepulcro. El lugar es consagrado a San Juan Bautista, razón por la cual su nombre completo es Orden de San Juan del Hospital de Jerusalén. El padre superior del monasterio, GERARDO TUM, es conocido como el fundador de la Orden de Malta. Los Caballeros Hospitalarios observarán una Regla similar a la de S.BENITO y vestirán negras túnicas con una cruz blanca en el pecho.

El emperador ENRIQUE III, que no está dispuesto a tolerar la situación devenida por la actuación del Papa BENEDICTO IX, nombra a otro germano de su confianza, el obispo de Brixen, e induce con éxito a BENEDICTO IX a rendirse. El papa es expulsado, y el 16 de julio de 1048 es depuesto por el conde Bonifacio de Toscana siguiendo las órdenes del emperador ENRIQUE III. Al año siguiente, un sínodo laterano excomulgará a BENEDICTO IX. Pero éste nunca cesará de luchar por reconquistar el Papado.