Finalmente, el Concilio II de Constantinpla, en su sesión octava, proclama catorce anatematismos contra las principales herejías, desde Arrio a Eutiques y los tres últimos se dedican a los «Tres Capítulos». Con ello termina sus tareas el Concilio segundo de Constantinopla, sin la menor aprobación pontificia. Finalmente, el papa VIGILIO reconocerá el concilio como ecuménico con la esperanza de evitar un cisma con las iglesias orientales.

La administración del Patrimonio de San Pedro, aunque no convierte inicialmente a los papas en jefes de Estado, les confiere no obstante auténticas prerrogativas civiles y políticas reconocidas por la Pragmática Sanción de 554 promulgada por el emperador JUSTINIANO I (una vez que, tras la conquista de BELISARIO, Roma vuelve a estar bajo la soberanía de los emperadores, tras el interregno hérulo y ostrogodo), entre otras la de poseer una fuerza militar que llegará a constituir un respetable ejército puesto en acción en múltiples ocasiones, en no pocas bajo el mando del propio pontífice-caudillo. Por otro lado, muchos de los papas proceden de las clases dominantes romanas y ejercen en simultaneidad el cargo episcopal y el de mandatarios civiles de la Ciudad Eterna. Tal será el caso de Gregorio I Magno (590 – 604) , hombre avezado en el desempeño de funciones políticas pues ha ostentado anteriormente el cargo de prefecto de la propia ciudad (prefectus Urbis) y pertenece a una familia de patricios romanos.

Desde que se ha instituido la sede episcopal de Roma, los fieles, y en mayor medida los emperadores cristianos, van donando a la Iglesia romana cuantiosos bienes territoriales, algunos de ellos constitutivos de importantes extensiones de terreno. Estas posesiones, más otras de carácter inmueble, vienen a integrar lo que se conocerá como «Patrimonio de San Pedro», y estarán diseminadas por toda Italia e incluso fuera de el

JUSTINIANO I obliga al papa VIGILIO -prácticamente como su prisionero- a viajar a Constantinopla. Allí intenta obligarlo a dejar sin efecto las conclusiones del concilio de Calcedonia de 451, a lo que responde el pontífice con un fallido intento de huida que empeora más la situación. JUSTINIANO I destierra y somete al Papa aunque por breve espacio de tiempo a trabajos forzados, así como a cuantos no admiten la condenación de los «Tres Capítulos». Convencido el Papa VIGILIO de que la condenación es justa, publica, en la fecha, un segundo «Constitutum» en el que ratifica la censura contra la persona y escritos de Teodoro de Mopsuestia y condena los discutidos escritos de Teodoro de Ciro y de Ibas, pero no sus personas. Con esto, queda confirmado, en lo sustancial, el Concilio II de Constantinopla y se permite al Papa su regreso a Roma. Desde este momento se considera el accidentado concilio como ecuménico y, posteriormente, los sucesivos papas se esforzarán en que sea así considerado en Occidente.

La ortodoxia de JUSTINIANO le ha llevado a realizar numerosas persecuciones contra posiciones supuestamente heréticas, combinando estas persecuciones con una política de aproximación, demostrando una vez más los deseos de JUSTINIANO I de tomar parte en las decisiones religiosas. El resultado de esta misión espiritual es un rotundo fracaso, que abrirá aún más las brechas entre las iglesias de Oriente y Occidente.

Casiodoro, ministro de Teodorico, funda -en la fecha- el monasterio de Vivarium en sus tierras familiares (Squillace). Allí se retira donde morirá en 580. El monasterio de Vivarium debe su nombre a la dársena de pescadores que Casiodoro habría hecho acondicionar al pie del monasterio (situado en una colina); la iglesia del monasterio está dedicada a San Martín y, aledaña al monasterio se halla la colina de Mons Castellum, dedicada a los eremitas. El monasterio de Vivarium constituye una especie de ciudad en la cual las religiosos no tendrán que preocuparse de su subsistencia material, debiéndose consagrar a los oficios litúrgicos, al ejercicio de las artes y, sobre todo, a la copia y corrección de libros: Vivarium tiene que ser un centro de primordial importancia para la transmisión de numerosos textos, tanto bíblicos, como litúrgicos o paganos. Gran importancia adquieren en los siglos siguientes los monasterios fundados en las islas británicas. Gran parte de la actividad misionera de la Iglesia en siglos posteriores va a tener su origen en los monasterios de Irlanda, Gales, Escocia…

VIGILIO, papa, permanece un año más en Constantinopla y obtiene de JUSTINIANO I una Pragmática Sanción que concede algunos privilegios a la Iglesia y asegura el dominio imperial en Italia. En apariencia, el titubeante y ambicioso Papa ha conseguido lo que deseaba. La realidad, sin embargo, se revelará muy diferente. VIGILIO fallece en Siracusa en el camino de regreso. Sus restos llevados a Roma, reciben sepultura, pero no en S. Pedro, sino en S. Marcelo a causa de la impopularidad como hereje. Durante los siglos siguientes, la poco edificante historia de VIGILIO será utilizada repetidas veces por los adversarios del poder papal. A finales de la Edad Media será esgrimida para sostener la superioridad del concilio sobre el Papa -que históricamente ha sido herético en alguna ocasión- y también será empleada por la Reforma protestante como argumento a favor de una autoridad espiritual basada en las Escrituras y no en una jerarquía basada por hombres. Aducida durante el Concilio Vaticano I en contra de la infalibilidad papal, la formulación de ésta como dogma contribuirá a sumergir el episodio de VIGILIO en el olvido.

PELAGIO I -papa- (16.4.556 – 3.3.561). A la muerte de Vigilio, el anterior papa, Pelagio marcha a Roma como el candidato imperial al papado. Elegido, sin embargo, se encuentra con una clara oposición, y su consagración tiene que demorarse hasta la fecha. Vuelve a la obediencia a Roma a las iglesias de África y a la provincia eclesiástica de Milán -no así la de Aquileya, donde el cisma se prolongará durante un siglo- segregadas por oposición a la actitud del papa Vigilio al aceptar las conclusiones del concilio convocado por JUSTINIANO I. Luchará contra la simonía y consagrará sus mayores esfuerzos -utilizando el poder concedido por JUSTINIANO- a paliar la angustiosa situación del pueblo italiano, devastado por la guerra contra los godos.

Los terremotos de agosto de 553 y del 14 de diciembre de 557 causaron grietas en la cúpula principal y en la media cúpula oriental de la iglesia de Santa Sofia de Constantinopla. La cúpula principal se derrumbó por completo durante un posterior terremoto el 7 de mayo de 558,9 que también destruyó el ambón, el altar y el copón. El accidente se debió principalmente al exceso de carga de la cúpula y al enorme empuje horizontal que transmitía a los soportes, al tener un diseño demasiado plano. Esto causó la deformación de los pilares que sostenían la cúpula. El emperador ordenó la restauración inmediata, la cual se encomendó a Isidoro el Joven, sobrino de Isidoro de Mileto, que utilizó materiales más ligeros y elevó la cúpula, dando a la construcción su altura interior actual de 55,6 metros (182 pies). Por otra parte, Isidoro cambió también el tipo de bóveda, erigiendo una cúpula nervada con pechinas, cuyo diámetro se encuentra entre 32,7 y 33,5 metros.

En Irlanda, COMGALL funda la abadía de Bangor, a la entrada de la bahía de Belfast. COMGALL pertenece a lo que se conoce como la Segunda Orden de Santos Irlandeses. Estos florecen en la Iglesia Irlandesa durante el siglo sexto. Fueron los fundadores de las grandes escuelas monásticas irlandesas, y contribuyeron en gran medida a difundir el monasticismo en la Iglesia Irlandesa. La principal resistencia contra la restauración de la unidad cristiana en Occidente bajo la dirección romana viene del monaquismo irlandés. Única forma de organización religiosa en la isla, el monacato conoce un considerable desarrollo, apoyado por una cultura tan intensa como la fe, pero también en un particularismo relativo al dogma y la liturgia. En efecto, Irlanda es el único lugar de Occidente donde se conoce el griego. Animados por un ardiente espíritu misionero, los monjes irlandeses se extenderán por todo occidente, en Escocia, en Galia y finalmente en Inglaterra, donde tropezarán con los enviados de Roma.