El Papa INOCENCIO XI no es un enemigo de Miguel de Molinos, pero aún así cede a la enorme presión que cae sobre el para confirmar en 1687 el juicio de los inquisidores, por el cual 68 proposiciones molinistas son condenadas como blasfemias y herejías.

En abril de 1687, JACOBO II promulga la tercera Declaración de Indulgencía, que suspende todas las leyes penales contra católicos y disidentes y tolera cierta libertad de cultos. Pero muchos ingleses consideran que aquel decreto, en realidad liberal y justo, no es sino otro paso para, a imitación de la Francia de LUIS XIV en su persecución a los hugonotes, iniciarla en Inglaterra contra los anglicanos. Más de un católico, presintiendo las consecuencias de aquellas intermitentes medidas, rehusa aceptar los cargos ofrecidos por el rey e, incluso el papa INOCENCIO XI, le aconseja moderación.

El papa INOCENCIO XI  -mediante la bula «Coelestis Pastor»-  condena la Guía espiritual, de Miguel de Molinos, publicada en 1675. Propugnaba el quietismo, tendente a la supresión de todo acto voluntario.

La tensión entre el papa INOCENCIO XI y el rey de Francia LUIS XIV aumenta más cuando el papa procede a llenar la vacante en la sede del arzobispado de Colonia. Los dos candidatos para la sede son el Cardenal William Egon Fürstenberg, en esos momentos Obispo de Estrasburgo, y Joseph Clemens de Baviera. Fürstenberg es una herramienta en manos de LUIS XIV, y Joseph Clemens es el candidatode todos los líderes europeos, con la excepción del Rey de Francia. En la elección, que es realizada el 19 de julio de 1688, ninguno de los candidatos reciben la cantidad requerida de votos. La decisión, entonces, recae en INOCENCIO XI, que designa a Joseph Clement en el cargo. LUIS XIV procede, en represalia a tomar posesión del territorio papal de Aviñón, tomando preso al nuncio papal y apelando a un consejo general. Tampoco esconde sus intenciones de separar a la Iglesia Francesa de Roma. El papa se mantiene firme. La subsiguiente caída de JAIME II de Inglaterra destruirá la preponderancia francesa en Europa y poco después de la muerte de INOCENCIO XI el roce entre LUIS XIV y el papado será arreglado a favor de la Iglesia.

INOCENCIO XI despacha a Ferdinando d’Adda como nuncio en Inglaterra, convirtiéndose este en el primer representante de la Iglesia en ir a ese país en más de cien años. Aún así, el papa no aprueba la manera imprudente bajo la cual JAIME II intenta restaurar el catolicismo. Repetidamente expresa su incomodidad hacia el apoyo que JAIME II le da a LUIS XIV en sus medidas hostiles en contra de la Iglesia. No es sorprendente entonces, que INOCENCIO XI tenga poca simpatía hacia el Rey Católico de Inglaterra. No parece haber, por otro lado, ningún tipo de base para la acusación de que INOCENCIO XI esté informado y apoye los designios de Guillermo de Orange en Inglaterra. Entre otros motivos, es debido a las incesantes exhortaciones de Inocencio que los Estados Alemanes y el Rey de Polonia Juan III Sobieski se apresuran a ayudar a Viena, la cual está siendo atacada por los turcos, en 1683. Luego de que termina el ataque, INOCENCIO XI no tiene ninguna reserva para inducir a los príncipes cristianos a que ayuden a la expulsión de los turcos de Hungría. Contribuye financieramente para la guerra turca en Austria y Hungría y tiene la satisfacción de sobrevivir, en la fecha, la captura de Belgrado.

La transformaciones político-institucionales de Inglaterra se completan en el terreno religioso con la aprobación del «Acta de tolerancia» (mayo de 1689), que supone en la práctica, aunque con algunos condicionamientos para los no anglicanos, la libertad religiosa, que se concede a los grupos protestantes, pero de la que son excluidos no obstante los católicos.

Fallece el papa INOCENCIO XI. Después de una larga enfermedad Inocencio XI murió en Roma el 12 de agosto de 1689. Fue enterrado en la Patriarcal Basílica Vaticana, en una tumba transparente bajo el altar de San Sebastián de dicha basílica. Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Bellua insatiabilis (La bestia insaciable), cita que al parecer hace referencia a que en su escudo de armas figuraban un león y un águila, o a que estuvo muy próximo al cardenal Cibo (cibus = «comida»), o a sus enfrentamiento con el rey francés Luis XIV, calificado por sus detractores como «insaciable» por sus fastos excesivos.

Pietro Vito Ottoboni es coronado papa bajo el nombre de ALEJANDRO VIII (16.10.1689-1.2.1691). A la muerte de Inocencio XI el embajador del Rey LUIS XIV de Francia presiona al cónclave para que elija a Ottoboni, ya octogenario y a priori bastante dócil ante los propósitos franceses. Sin embargo es difícil alcanzar una mayoría puesto que ocho cardenales están ausentes. Además, en el curso de la reunión otro cardenal fallece y dos más tienen que abandonarla por enfermedad. Después de cincuenta días de votaciones y de que funcionaran las presiones y las promesas de futuro, resulta elegido por unanimidad: es el 16 de octubre de 1689. Diez días después, el 26 de octubre es coronado papa en la Patriarcal Basílica Vaticana por el cardenal Francesco Maidalchini. De su predecesor hereda el enfrentamiento con el monarca francés LUIS XIV por los privilegios de éste sobre el clero francés. Su reinado ha pasado a la historia eclesiástica como un mandato imbuido de nepotismo.

Inocencio XI ha dejado el tesoro pontificio en condiciones saneadas. ALEJANDRO VIII invierte la situación de bonanza: rebaja los impuestos y literalmente dilapida las finanzas papales en dádivas a su familia. Contraviniendo las prácticas del pontificado anterior, inmediatamente después de que lo elijan papa se lanza a un nepotismo desenfrenado: en Roma se registra un auténtico desembarco de Ottoboni venecianos y de allegados a éstos, todos prestos a recibir cargos y prebendas. Ciñiéndonos a sus familiares más próximos, nombra un sobrino suyo, Antonio, general en jefe de los ejércitos de los Estados de la Iglesia; a otro sobrino, Pietro, que sólo tiene diecinueve años, le nombró cardenal diácono, gobernador de Fermo, Tívoli y Capranica, vice-canciller de la Iglesia Romana, secretario de memoriales y vicario papal en el territorio de Aviñón; a un tercer sobrino, Marco, que era jorobado, cojo y con las facultades mentales algo disminuidas, lo nombra superintendente de las fortalezas y las galeras papales y compra para él el ducado de Fiano pagando una verdadera fortuna.

Con la Contrarreforma, las autoridades de los Países Bajos del sur -actual territorio de Bélgica y norte de Francia- abrazan el movimiento de las beguinas. Llega un segundo período de esplendor, pero también de mayor control clerical. Hay notícia de la existencia de unas 90 miniciudades para beguinas a finales del siglo XVII. Pero los continuos ataques de Francia y la posterior Revolución comprometerán su supervivencia.