Durante las revoluciones de 1848 en Roma se proclama la república. El Papa Pío IX se mantiene neutral, puesto que la Iglesia, al ser universal, debe permanecer por encima de la lucha. Esta actitud le enajena de inmediato las simpatías de todos los liberales italianos. Se ve obligado a otorgar una especie de constitución, pero la propia Roma se insurrecciona, por lo que, en la fecha, ha de huir a Gaeta, en el reino de las Dos Sicilias, disfrazado de monje, tras el asesinato de du primer ministro Rossi. Estos sucesos cambian radicalmente su visión de las cosas: en lo sucesivo, en todo su largo pontificado, actuará como un acérrimo conservador. Desde Gaeta el Papa pide ayuda a las principales potencias católicas: España, Austria, Francia y las Dos Sicilias, que acuden en su ayuda. Cuando sus territorios le sean restituidos por los franceses, volverá animado por propósitos menos liberales, ejemplo de ello, la restauración del gueto judío. Y una vez más, la historia se repetirá: tropas francesas principalmente, desembarcarán en los Estados Pontificios y, tras duros combates ocuparán Roma, donde permanecerán hasta 1870.

Se constituye una República romana bajo los auspicios de Giuseppe Mazzini, tras la huida de Pío IX a Gaeta. La nueva república caerá en manos de los franceses y se restaurará la autoridad del Sumo Pontífice.

El Jubileo correspondiente a esta fecha no fue convocado, ni celebrado. Pío IX estaba desterrado desde hacía un tiempo y regresó a Roma en abril del año 1850, demasiado tarde para convocar el Año Santo. El alejamiento del Papa de Roma era consecuencia del amplio fenómeno de agitación general que acosaba la ciudad y los Estados Pontificios a partir del año 1848. Eran los presagios de la llamada cuestión romana, en la que se ponía en discusión el poder temporal del Papa. Este Jubileo fallido planteaba una pregunta a Pío IX y a sus sucesores: ¿Sería posible en el futuro otra celebración jubilar si se ponía en discusión el poder temporal del Papa?

Por fin Francia envía a Italia un cuerpo expedicionario, pero no para oponerse a Austria, sino para apoyar al Papa, pues el presidente Bonaparte siente la necesidad de ganarse el apoyo de los católicos. Los franceses destruyen la República romana, y un PÍO IX amargado regresa a su sede el 12 de abril de 1850. Para entonces, todo ha terminado, e Italia esta de nuevo bajo la bota austríaca, casi exactamente como antes.

En 1853, el Papa PÍO IX se reconcilia con las monarquías protestantes de los Países Bajos e Inglaterra, las cuales permiten el restablecimiento en sus países de la jerarquía católica.

PÍO IX, personalmente, en presencia de doscientos obispos, proclama el Dogma de la Inmaculada Concepción de la Bienaventurada Virgen María mediante la bula “Ineffabilis Deus”. El pueblo cristiano, apoyado por las enseñanzas de la Iglesia, ha creído, desde los primeros tiempos del cristianismo, que la Virgen María ha sido preservada, desde su concepción, de la mancha del pecado original. Pero algunos teólogos y pensadores cristianos no están de acuerdo. Pío IX, tras un cuidadoso examen de la cuestión, decide declarar explícitamente que esta verdad incluida implícitamente en las palabras «llena eres de gracia», con que el ángel Gabriel saluda a María, forma parte de la Revelación divina. (Ver acuerdo del XVII Concilio Ecuménico de Basilea-Ferrar-Florencia de 1436). Al mismo tiempo, el Papa PÍO IX, personalmente, toma otra decisión dogmática: que el Papa, personalmente, no sólo como cabeza de un concilio, es infalible cuando, hablando ex cathedra, define materias de fe o de costumbres. Y así, lo definirá, más adelante, el Concilio Vaticano I (1869-1870).

El 23 de julio de 1858, las autoridades civiles de los Estados Pontificios retiran la patria potestad a, Edgardo Mortara, niño de padres judíos, dado que ha sido bautizado como cristiano, y es acogido en una institución de educación católica. Sus padres intentan recuperar la patria potestad durante doce años, empeño que nunca conseguirán. Cuando, finalmente, a raíz del declive del poder de los Estados Pontificios, le es posible reencontrase con sus padres judíos, Edgardo rechaza tal posibilidad. Poco tiempo después, se ordena como sacerdote. El llamado Caso Mortara conmueve a la opinión pública de la época y, posteriormente será causa de las críticas que recibirá la beatificación del papa Pio IX.

En 1860, Víctor Manuel ha solicitado formalmente del Papa la entrega de Umbría y de Las Marcas, lo que PÍO IX ha rehusado hacer. Las tropas piamontesas se enfrentan a las del papa, que resultan derrotadas en Castelfidardo (18/9/1860) y en Ancona. La iglesia se ve desposeída de aquellas regiones que, en unión de la de Toscana, de Parma y de Módena -éstas por voluntad propia expresada mediante plebiscitos-, se anexionan al creciente reino de Piamonte-Cerdeña (4 de noviembre de 1860), que pasa a denominarse reino de Italia del Norte. Los Estados Pontificios quedan definitivamente desmembrados y reducidos a la ciudad de Roma y su entorno, donde el papa, bajo la protección de las tropas francesas, sigue por el momento ejerciendo su declinada autoridad civil.

PÍO IX publica una encíclica -“Quanta Cura” que lleva como apéndice el celebérrimo Syllabus erroroum, compendio de ochenta proposiciones condenatorias de las doctrinas más progresistas del momento. Específicamente anatematiza el panteísmo, el naturalismo, el racionalismo, el indeferentismo, el latitudinarismo, el socialismo, el comunismo, el liberalismo, las sociedades secretas, el biblismo, y la autonomía de la sociedad civil. Reafirma la invalidez del matrimonio celebrado entre católicos no separados de la Iglesia, que se celebrase ante una autoridad civil, por un defecto de forma canónica. Condena asimismo la tolerancia religiosa e insiste en que la Iglesia debe permanecer al margen del control del Estado. En cambio, a la Iglesia corresponde en exclusiva la educación, y habla de tener la última palabra en materia de cultura y ciencia. En esencia, eso implica, en realidad, el repudio del siglo XIX.

La advocación mariana de la Mercè tan ligada a Barcelona por la fundación de la orden mercedaria, se ha ido imponiendo en el culto popular a lo largo de los siglos. Siendo obispo de Barcelona Pantaleó Montserrat, PÍO IX -mediante una orden del 27/2/1868, nombra a la Verge de la Mercè patrona de la diócesis “huius dioceseos” de Barcelona, que no de la Ciudad Condal. La Orden de los Mercedarios y diversas autoridades han solicitado del Papa que la nombre patrona de la ciudad. Pero el Vaticano no cede en su conocida regla de no doblar los patronazgos, y el de la ciudad de Barcelona siempre lo poseyó Santa Eulalia y con carácter subsidiario, Sant Sever. De todas maneras la revolución de setiembre no permitirá una celebración adecuada.